Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGCGCTTTGGTGATGGTGATGCTTCTCAAATTGGGTTAGACCTTGATGAGgtaatttgtctttttattttttgattttccacagcattctatgcatagag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G38310.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G38310.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv00s0220g00080.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
AGCGCTTTGGTGATGGTGATGCTTCTCAAATTGGGTTAGACCTTGATGAGgtaattt-gtctttttattttttgattttccacagcattctatgcatagag--------------------------------------------------
|||| ||||| ||||||||  |||||||||||||  |||| |||||||||||||||| ||  | || | || | | | || | |  |  |  || ||   |                                                  
AGCGGTTTGGAGATGGTGACACTTCTCAAATTGGTCTAGATCTTGATGAGgtaattttgtagtattttcttatcagtgtctagaa-agacattgaatgaggtcaattttctttgaatcaaaatgattaattggctatttccattttatatc