Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCATATTCTCCTATACCTCCACATGGTTTCTTGGCATCAAGTCCCCAGGCTCACCCTTATATGTGGGGTGTCCAGgtaattgtcacgggtattataaatggcaattccatgtacatggtagtgttaatgtgtaaattaaccttttgctattgcttagtcaaatgtaagatctaac...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G34170.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G34170.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT2G35530.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
GCATATTCTCCTATACCTCCAC---ATGGTTTCTTGGCATCAAGTCCCCAGGCTCACCCTTATATGTGGGGTGTCCAGgt-aattgtcacgggtattataaatggcaattcc-atgtacat-ggtagtgttaatgt--gtaaattaaccttttgctattgcttagtcaaatgtaagatctaac----------------------------------------------------
|||||||||||||| || || |   ||||||   ||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||| || || |    |  ||||   |    | |   ||||  || |||  |   | ||   | |||||      ||  |||||  |  | |    |  | ||                                                        
GCATATTCTCCTATGCCGCCGCCTCATGGTTATGTGGCATCTAGTCCCCAACCTCACCCTTATATGTGGGGAGTTCAGgtgaactggcttacgctttatcgctttttactgtgatgtctatcggtgttcagagtgctggaaaattgcaacattcttattgacttataacgaattcgttcagctgtctttcatcatatctttgattgattactgaatgagacattaaattttgcag

upper sequence: GLYMA09G34170.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv02s0012g02250.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
GCATATTCTCCTATACCTCCACATGGTTTCTTGGCATCAAGTCCCCAGGCTCACCCTTATATGTGGGGTGTCCAGgtaattgtcacg----ggtattataaatggcaattccatgtacatggtagtgttaatgtgtaaattaaccttttgctattgcttagtcaaatgtaagatctaac
||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||| ||||        | | || | |  || ||||  |  | | |  | |  ||  | || |    ||  |  ||  ||||  || |  | ||    | |  | 
GCATATTCTCCCATACCTCCACATGGGTTCTTGGCGTCAAGTCCCCAAGCTCACCCTTACATGTGGGGAGTTCAGgtatttgttcttatatgtttttctcatcggaaattgaaaatgcttatttggatttct-tggaggagaaagtaatgggattg--tattggactgctcaaaccga-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6482300|gb|AW201569.1|AW201569
EST:     GTTTCTTGGCATCAAGTCCCCAGGCTCACCCTTATATGTGGGGTGTCCAG                         CAATTTATGCCTCCCTATGGTACTCCACCACATCCCTATGTTGCAATGTAT
genomic: GTTTCTTGGCATCAAGTCCCCAGGCTCACCCTTATATGTGGGGTGTCCAGgtaattgtca ... ttatttacagCAATTTATGCCTCCCTATGGTACTCCACCACATCCCTATGTTGCAATGTAT
EST: gi|208179533|gb|GD978338.1|GD978338
EST:     GTTTCTTGGCATCAAATCCCCAGGCTCACCCTTATATGTGGGGTGTCCAG                         CAATTTATGCCTCCCTATGGTACTCCACCACATCCCTATGTTGCAATGTAT
genomic: GTTTCTTGGCATCAAGTCCCCAGGCTCACCCTTATATGTGGGGTGTCCAGgtaattgtca ... ttatttacagCAATTTATGCCTCCCTATGGTACTCCACCACATCCCTATGTTGCAATGTAT