Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGTCAGGTGATATAAATGAGGAAGTGGATAGTCATAACCGGATGCTGGATCGTATGgtgcgtactgcttattgcatttattgaaaacatttgcattttctctgctatatcgcattatttttttataatctgttggtattttatatag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G18170.2
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G18170.2 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv07s0005g02990.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
TTGTCAGGTGATATAAATGAGGAAGTGGATAGTCATAACCGGATGCTGGATCGTATGgtgcgtactgcttattgcatttattgaaaacatttgcatt---ttctctgctatatcgcattatttttttataatctgttggtattttatatag
||| ||||||||||| ||||||| || || ||||||||||| |||||||||||  ||||  ||      |  |||| ||||  ||  |||||    |   ||||    |||| |   | || |   |  | | ||||  ||          
TTGACAGGTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtg-----tgctgcagttataaaacccattttttctgtgttcttgtttataccatctcatgtggattgattttgttattaag--------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254320597|gb|GR827046.1|GR827046
EST:     GTGATATAAATGAGGAAGTGGATAGTCATAACCGGATGCTGGATCGTATG                         GGAAACGATATGGATTCTTCGAGAGGAGTCCTCTCAGGCACTATGGATAAA
genomic: GTGATATAAATGAGGAAGTGGATAGTCATAACCGGATGCTGGATCGTATGgtgcgtactg ... ttttatatagGGAAACGATATGGATTCTTCGAGAGGAGTCCTCTCAGGCACTATGGATAAA
EST: gi|214004977|gb|DB989110.1|DB989110
EST:     GTGATATAAATGAGGAAGTGGATAGTCATAACCGGATGCTGGATCGTATG                         GGAAACGATATGGATTCTTCGAGAGGAGTCCTCTCAGGCACTATGGATAAA
genomic: GTGATATAAATGAGGAAGTGGATAGTCATAACCGGATGCTGGATCGTATGgtgcgtactg ... ttttatatagGGAAACGATATGGATTCTTCGAGAGGAGTCCTCTCAGGCACTATGGATAAA
EST: gi|9564054|gb|BE473563.1|BE473563
EST:     GTGATATAAATGAGGAAGTGGATAGTCATAACCGGATGCTGGATCGTATG                         GGAAACGATATGGATTCTTCGAGAGGAGTCCTCTCANGCACTATGGATAAA
genomic: GTGATATAAATGAGGAAGTGGATAGTCATAACCGGATGCTGGATCGTATGgtgcgtactg ... ttttatatagGGAAACGATATGGATTCTTCGAGAGGAGTCCTCTCAGGCACTATGGATAAA
EST: gi|151406209|gb|EV276024.1|EV276024
EST:     GTGATATAAATGAGGAAGTGGATAGTCATAACCGGATGCTGGATCGTATG                         GGAAACGATATGGATTCTTCGAGAGGAGTCCTCTCAGGCACTATGGATAAA
genomic: GTGATATAAATGAGGAAGTGGATAGTCATAACCGGATGCTGGATCGTATGgtgcgtactg ... ttttatatagGGAAACGATATGGATTCTTCGAGAGGAGTCCTCTCAGGCACTATGGATAAA
EST: gi|151404411|gb|EV274221.1|EV274221
EST:     GTGATATAAATGAGGAAGTGGATAGTCATAACCGGATGCTGGATCGTATG                         GGAAACGATATGGATTCTTCGAGAGGAGTCCTCTCAGGCACTATGGATAAA
genomic: GTGATATAAATGAGGAAGTGGATAGTCATAACCGGATGCTGGATCGTATGgtgcgtactg ... ttttatatagGGAAACGATATGGATTCTTCGAGAGGAGTCCTCTCAGGCACTATGGATAAA
EST: gi|31309259|gb|CD394462.1|CD394462
EST:     CGGATGCTGGATCGTATG                         GGAAATGATATGGATTCTTCGAGAGGAGTCCTCTCAGGCACTATGGATAAA
genomic: CGGATGCTGGATCGTATGgtgcgtactg ... ttttatatagGGAAACGATATGGATTCTTCGAGAGGAGTCCTCTCAGGCACTATGGATAAA
EST: gi|7285126|gb|AW597613.1|AW597613
EST:     GTGATATAAATGAGGAAGTGGATAGTCATAACCGGATGCTGGATCGTATG                         GGAAACGATATGGATTCTTCGAGAGGAGTCCTCTCAGGCACTATGGATAAA
genomic: GTGATATAAATGAGGAAGTGGATAGTCATAACCGGATGCTGGATCGTATGgtgcgtactg ... ttttatatagGGAAACGATATGGATTCTTCGAGAGGAGTCCTCTCAGGCACTATGGATAAA
EST: gi|12497074|gb|BG047384.1|BG047384
EST:     GTGATATAAATGAGGAAGTGGATAGTCATAACCGGATGCTGGATCGTATG                         GGAAACGATATGGATTCTTCGAGAGGAGTCCTCTCAGGCACTATGGATAAA
genomic: GTGATATAAATGAGGAAGTGGATAGTCATAACCGGATGCTGGATCGTATGgtgcgtactg ... ttttatatagGGAAACGATATGGATTCTTCGAGAGGAGTCCTCTCAGGCACTATGGATAAA
EST: gi|213598058|gb|DB972246.1|DB972246
EST:     GTGATATAAATGAGGAAGTGGATAGTCATAACCGGATGCTGGATCGTATG                         GGAAACGATATGGATTCTTCGAGAGGAGTCCTCTCAGGCACTATGGATAAA
genomic: GTGATATAAATGAGGAAGTGGATAGTCATAACCGGATGCTGGATCGTATGgtgcgtactg ... ttttatatagGGAAACGATATGGATTCTTCGAGAGGAGTCCTCTCAGGCACTATGGATAAA
EST: gi|254320598|gb|GR827047.1|GR827047
EST:     GTGATATAAATGAGGAAGTGGATAGTCATAACCGGATGCTGGATCGTATG                         GGAAACGATATGGATTCTTCGAGAGGAGTCCTCTCAGGCACTATGGATAAA
genomic: GTGATATAAATGAGGAAGTGGATAGTCATAACCGGATGCTGGATCGTATGgtgcgtactg ... ttttatatagGGAAACGATATGGATTCTTCGAGAGGAGTCCTCTCAGGCACTATGGATAAA
EST: gi|193704210|gb|FK647054.1|FK647054
EST:     GTGATATAAATGAGGAAGTGGATAGTCATAACCGGATGCTGGATCGTATG                         GGAAACGATATGGATTCTTCGAGAGGAGTCCTCTCAGGCACTA
genomic: GTGATATAAATGAGGAAGTGGATAGTCATAACCGGATGCTGGATCGTATGgtgcgtactg ... ttttatatagGGAAACGATATGGATTCTTCGAGAGGAGTCCTCTCAGGCACTA
EST: gi|192326348|gb|FK017665.1|FK017665
EST:     GTGATATAAATGAGGAAGTGGATAGTCATAACCGGATGCTGGATCGTATG                         GGAAACGATATGGATTTTTCGAGAGGAGTCCTCTCAGGCACTATGGATAAA
genomic: GTGATATAAATGAGGAAGTGGATAGTCATAACCGGATGCTGGATCGTATGgtgcgtactg ... ttttatatagGGAAACGATATGGATTCTTCGAGAGGAGTCCTCTCAGGCACTATGGATAAA
EST: gi|151398913|gb|EV268784.1|EV268784
EST:     GTGATATAAATGAGGAAGTGGATAGTCATAACCGGATGCTGGATCGTATG                         GGAAACGATATGGATTCTTCGAGAGGAGTCCTCTCAGGCACTATGGATAAA
genomic: GTGATATAAATGAGGAAGTGGATAGTCATAACCGGATGCTGGATCGTATGgtgcgtactg ... ttttatatagGGAAACGATATGGATTCTTCGAGAGGAGTCCTCTCAGGCACTATGGATAAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTGTCAGGTGATATAAATGAGGAAGTGGATAGTCATAACCGGATGCTGGATCGTATGgtgcgtactgcttattgcatttattgaaaacatttgcattttctctgctatatcgcattatttttttataatctgttggtattttatatag

- - - - - - - - - - -  AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA