1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
AAGCAGTAATTGAAGAAACCGAGAGACAGAATGCTGAAGTAAATGCTGAACTGAGGGAACTAGAGTTAAAATCAAGTCGCTTTAACGAATTGGAGGAGCGgtatgtttttctctgtaccttgaccgtatgatatttcctgataaaaaatgccataactctcaataaaatttctatgaatattaatagatctttaatcttttcttatgtggtttgtgtggatggctggatgcttgatgtcaatgattgattttacgtgtctaaatgtgtaacag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA11G21490.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGAGGGAACTAGAGTAAAAATCAAGTCGCTTTAACGAA-TGGAGGGAGCG GTATGGGCATGAGTTCAACAATTTTCAGTTTCAATTAATTCCTCATCAGEST: gi|208283464|gb|GE088534.1|GE088534
genomic: TGAGGGAACTAGAGTTAAAATCAAGTCGCTTTAACGAATTGGA-GGAGCGgtatgttttt ... tgtgtaacagGTATTGGCATGAGTTCAACAATTTTCAGTTTCAATTAATTTCTCATCAG
EST: CTGAGGGAACTAGAGTTAAAATCAAGTCGCTTTAACGAATTGGAGGAGCG GTATTGGCATGAGTTCAACAATTTTCAGTTTCAATTAATTTCTCATCAGEST: gi|208175374|gb|GD976769.1|GD976769
genomic: CTGAGGGAACTAGAGTTAAAATCAAGTCGCTTTAACGAATTGGAGGAGCGgtatgttttt ... tgtgtaacagGTATTGGCATGAGTTCAACAATTTTCAGTTTCAATTAATTTCTCATCAG
EST: CTGAGGGAACTAGAGTTAAAATCAAGTCGCTTTAACGAATTGGAGGAGCG GTATTGGCATGAGTTCAACAATTTTCAGTTTCAATTAATTTCTCATCAGEST: gi|20498067|gb|BQ272997.1|BQ272997
genomic: CTGAGGGAACTAGAGTTAAAATCAAGTCGCTTTAACGAATTGGAGGAGCGgtatgttttt ... tgtgtaacagGTATTGGCATGAGTTCAACAATTTTCAGTTTCAATTAATTTCTCATCAG
EST: CTGAGGGAACTAGAGTTAAAATCAAGTCGCTTTAACGAATTGGAGGAGCG GTATTGGCATGAGTTCAACAATTTTCAGTTTCAATTAATTTCTCATCAG
genomic: CTGAGGGAACTAGAGTTAAAATCAAGTCGCTTTAACGAATTGGAGGAGCGgtatgttttt ... tgtgtaacagGTATTGGCATGAGTTCAACAATTTTCAGTTTCAATTAATTTCTCATCAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AAGCAGTAATTGAAGAAACCGAGAGACAGAATGCTGAAGTAAATGCTGAACTGAGGGAACTAGAGTTAAAATCAAGTCGCTTTAACGAATTGGAGGAGCGgtatgtttttctctgtaccttgaccgtatgatatttcctgataaaaaatgccataactctcaataaaatttctatgaatattaatagatctttaatcttttcttatgtggtttgtgtggatggctggatgcttgatgtcaatgattgattttacgtgtctaaatgtgtaacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG