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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGATGAAAACAAATGGGGTGTTAATGTTCAAACTTTATCTGGTTCCCCTGCTAATTTTGCAGTATACACTGCAGTTCTTAAACCACATGATCGGATAATGgtaaactattttccctgcacttgattttgactattccaattggcagccgattattgtaattgttctaatgtataatggtatgttgccag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G29410.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G29410.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv04s0008g00770.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
AGATGAAAACAAATGGGGTGTTAATGTTCAAACTTTATCTGGTTCCCCTGCTAATTTTGCAGTATACACTGCAGTTCTTAAACCACATGATCGGATAATGgtaaactattttc--cctgcacttgattttgactattccaattggcagccgattattgtaatt-gttctaatgtataatggtatgttgccag---
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AGATGGAAAGAAGTGGGGTGTCAATGTTCAACCATTGTCTGGTTCTCCAGCTAACTTTGAAGTATACACTGCCCTTCTCAATCCACATGACAGAATCATGgtaagttgttttttgcttaatattgcctttgatcattggaattgttt-tggattgtattgatccgcactaat-cacacttgtaaaccatacttag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192298549|gb|FG989225.1|FG989225
EST:     CTAATTTTGCAGTATACACTGCAGTTCTTAAACCACATGATCGGATAATG                         GGTTTGGACTTGCCTCACGGAGGACATTTGTCTCATGGATTCATGACACCC
genomic: CTAATTTTGCAGTATACACTGCAGTTCTTAAACCACATGATCGGATAATGgtaaactatt ... atgttgccagGGTTTGGACTTGCCTCACGGAGGACATTTGTCTCATGGATTCATGACACCC
EST: gi|207847529|gb|GD820122.1|GD820122
EST:     TTCTTAAACCACATGATCGGATAATG                         GGTTTGGACTTGCCTCACGGAGGACATTTGTCTCATGGATTCATGACACCC
genomic: TTCTTAAACCACATGATCGGATAATGgtaaactatt ... atgttgccagGGTTTGGACTTGCCTCACGGAGGACATTTGTCTCATGGATTCATGACACCC
EST: gi|209729807|gb|BW658612.1|BW658612
EST:     CTAATTTTGCAGTATACACTGCAGTTCTTAAACCACATGATCGGATAATG                         GGTTTGGACTTGCCTCACGGAGGACATTTGTCTCATGGATTCATGACACCC
genomic: CTAATTTTGCAGTATACACTGCAGTTCTTAAACCACATGATCGGATAATGgtaaactatt ... atgttgccagGGTTTGGACTTGCCTCACGGAGGACATTTGTCTCATGGATTCATGACACCC
EST: gi|5753603|gb|AI960890.1|AI960890
EST:     CTAATTTTGCAGTATACACTGCAGTTCTTAAACCACATGATCGGATAATG                         GGTTTGGACTTGCCTCACGGAGGACATTTGTCTCATGGATTCATGACACCC
genomic: CTAATTTTGCAGTATACACTGCAGTTCTTAAACCACATGATCGGATAATGgtaaactatt ... atgttgccagGGTTTGGACTTGCCTCACGGAGGACATTTGTCTCATGGATTCATGACACCC
EST: gi|193680055|gb|FK622379.1|FK622379
EST:     CTAATTTTGCAGTATACACTGCAGTTCTTAAACCACATGATCGGATAATG                         GGTTTGGACTTGCCTCACGGAGGACATTTGTCTCATGGATTCATGACACCC
genomic: CTAATTTTGCAGTATACACTGCAGTTCTTAAACCACATGATCGGATAATGgtaaactatt ... atgttgccagGGTTTGGACTTGCCTCACGGAGGACATTTGTCTCATGGATTCATGACACCC
EST: gi|192301792|gb|FG994444.1|FG994444
EST:     CTAATTT-GCAGTATACACTGCAGT-CT-AAAC-ACATGATCGGATAATG                         GGTTTGGACTTGCCTCACG
genomic: CTAATTTTGCAGTATACACTGCAGTTCTTAAACCACATGATCGGATAATGgtaaactatt ... atgttgccagGGTTTGGACTTGCCTCACG
EST: gi|18039880|gb|BM308174.1|BM308174
EST:     CTAATTTTGCAGTATACACTGCAGTTCTTAAACCACATGATCGGATAATG                         GGTTTGGACTTGCCTCACGGAGGACATTTGTCTCATGGATTCATGACACCC
genomic: CTAATTTTGCAGTATACACTGCAGTTCTTAAACCACATGATCGGATAATGgtaaactatt ... atgttgccagGGTTTGGACTTGCCTCACGGAGGACATTTGTCTCATGGATTCATGACACCC
EST: gi|254335574|gb|GR847102.1|GR847102
EST:     CTAATTTTGCAGTATACACTGCAGTTCTTAAACCACATGATCGGATAATG                         GGTTTGGACTTGCCTCACGGAGGACATTTGTCTCATGGATTCATGACACCC
genomic: CTAATTTTGCAGTATACACTGCAGTTCTTAAACCACATGATCGGATAATGgtaaactatt ... atgttgccagGGTTTGGACTTGCCTCACGGAGGACATTTGTCTCATGGATTCATGACACCC
EST: gi|254345539|gb|GR851701.1|GR851701
EST:     CTAATTTTGCAGTATACACTGCAGTTCT-AAACCACATGATCGGATAATG                         GGTTTGGACTTGCCTCAC
genomic: CTAATTTTGCAGTATACACTGCAGTTCTTAAACCACATGATCGGATAATGgtaaactatt ... atgttgccagGGTTTGGACTTGCCTCAC
EST: gi|298190143|gb|HO032264.1|HO032264
EST:     CTAATTTTGCAGTATACACTGCAGTTCTTAAACCACATGATCGGATAATG                         GGTTTGGACTTGCCTCACGGAGGACATTTGTCTCATGGATTCATGACACCC
genomic: CTAATTTTGCAGTATACACTGCAGTTCTTAAACCACATGATCGGATAATGgtaaactatt ... atgttgccagGGTTTGGACTTGCCTCACGGAGGACATTTGTCTCATGGATTCATGACACCC
EST: gi|151395198|gb|EV265069.1|EV265069
EST:     CTAATTTTGCAGTATACACTGCAGTTCTTAAACCACATGATCGGATAATG                         GGTTTGGACTTGCCTCACGGAGGACATTTGTCTCATGGATTCATGACACCC
genomic: CTAATTTTGCAGTATACACTGCAGTTCTTAAACCACATGATCGGATAATGgtaaactatt ... atgttgccagGGTTTGGACTTGCCTCACGGAGGACATTTGTCTCATGGATTCATGACACCC
EST: gi|208209797|gb|GE004404.1|GE004404
EST:     TTCTTAAACCACATGTATTCGGTATTAATG                         GGTTTGGACTTGCCTCACGGAGGACATTTGTCTCATGGATTCATGACACC
genomic: TTCTTAAACCACATG-A-TCGG-A-TAATGgtaaactatt ... atgttgccagGGTTTGGACTTGCCTCACGGAGGACATTTGTCTCATGGATTCATGACACC
EST: gi|208324186|gb|GE121441.1|GE121441
EST:     TTCTTAAAACCACATGATCGGATAATG                         GGTTTGGACTTGCCTCACGGAGGACATTTGTCTCATGGATTCATGACACCC
genomic: TTCTT-AAACCACATGATCGGATAATGgtaaactatt ... atgttgccagGGTTTGGACTTGCCTCACGGAGGACATTTGTCTCATGGATTCATGACACCC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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AGATGAAAACAAATGGGGTGTTAATGTTCAAACTTTATCTGGTTCCCCTGCTAATTTTGCAGTATACACTGCAGTTCTTAAACCACATGATCGGATAATGgtaaactattttccctgcacttgattttgactattccaattggcagccgattattgtaattgttctaatgtataatggtatgttgccag

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