Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagactgtgttgcatgatgtgcctcattcatttagaaaatgatgtagctccatttgatgtacttttcttatgcttatag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G04300.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA15G04300.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv06s0004g04700.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaag-----actgtgttgcatgatgtgcctcattcatttagaaaatgatgtagctccatttgatgtacttttcttatgcttatag--------------------------------------------------------------
|||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||      | || ||||||  |||  || ||| |   | |||    | | |  | |        |  | |||| | |   ||                                                               
TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGCTGCATATTGGGgtaagcataagcagttttgcatactgtaacttattgaa--aaaaacctgttttgtacgaggcatgaaagctatctttttccagtaagcttcagttttctttgcaaaatgaggaacaacactgagaactccttttgttcacatcaacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208292044|gb|GE094244.1|GE094244
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagactgt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|151394173|gb|EV264044.1|EV264044
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagactgt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|192294632|gb|FG986481.1|FG986481
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagactgt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|209724919|gb|BW669608.1|BW669608
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagactgt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|26267988|gb|CA819051.1|CA819051
EST:     TTCAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagactgt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|151401884|gb|EV271697.1|EV271697
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagactgt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|151402473|gb|EV272286.1|EV272286
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagactgt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|209720222|gb|BW674562.1|BW674562
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagactgt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|209720223|gb|BW674563.1|BW674563
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagactgt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|31468370|gb|CD410398.1|CD410398
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagactgt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|209697438|gb|BW675583.1|BW675583
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagactgt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|31463245|gb|CD405273.1|CD405273
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagactgt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|254344722|gb|GR851312.1|GR851312
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagactgt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|151397154|gb|EV267027.1|EV267027
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagactgt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|192306327|gb|FG995107.1|FG995107
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagactgt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|208121798|gb|GD918541.1|GD918541
EST:     GTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: GTGTATATTGGGgtaagactgt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|208299513|gb|GE098396.1|GE098396
EST:     GTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: GTGTATATTGGGgtaagactgt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|209697437|gb|BW675582.1|BW675582
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagactgt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|31474890|gb|CD416918.1|CD416918
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagactgt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|192306328|gb|FG995108.1|FG995108
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagactgt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|193329078|gb|FK293082.1|FK293082
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGGGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagactgt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|209724918|gb|BW669607.1|BW669607
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagactgt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|31468248|gb|CD410276.1|CD410276
EST:     TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagactgt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|193397507|gb|FK361525.1|FK361525
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagactgt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTGAAGAAGATGTGTAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagactgtgttgcatgatgtgcctcattcatttagaaaatgatgtagctccatttgatgtacttttcttatgcttatag

 TGAAGA
-  AAGAAG
- - - AAGATG
- - - - - - -  AAAGAA
- - - - - - - - AAGAAG