Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAGGGAATATCAACGGACAGAATTATAGATGTTCGTCGTCTTCTATCGGTGAATACGGAGACGTGTTATATCACAAATTTTTCCCTGTCGCATGAGgtaaactgtataccattaataatattaataattaataaaataacaattcaaattattttaatttctagttttcaagtattttttgtacccatttggaact...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G02770.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G02770.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv15s0046g00740.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
CAGGGAATATCAACGGACAGAATTATAGATGTTCGTCGTCTTCTATCGGTGAATACGGAGACGTGTTATATCACAAATTTTTCCCTGTCGCATGAGgtaaactgtataccattaataatattaataattaataaa-ataacaattcaaattattttaatttctagttttcaagtattttttgt-acccatttggaact
   ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||  |||| ||||| |||   || ||  | ||||| ||||||||  | || ||||||||||| | |     |||  | |   || |  ||  |    ||   || |   | |||   | |     | | |||   | |||||||     |||| |    
---GGAATATCAACGGACAGGATAATAGATGTTCGTCGGCTCTTATCCGTGAACACGATAACTTGCAACATCACCAATTTTTCGTTATCCCATGAGgtaaattatg----att--ttaccctagtttttcgtggggattttaaatttgaatatgcca-tggaggggtatcattgactttttgttgtttatttag----