Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   
14  
 5'  3'   
15  
 5'  3'   
16  
 5'  3'   
17  
 5'  3'   
18  
 5'  3'   
19  
 5'  3'   
20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   
22  
 5'  3'   
23  
 5'  3'   
24  
 5'  3'   
25  
 5'  3'   
26  
 5'  3'   
27  
 5'  3'   
28  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTTTCCAATCTCCTCATGCTTCATTGAGAAAGCTATCATTGGGTTCTGTAAATCAATACATTATGTTAATGCCTTCTgtaagtgtattgtgagactctaattctatcatctcagttctctggttattaaagtattactgaagtttggaattgatagtaatagtctcaatggttttgtacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G42960.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G42960.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv03s0038g02830.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
TTTTTCCAATCTCCTCATGCTTCATTGAGAAAGCTATCATTGGGTTCTGTAAATCAATACATTATGTTAATGCCTTCTgtaagtgtattgtgagactctaattctatcat-ctcagttctctggttattaaagtattactgaagtttggaattgatagtaatagtctcaatggttttgtacag
||||| ||||| || ||||| ||| | |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||| |||||||| | | | | | | ||| || || ||| | || | | || ||| || || | ||| | | |
TTTTTTCAATCACCACATGCCTCACTAAGAAAGCTTTCATTGGGTTCCGTAAACCAGTACATTATGTTGATGCCCGCTgtaagtatgcc-taaaatttttgctcttcaatacttagtgacttaattct---gatgttgctggagggtg-atttggttgcag----------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19348256|gb|BM892788.1|BM892788
EST:     GAAAGCTATCATTGGGTTCTGTAAATCAATACATTATGTTAATGCCTTCT                         GCCTTATATGTATCCATGGATCAATATCTTCAAGGTTTGTTTATTCTCGCT
genomic: GAAAGCTATCATTGGGTTCTGTAAATCAATACATTATGTTAATGCCTTCTgtaagtgtat ... ttttgtacagGCCTTATATGTATCCATGGATCAATATCTTCAAGGTTTGTTTATTCTCGCT
EST: gi|21888137|gb|BQ741350.1|BQ741350
EST:     GAAAGCTATCATTGGGTTCTGTAAATCAATACATTATGTTAATGCCTTCT                         GCCTTATATGTATCCATGGATCAATATCTTCAAGGTTTGTTTATTCTCGCT
genomic: GAAAGCTATCATTGGGTTCTGTAAATCAATACATTATGTTAATGCCTTCTgtaagtgtat ... ttttgtacagGCCTTATATGTATCCATGGATCAATATCTTCAAGGTTTGTTTATTCTCGCT