Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACATAAAAGTGCTGCAAGCTGATATGCTAGAGCTACCTTTTGAGGATGAATGTTTTGATTTGGTTATTGAGAAAGGAACTATGgtaaattgaataattttcctttgatctatgatgggattttgacttgatgttttaaactaatgattatggttcctgtatgatcgagtgtttgaagtttatggattaaatgcgattcttggttttgaaatttgaag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G12910.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G12910.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT4G34360.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
ACATAAAAGTGCTGCAAGCTGATATGCTAGAGCTACCTTTTGAGGATGAATGTTTTGATTTGGTTATTGAGAAAGGAACTATGgtaaa--------ttga---ataattttcctttgatctatgatgggattttgacttgatgttttaaactaatgattatggttcctgtatgatcgagtgtttga-agtttatggattaaatgcgattcttggttttgaaatttgaag-----
| ||||||||| |||||||||| |||||||| || || |||||    || | ||||||| |||||||||||||||| || ||||||||         |||   | || |||| || |||| ||  |  | ||  ||||| |  ||||  | | | | || |      | |||  ||  |     || || |     || |  ||    | || ||  | ||  | |        
AAATAAAAGTGGTGCAAGCTGACATGCTAGACCTCCCATTTGACAGCGAGTCTTTTGATGTGGTTATTGAGAAAGGGACCATGgtaaaatctgtaactgagctacaactttctttcgatccattgtttgtttaggacttcagatttttcagtga-ggttctaaagtatatattttcttgaaaaggagagatagctcatgatttgtccctttttgtaattaatctcgtgttgtag

upper sequence: GLYMA11G12910.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv03s0063g02010.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
ACATAAAAGTGCTGCAAGCTGATATGCTAGAGCTACCTTTTGAGGATGAATGTTTTGATTTGGTTATTGAGAAAGGAACTATGgtaaattgaataattttcctttgatctatgatgggattttgacttgatgttttaaactaatgattatggttcctgtatgatcgagtgtttgaag-tttatggattaaatgcgattcttggttttgaaatttgaag
| || ||||||||| ||||||| ||||||||  | || |||    | || ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| | |  ||||  |  | | ||| |        ||  || || | || |       | ||| | |||  |   |  | |||| | |  |  ||| |  |||  | |                         
AAATCAAAGTGCTGGAAGCTGACATGCTAGACTTGCCCTTTAGCAACGAGTGTTTTGATGTGGTTATTGAGAAAGGAACCATGgtaaactta-caattcacaatggctctgt--------ttcaacctgcttttat-------ttattcttgtttttaattagttgagtatgtatatcttttttaatttgaag-------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298182183|gb|HO026358.1|HO026358
EST:     TACCTTTTGAGGATGAATGTTTTGATTTGGTTATTGAGAAAGGAGCTATG                         GATGTATTGTTCGTGGACAGTGGTGACCCATGGAATCCAAAGCCTGAAACT
genomic: TACCTTTTGAGGATGAATGTTTTGATTTGGTTATTGAGAAAGGAACTATGgtaaattgaa ... aaatttgaagGATGTATTGTTCGTGGACAGTGGTGACCCATGGAATCCAAAGCCTGAAACT
EST: gi|193366249|gb|FK330236.1|FK330236
EST:     CCTTTTTGAGGATGAATGTTTTTGATTTGGTTATTGAGAAAGGAACTATG                         GATGTATTGTTCGTGGACAGTGGTGACCCATGGAATCCAAAGCCTGAAACT
genomic: CC-TTTTGAGGATGAATG-TTTTGATTTGGTTATTGAGAAAGGAACTATGgtaaattgaa ... aaatttgaagGATGTATTGTTCGTGGACAGTGGTGACCCATGGAATCCAAAGCCTGAAACT
EST: gi|193609113|gb|FK563895.1|FK563895
EST:     TACCTTTTGAGGATGAATGTTTTGATTTGGTTATTGAGAAAGGAACTATG                         GATGTATTGTTCGTGGACAGTGGTGACCCATGGAATCCAAAGCCTGAAACT
genomic: TACCTTTTGAGGATGAATGTTTTGATTTGGTTATTGAGAAAGGAACTATGgtaaattgaa ... aaatttgaagGATGTATTGTTCGTGGACAGTGGTGACCCATGGAATCCAAAGCCTGAAACT
EST: gi|10847982|gb|BF070555.1|BF070555
EST:     TACCTTTTGAGGATGAATGTTTTGATTTGGTTATTGAGAAAGGAACTATG                         GATGTATTGTTCGTGGACAGTGGTGACCCATGGAATCCAAAGCCTGAAACT
genomic: TACCTTTTGAGGATGAATGTTTTGATTTGGTTATTGAGAAAGGAACTATGgtaaattgaa ... aaatttgaagGATGTATTGTTCGTGGACAGTGGTGACCCATGGAATCCAAAGCCTGAAACT
EST: gi|298173135|gb|HO020119.1|HO020119
EST:     TACCTTTTGAGGGTGAATGTTTTGATTTGGTTATTGAGAAAGGAACTATG                         GATGTATTGTTCGTGGACAGTGGTGACCCATGGAATCCAAAGCCTGAAACT
genomic: TACCTTTTGAGGATGAATGTTTTGATTTGGTTATTGAGAAAGGAACTATGgtaaattgaa ... aaatttgaagGATGTATTGTTCGTGGACAGTGGTGACCCATGGAATCCAAAGCCTGAAACT
EST: gi|7145881|gb|AW507803.1|AW507803
EST:     TACCTTTTGAGGATGAATGTTTTGATTTGGTTATTGAGAAAGGAACTATG                         GATGTATTGTTCGTGGACAGTGGTGACCCATGGAATCCAAAGCCTGAAACT
genomic: TACCTTTTGAGGATGAATGTTTTGATTTGGTTATTGAGAAAGGAACTATGgtaaattgaa ... aaatttgaagGATGTATTGTTCGTGGACAGTGGTGACCCATGGAATCCAAAGCCTGAAACT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ACATAAAAGTGCTGCAAGCTGATATGCTAGAGCTACCTTTTGAGGATGAATGTTTTGATTTGGTTATTGAGAAAGGAACTATGgtaaattgaataattttcctttgatctatgatgggattttgacttgatgttttaaactaatgattatggttcctgtatgatcgagtgtttgaagtttatggattaaatgcgattcttggttttgaaatttgaag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA