Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactttcttttatatgttgtaagctgagtctggagtagttgtgttacttgtgtagttaattatttgccttcacttcataatag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G20780.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209708530|gb|BW668141.1|BW668141
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ttcataatagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|209710379|gb|BW681278.1|BW681278
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ttcataatagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|13311384|gb|BG405035.1|BG405035
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ttcataatagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|192324906|gb|FK016092.1|FK016092
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCGG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ttcataatagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|12773339|gb|BG238266.1|BG238266
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTTCA-GCACCAGGTGCCACAAGTTTCATAGGTTGCATAGGAAA
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ttcataatagTGGATGCTT-CAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAA
EST: gi|213598835|gb|DB968306.1|DB968306
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ttcataatagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|209711575|gb|BW676820.1|BW676820
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ttcataatagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|4437142|gb|AI523007.1|AI523007
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ttcataatagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|209711086|gb|BW681150.1|BW681150
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ttcataatagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|151405346|gb|EV275160.1|EV275160
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ttcataatagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|151404672|gb|EV274486.1|EV274486
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGCGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ttcataatagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|11687342|gb|BF594982.1|BF594982
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ttcataatagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|213611486|gb|DB959196.1|DB959196
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ttcataatagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|9987590|gb|BE661698.1|BE661698
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ttcataatagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|213597865|gb|DB958246.1|DB958246
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ttcataatagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|151405163|gb|EV274977.1|EV274977
EST:     GGAGGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GGAGGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ttcataatagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|19937792|gb|BQ081423.1|BQ081423
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ttcataatagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|298174188|gb|HO017524.1|HO017524
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGC
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ttcataatagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGC
EST: gi|12773014|gb|BG237941.1|BG237941
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ttcataatagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|14126129|gb|BG790567.1|BG790567
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ttcataatagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|213591667|gb|DB969767.1|DB969767
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGACAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ttcataatagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|213587888|gb|DB959712.1|DB959712
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ttcataatagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|213605470|gb|DB964609.1|DB964609
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ttcataatagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|208273170|gb|GE070092.1|GE070092
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ttcataatagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|4395913|gb|AI494910.1|AI494910
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ttcataatagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTACATAGGTTGCATAGGAAAG