Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGCCTTGCTCGCAAGACCAATCGTTTAGGTTCATCTAAGCAAATGGCCAAGCTAATTGCCTTTTCAGGAATTTTGAATAACAGGGAAATGTTTAATCCAGgtctttcccactagtccacacaattttgtttctcctaatgaatccaatattttctttaactttctaatgagtattgtgaattccag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G35050.4
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213597073|gb|DB968168.1|DB968168
EST:     GCTAATTGCCTTTTCAGGAATTTTGAATAACAGGGAAATGTTTAATCCAG                         ATTTCTACAACTGGTACAGAATCAAGGTTAGGTATTGTGACGGGTCATCAT
genomic: GCTAATTGCCTTTTCAGGAATTTTGAATAACAGGGAAATGTTTAATCCAGgtctttccca ... tgaattccagATTTCTACAACTGGAACAGAATCAAGGTTAGGTATTGTGATGGTTCATCAT
EST: gi|18733683|gb|BM527753.1|BM527753
EST:     GCTAATTGCCTTTTCAGGAATTTTGAATAACAGGGAAATGTTTAATCCAG                         ATTTCTACAACTGGAACAGAATCAAGGTTAGGTATTGTGATGGTTCATCAT
genomic: GCTAATTGCCTTTTCAGGAATTTTGAATAACAGGGAAATGTTTAATCCAGgtctttccca ... tgaattccagATTTCTACAACTGGAACAGAATCAAGGTTAGGTATTGTGATGGTTCATCAT
EST: gi|21888360|gb|BQ741573.1|BQ741573
EST:     GCTAATTGCCTTTTCAGGAATTTTGAATAACAGGGAAATGTTTAATCCAG                         ATTTCTACAACTGGAACAGAATCAAGGTTAGGTATTGTGATGGTTCATCAT
genomic: GCTAATTGCCTTTTCAGGAATTTTGAATAACAGGGAAATGTTTAATCCAGgtctttccca ... tgaattccagATTTCTACAACTGGAACAGAATCAAGGTTAGGTATTGTGATGGTTCATCAT
EST: gi|9986444|gb|BE660552.1|BE660552
EST:     GCTAATTGCCTTTTCAGGAATTTTGAATAACAGGGAAATGTTTAATCCAG                         ATTTCTACAACTGGAACAGAATCAAGGTTAGGTATTGTGACGGTTCATCAT
genomic: GCTAATTGCCTTTTCAGGAATTTTGAATAACAGGGAAATGTTTAATCCAGgtctttccca ... tgaattccagATTTCTACAACTGGAACAGAATCAAGGTTAGGTATTGTGATGGTTCATCAT
EST: gi|9898765|gb|BE607733.1|BE607733
EST:     GCTAATTGCCTTTTCAGGAATTTTGAATAACAGGGAAATGTTTAATCCAG                         ATTTCTACAACTGGAACAGAATCAAGGTTAGGTATTGTGATGGTTCATCAT
genomic: GCTAATTGCCTTTTCAGGAATTTTGAATAACAGGGAAATGTTTAATCCAGgtctttccca ... tgaattccagATTTCTACAACTGGAACAGAATCAAGGTTAGGTATTGTGATGGTTCATCAT
EST: gi|37995321|gb|CF806910.1|CF806910
EST:     GTTTAATCCAG                         ATTTCTACAACTGGAACAGAATCAAGGTTAGGTATTGTGACGGTTCATCAT
genomic: GTTTAATCCAGgtctttccca ... tgaattccagATTTCTACAACTGGAACAGAATCAAGGTTAGGTATTGTGATGGTTCATCAT
EST: gi|9820186|gb|BE555696.1|BE555696
EST:     GCTAATTGCCTTTTCAGGAATTTTGAATAACAGGGAAATGTTTAATCCAG                         ATTTCTACAACTGGAACAGAATCAAGGTTAGGTATTGTGATGGTTCATCAT
genomic: GCTAATTGCCTTTTCAGGAATTTTGAATAACAGGGAAATGTTTAATCCAGgtctttccca ... tgaattccagATTTCTACAACTGGAACAGAATCAAGGTTAGGTATTGTGATGGTTCATCAT
EST: gi|15287443|gb|BI471334.1|BI471334
EST:     GCTAATTGCCTTTTCAGGAATTTTGAATAACAGGGAAATGTTTAATCCAG                         ATTTCTACAACTGGAACAGAATCAAGGTTAGGTATTGTGACGGTTCATCAT
genomic: GCTAATTGCCTTTTCAGGAATTTTGAATAACAGGGAAATGTTTAATCCAGgtctttccca ... tgaattccagATTTCTACAACTGGAACAGAATCAAGGTTAGGTATTGTGATGGTTCATCAT
EST: gi|15664114|gb|BI701485.1|BI701485
EST:     GCTAATTGCCTTTTCAGGAATTTTGAATAACAGGGAAATGTTTAATCCAG                         ATTTCTACAACTGGAACAGAATCAAGGTTAGGTATTGTGACGGTTCATCAT
genomic: GCTAATTGCCTTTTCAGGAATTTTGAATAACAGGGAAATGTTTAATCCAGgtctttccca ... tgaattccagATTTCTACAACTGGAACAGAATCAAGGTTAGGTATTGTGATGGTTCATCAT