Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGATACCGTTGTGGCATATATGGGTCCAACTGCCCCGAATGGATAATTGCAATGCAGgtatgacaccatgtttttttaggggaaattacacttaaccaactcttttagtatgttaatcacaattagttatgaacttgaattaagtaattatctggtt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G13050.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G13050.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G104847_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GGATACCGTTGTGGCATATATGGGTCCAACTGCCCCGAATGGATAATTGCAATGCAGgtatgacaccatgtttttttaggggaaattacacttaaccaactctt-----ttagtatgttaatcac-aattagttatgaacttgaattaagtaattatctggtt
|||   |  |||||||||||||| ||||||||||| |||||| | || || ||||||||  |||   || |   ||||||     ||    |      | | |      || | || | | | |  || |||        ||  | |  |  ||||  |    
GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgt--gaccttatttcactttaggtctcgtttgtttcctttcattttgagaaattggaatctcactaatgaaatagactattctttagaatgtgacattacat----

upper sequence: GLYMA11G13050.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv03s0063g01880.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
GGATACCGTTGTGGCATATATGGGTCCAACTGCCCCGAATGGATAATTGCAATGCAGgtatgacaccatgtttttttaggggaaattacac-ttaac-caactcttttagtatgttaatcacaat-tagttatgaacttgaattaagtaattatctggtt
||| || | ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| | |  ||   | ||    |    || ||  ||| |  |     |  | ||| ||  | ||||  || ||      |||||||   |  || | |||  
GGAGACAGGTGTGGGATTTATGGATCCAACTGCCCCGAATGGATAATTGCTATGGAGgtattaaattattaatattggctgtgtgtttcatattagcatagaaaatgaattattttcttaacaaggtattttcttttttgaatttgat--ttttttggc-