1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
CATTACCAGAGAAGTCCGAGGGATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGGgtaggtatatgaagccttttagttagatcaaaagtttcctcgtgtgtatgtgtgaaaaatgatgtataatttggacttagtgtttaattattttgtgtag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA09G33160.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGG ATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATTEST: gi|208169752|gb|GD967825.1|GD967825
genomic: GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGGgtaggtatat ... ttttgtgtagATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATT
EST: GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGG ATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATTEST: gi|18734891|gb|BM528445.1|BM528445
genomic: GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGGgtaggtatat ... ttttgtgtagATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATT
EST: GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGG ATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATTEST: gi|19053956|gb|BM732623.1|BM732623
genomic: GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGGgtaggtatat ... ttttgtgtagATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATT
EST: GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGG ATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATTEST: gi|15288236|gb|BI472127.1|BI472127
genomic: GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGGgtaggtatat ... ttttgtgtagATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATT
EST: GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGG ATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAEST: gi|15813600|gb|BI785875.1|BI785875
genomic: GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGGgtaggtatat ... ttttgtgtagATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAA
EST: GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGG ATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATTEST: gi|308098228|gb|HO759969.1|HO759969
genomic: GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGGgtaggtatat ... ttttgtgtagATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATT
EST: GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGG ATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATTEST: gi|120534087|gb|EH262220.1|EH262220
genomic: GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGGgtaggtatat ... ttttgtgtagATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATT
EST: GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGG ATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATT
genomic: GATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGGgtaggtatat ... ttttgtgtagATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CATTACCAGAGAAGTCCGAGGGATATATCCAGGTCTTTCTTGATGGAGGTTTGAACCAACAAAGGATGGGGgtaggtatatgaagccttttagttagatcaaaagtttcctcgtgtgtatgtgtgaaaaatgatgtataatttggacttagtgtttaattattttgtgtag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG