1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
AAGTTGTTGCAAATTTACAAAGGCAACAGGTTCAGTTTAAGTTGATTGCATCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGGgtaagaaaacattggatgacacttttggtttcttgattcttgttctagtatggtgaactcttctgcttgatcaaatgaactgaaataattttttttttta...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA09G01370.4 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGG CTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTGEST: gi|254314656|gb|GR829649.1|GR829649
genomic: CCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGGgtaagaaaac ... tgcctttcagCTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTG
EST: TGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGG CTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTGEST: gi|208120718|gb|GD916047.1|GD916047
genomic: TGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGGgtaagaaaac ... tgcctttcagCTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTG
EST: TCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGG CTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTGEST: gi|15203298|gb|BI426066.1|BI426066
genomic: TCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGGgtaagaaaac ... tgcctttcagCTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTG
EST: TCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGG CTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTGEST: gi|208056876|gb|GD851209.1|GD851209
genomic: TCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGGgtaagaaaac ... tgcctttcagCTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTG
EST: TCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGG CTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACEST: gi|21887763|gb|BQ740976.1|BQ740976
genomic: TCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGGgtaagaaaac ... tgcctttcagCTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACAC
EST: TCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGG CTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTGEST: gi|213599253|gb|DB962290.1|DB962290
genomic: TCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGGgtaagaaaac ... tgcctttcagCTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTG
EST: TCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGG CTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTGEST: gi|18039695|gb|BM307989.1|BM307989
genomic: TCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGGgtaagaaaac ... tgcctttcagCTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTG
EST: TCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGG CTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTGEST: gi|11414041|gb|BF425981.1|BF425981
genomic: TCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGGgtaagaaaac ... tgcctttcagCTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTG
EST: CCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATATTTGG CTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTGEST: gi|208200834|gb|GD995659.1|GD995659
genomic: CCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGGgtaagaaaac ... tgcctttcagCTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTG
EST: TCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGG CTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTG
genomic: TCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGGgtaagaaaac ... tgcctttcagCTATGAAAACCAAGATATGGCTTTACACTATGGTGCGATGCTGAGGGAGTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AAGTTGTTGCAAATTTACAAAGGCAACAGGTTCAGTTTAAGTTGATTGCATCTGATTACCTGGAGAAAAATATGGATCTTATGGATATTTTGATAGTTGGgtaagaaaacattggatgacacttttggtttcttgattcttgttctagtatggtgaactcttctgcttgatcaaatgaactgaaataattttttttttta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA