1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
GTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAGgtatgctattcatgttagggtatgggttggcacttggtgcattttgtaggttgaagtagagtgttgcttcctagtgctttgatagttttgaatgattatg...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G09200.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAG --G-TGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATTEST: gi|7639199|gb|AW733527.1|AW733527
genomic: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAGgtatgctatt ... ttggcactagCAGGTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATT
EST: GGACCACAAGGGTTTGAG-A- -AGGTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATTEST: gi|192332259|gb|FK023908.1|FK023908
genomic: GGACCACAAGGGTTTGAGAAGgtatgctatt ... ttggcactagCAGGTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATT
EST: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAT --G-TGTTGGATTTGCTTGA-GATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATTEST: gi|192298963|gb|FG987708.1|FG987708
genomic: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAGgtatgctatt ... ttggcactagCAGGTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATT
EST: CTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAG-A- -AGGTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATTEST: gi|27424689|gb|CA936209.1|CA936209
genomic: CTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAGgtatgctatt ... ttggcactagCAGGTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATT
EST: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAG --G-TGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATTEST: gi|207692884|gb|GD675473.1|GD675473
genomic: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAGgtatgctatt ... ttggcactagCAGGTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATT
EST: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAG --G-TGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATTEST: gi|213602386|gb|DB980449.1|DB980449
genomic: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAGgtatgctatt ... ttggcactagCAGGTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATT
EST: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAG-A- -AGGTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATTEST: gi|33388402|gb|CA851609.1|CA851609
genomic: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAGgtatgctatt ... ttggcactagCAGGTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATT
EST: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCGCAAGGGTTTGAGAAG CAGGTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATEST: gi|192332260|gb|FK023909.1|FK023909
genomic: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAGgtatgctatt ... ttggcactagCAGGTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCAT
EST: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAG --G-TGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATTEST: gi|24205701|gb|BU964954.1|BU964954
genomic: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAGgtatgctatt ... ttggcactagCAGGTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATT
EST: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAG --G-TGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATT
genomic: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAGgtatgctatt ... ttggcactagCAGGTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAGgtatgctattcatgttagggtatgggttggcacttggtgcattttgtaggttgaagtagagtgttgcttcctagtgctttgatagttttgaatgattatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA