1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgttttatggactcctaatattgtattgctttatgtaatggtttggttgtaattgttgtttgacttgagcag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA09G28440.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCEST: gi|23058305|gb|BU578303.1|BU578303
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCEST: gi|21594357|gb|BQ610135.1|BQ610135
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCEST: gi|12496516|gb|BG047103.1|BG047103
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: CTATGGTGTTTTAAAAATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCEST: gi|5677916|gb|AI939046.1|AI939046
genomic: CTATGGTGTTTTAAGA-TTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTCTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGGTAGTGGACAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGACATTCEST: gi|33389542|gb|CA852749.1|CA852749
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCEST: gi|12497107|gb|BG047401.1|BG047401
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAANACTGATAGCTCAGAGAGCCCAGTCCATGAAATTCEST: gi|24205365|gb|BU964618.1|BU964618
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCEST: gi|120496311|gb|EH224478.1|EH224478
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGACATTEST: gi|15813645|gb|BI785920.1|BI785920
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAA-CTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATT
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCEST: gi|120496212|gb|EH224379.1|EH224379
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCEST: gi|254325495|gb|GR838376.1|GR838376
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCEST: gi|8286276|gb|BE023835.1|BE023835
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCEST: gi|31475508|gb|CD417536.1|CD417536
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTGGGGATGGGAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCEST: gi|6666600|gb|AW278059.1|AW278059
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: GGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCEST: gi|31305814|gb|CD391017.1|CD391017
genomic: GGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCEST: gi|11414198|gb|BF426209.1|BF426209
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: TAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCEST: gi|31561125|gb|CD486963.1|CD486963
genomic: TAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCEST: gi|192305912|gb|FG995462.1|FG995462
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCEST: gi|120496331|gb|EH224498.1|EH224498
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCEST: gi|151406004|gb|EV275819.1|EV275819
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCEST: gi|192305913|gb|FG995463.1|FG995463
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCEST: gi|10843496|gb|BF067184.1|BF067184
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: GTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCEST: gi|16105559|gb|BI893299.1|BI893299
genomic: GTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTC-GATTA-TCAAGTCCATGAAATTEST: gi|14990868|gb|BI316541.1|BI316541
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGA-GAGCCAAGTCCATGAAATT
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCEST: gi|17153034|gb|BM142967.1|BM142967
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCEST: gi|151409012|gb|EV278820.1|EV278820
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCEST: gi|298179211|gb|HO027682.1|HO027682
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCEST: gi|20814979|gb|BQ299457.1|BQ299457
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATEST: gi|15813712|gb|BI785987.1|BI785987
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCAT
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCEST: gi|21889395|gb|BQ742608.1|BQ742608
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCEST: gi|21889541|gb|BQ742754.1|BQ742754
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAT GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCEST: gi|298164138|gb|HO013783.1|HO013783
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGGAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCAEST: gi|9564213|gb|BE473722.1|BE473722
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCA
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCEST: gi|31472170|gb|CD414198.1|CD414198
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAG GTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgtttta ... acttgagcagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgttttatggactcctaatattgtattgctttatgtaatggtttggttgtaattgttgtttgacttgagcag
- - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG