1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
GGAGCAAGATCTCTTGAAGAAGATTTGCGATTCATATTACCTTCCAGCTTGGTGCTCAACTTCTGATTATGTTAAGTTGCTGGAATCCCTGTCCCTTCAGgtacttaattagcacaattttttttacctataaatattacttgttaatttattatttttttagtaaaaaaaattcaaactcaccacctctatatatagttcaagttgtgtacgttgctactataacatgcatggttgctatgtag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA09G35680.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGTGCTCAACTTCTGATTATGTTAAGTTGCTGGAATCCCTGTCCCTTCAG GACATCAAATCAGCAGATTGGTCTCCCTTTGTTGCTCCATTTTGGCCATCAEST: gi|6069513|gb|AW099184.1|AW099184
genomic: GGTGCTCAACTTCTGATTATGTTAAGTTGCTGGAATCCCTGTCCCTTCAGgtacttaatt ... tgctatgtagGACATTAAATCAGCAGATTGGTCTCCCTTTGTTGCTCCATTTTGGCCAGCA
EST: GTGCTCAACTTCTGATTATGTTAAGTTGCTGGAATCCCCTGTCCCTTCAG GACATTAAATCAGCAGATTGGTCTCCCTTTGTTGCTCCATTTTGGCCAGCAEST: gi|208124038|gb|GD925528.1|GD925528
genomic: GTGCTCAACTTCTGATTATGTTAAGTTGCTGGAAT-CCCTGTCCCTTCAGgtacttaatt ... tgctatgtagGACATTAAATCAGCAGATTGGTCTCCCTTTGTTGCTCCATTTTGGCCAGCA
EST: GGTGCTCAACTTCTGATTATGTTAAGTTGCTGGAATCCCTGTCCCTTCAG GACATTAAATCAGCAGATTGGTCTCCCTTTGTTGCTCCATTTTGGCCAGCAEST: gi|209718925|gb|BW669114.1|BW669114
genomic: GGTGCTCAACTTCTGATTATGTTAAGTTGCTGGAATCCCTGTCCCTTCAGgtacttaatt ... tgctatgtagGACATTAAATCAGCAGATTGGTCTCCCTTTGTTGCTCCATTTTGGCCAGCA
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atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGAGCAAGATCTCTTGAAGAAGATTTGCGATTCATATTACCTTCCAGCTTGGTGCTCAACTTCTGATTATGTTAAGTTGCTGGAATCCCTGTCCCTTCAGgtacttaattagcacaattttttttacctataaatattacttgttaatttattatttttttagtaaaaaaaattcaaactcaccacctctatatatagttcaagttgtgtacgttgctactataacatgcatggttgctatgtag
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