Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGGTGGTGACCGTGATGGATACCGTGGAGGTCCACGCGGACCTGGTGGTGATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagctttttgcaatatatcaattaacattatttgctattattctatatcaatcaatattattgtgtttctatttgtttatttattgtttgctattatt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G02410.3
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G02410.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT4G25740.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
-----------------------------------------CGGTGGTGACCGTGATGGATACCGTGGAGGTCCACGCGGACC--TGGTGGTGATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCT----GCTGACTACAGGCCT---TCTTTTGGGgtaagctttttgcaatat--atcaatt---aacattattt--gctattattctatatcaatcaatattattgtgtttctatttgttt---atttattgtttgctattatt---------
                                         || || || || || |  |    |  || |||  |   | ||  |||| ||   || |||| |     ||| | ||      | |   | ||    |   ||  |||   |   |  | ||    ||     ||||    | ||| |||  ||| || || |  |     | |  |   | || |       ||     ||||  ||   |  ||   |         
GAAGGAATTGAGTTCTTGAGAACTTATCTTAACCTTCCTTCCGATGTTGTCCCTGCT--ACTTTGAAGAAGTCTGCTAAGCCCGGTGGTCGTCCCTTTGGTGgcccacctggtgatcgccaaaggtagtttcatctttaaatcccttgacctgtccggtctgagggattggctaatttctgatattgttttggcttttgtttt-cagaggaccacctcgctctgatggagaccgtcccagatttggtgaccgtgatggataccgtggag

upper sequence: GLYMA11G02410.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT4G25740.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
------------CGGTGGTGACCGTGATGGATACCGTGGAGGTCCACGCGGACCTGGTGGTGATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagctttttgca-atatatcaattaacattatttg---ctat---tattcta--tatcaatcaatattattg---tgtttctatttgttt-atttattgtttgcta-ttatt----------------------------------------
               ||||||||||||||||||||||||||| |||||      ||||||||||      || |||||||||||||| ||||| | |  ||| |||||    ||||   ||   |  |   |||| |     ||   ||   ||||     ||| |  ||  ||||| |  || |    |||  | || || ||  ||||  || |  ||  || |                                        
AGACCGTCCCAGATTTGGTGACCGTGATGGATACCGTGGAGGCCCACG------TGGTGGTGAT------GAGAAGGGTGGAGCTCCAGCTGATTTCCAGCCGTCTTTCCAAgtaaatcttcgacttactaatcactcctagtttactgagcctatatgccttccacttactaatcactcctagttaactgtgccaatatgcttcgtttaaagtcttttagctagttgatgaagagattgtctaacagcgtgttgtatgttggcag

upper sequence: GLYMA11G02410.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv02s0025g00310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
CGGTGGTGACCGTGATGGATACCGTGGAGGTCCACGCGGACCTGGTGGTGATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagctttt---tgcaatatatcaattaacattatttgctat-----tattctatatcaatcaatattattgtgtttctatttgtttatttattgtttgctattatt
   ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||   ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||    ||||||||  ||||||||| |    | |  | |  || | ||   ||| | ||||     || |  |    ||| | |  | |  | || | ||| |||| |||  |   ||        
GTTTGGTGACCGGGATGGGTACCGTGGAGGTCCACGAGGACCTCCAGGTGAGTTTGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGATTATCAACCTTCTTTCAGGgtaagctatcatcttcgctctggcattcaattatatgttctatatgtataatagaggctaattatttctttcatcttgcaattggtttgttttcttaatg--------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58014465|gb|CX701207.1|CX701207
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagctttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
EST: gi|31475522|gb|CD417550.1|CD417550
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GTTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagctttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
EST: gi|208319141|gb|GE117544.1|GE117544
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTT-GG                         GGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagctttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
EST: gi|22927028|gb|BU544167.1|BU544167
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagctttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
EST: gi|18041054|gb|BM309348.1|BM309348
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagctttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
EST: gi|9899073|gb|BE608041.1|BE608041
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagctttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
EST: gi|208154068|gb|GD951873.1|GD951873
EST:     TTTCGGTTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTT-GG                         GGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
genomic: TTTCGG-TGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagctttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
EST: gi|193471045|gb|FK436972.1|FK436972
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagctttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
EST: gi|208234989|gb|GE028293.1|GE028293
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTT-GGG                         G-TGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGT
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagctttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGT
EST: gi|254342456|gb|GR858618.1|GR858618
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagctttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
EST: gi|193335326|gb|FK299340.1|FK299340
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagctttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
EST: gi|11411498|gb|BF423509.1|BF423509
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagctttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
EST: gi|21601054|gb|BQ611385.1|BQ611385
EST:     GTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT
genomic: GTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagctttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGTGGAAGGCCTGGTTTTGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CGGTGGTGACCGTGATGGATACCGTGGAGGTCCACGCGGACCTGGTGGTGATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagctttttgcaatatatcaattaacattatttgctattattctatatcaatcaatattattgtgtttctatttgtttatttattgtttgctattatt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT