Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGGATGAACCTCAGATTGAACACTTGCTCCAGACAGCCGAAGCTATAAGGAGGGACTACCCTGATGAAGATTGGTTGCACCTAACTGGCCTTATCCATGgtactttctacattctaatgacccttttacatgcattgctccttatacttgaaaaagtttgaagatccttttgctatgaaatagtttttgtgtttttggttttaatatggactattggaaatgaaagataggaaattgcaagaaaacttccacttataccacaagcatttaccaatttgcttcaatgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G21300.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192304442|gb|FG997856.1|FG997856
EST:     GAGGGACTACCCTGATGAAGATTGGTTGCACCTAACTGGCCTTATCCATG                         ATCTTGGCAAGGTGCTGAATTTGCCTAGTTTTGGAGGACTTCCTCAATGGG
genomic: GAGGGACTACCCTGATGAAGATTGGTTGCACCTAACTGGCCTTATCCATGgtactttcta ... ttcaatgcagATCTTGGCAAGGTGCTGAATTTGCCTAGTTTTGGAGGACTTCCTCAATGGG
EST: gi|192310996|gb|FK001605.1|FK001605
EST:     GAGGGACTACCCTGATGAAGATTGGTTGCACCTAACTGGCCTTATCCATG                         ATCTTGGCAAGGTGCTGAATTTGCCTAGTTTTGGAGGACTTCCTCAATGGG
genomic: GAGGGACTACCCTGATGAAGATTGGTTGCACCTAACTGGCCTTATCCATGgtactttcta ... ttcaatgcagATCTTGGCAAGGTGCTGAATTTGCCTAGTTTTGGAGGACTTCCTCAATGGG
EST: gi|58015895|gb|CX702637.1|CX702637
EST:     GAGGGACTACCCTGATGAAGATTGGTTGCACCTAACTGGCCTTATCCATG                         ATCTTGGCAAGGTGCTGAATTTGCCTAGTTTTGGAGGACTTCCTCAATGGG
genomic: GAGGGACTACCCTGATGAAGATTGGTTGCACCTAACTGGCCTTATCCATGgtactttcta ... ttcaatgcagATCTTGGCAAGGTGCTGAATTTGCCTAGTTTTGGAGGACTTCCTCAATGGG
EST: gi|151397267|gb|EV267140.1|EV267140
EST:     GAGGGACTACCCTGATGAAGATTGGTTGCACCTAACTGGCCTTATCCATG                         ATCTTGGCAAGGTGCTGAATTTGCCTAGTTTTGGAGGACTTCCTCAATGGG
genomic: GAGGGACTACCCTGATGAAGATTGGTTGCACCTAACTGGCCTTATCCATGgtactttcta ... ttcaatgcagATCTTGGCAAGGTGCTGAATTTGCCTAGTTTTGGAGGACTTCCTCAATGGG
EST: gi|14991768|gb|BI317441.1|BI317441
EST:     GAGGGACTACCCTGATGAAGATTGGTTGCACCTAACTGGCCTTATCCATG                         ATCTTGGCAAGGTGCTGAATTTGCCTAGTTTTGGAGGACTTCCTCAATGGG
genomic: GAGGGACTACCCTGATGAAGATTGGTTGCACCTAACTGGCCTTATCCATGgtactttcta ... ttcaatgcagATCTTGGCAAGGTGCTGAATTTGCCTAGTTTTGGAGGACTTCCTCAATGGG
EST: gi|22540966|gb|BU090809.1|BU090809
EST:     GAGGGACTACCCTGATGAAGATTGGTTGCACCTAACTGGCCTTATCCATG                         ATCTTGGCAAGGTGCTGAATTTGCCTAGTTTTGGAGGACTTACTCAATGGG
genomic: GAGGGACTACCCTGATGAAGATTGGTTGCACCTAACTGGCCTTATCCATGgtactttcta ... ttcaatgcagATCTTGGCAAGGTGCTGAATTTGCCTAGTTTTGGAGGACTTCCTCAATGGG
EST: gi|14991788|gb|BI317461.1|BI317461
EST:     GAGGGACTACCCTGATGAAGATTGGTTGCACCTAACTGGCCTTATCCATG                         ATCTTGGCAAGGTGCTGAATTTGCCTAGTTTTGGAGGACTTCCTCAATGGG
genomic: GAGGGACTACCCTGATGAAGATTGGTTGCACCTAACTGGCCTTATCCATGgtactttcta ... ttcaatgcagATCTTGGCAAGGTGCTGAATTTGCCTAGTTTTGGAGGACTTCCTCAATGGG
EST: gi|17023853|gb|BM094887.1|BM094887
EST:     GAGGGACTACCCTGATGAAGATTGGTTGCACCTAACTGGCCTTATCCATG                         ATCTTGGCTAGGTGCTGAATTTGCCTAGTTTTGGAGGACTTCCTCAATGGG
genomic: GAGGGACTACCCTGATGAAGATTGGTTGCACCTAACTGGCCTTATCCATGgtactttcta ... ttcaatgcagATCTTGGCAAGGTGCTGAATTTGCCTAGTTTTGGAGGACTTCCTCAATGGG
EST: gi|151396455|gb|EV266332.1|EV266332
EST:     GAGGGACTACCCTGATGAAGATTGGTTGCACCTAACTGGCCTTATCCATG                         ATCTTGGCAAGGTGCTGAATTTGCCTAGTTTTGGAGGACTTCCTCAATGGG
genomic: GAGGGACTACCCTGATGAAGATTGGTTGCACCTAACTGGCCTTATCCATGgtactttcta ... ttcaatgcagATCTTGGCAAGGTGCTGAATTTGCCTAGTTTTGGAGGACTTCCTCAATGGG
EST: gi|163921518|gb|EH039303.1|EH039303
EST:     GAGGGACTACCCTGATGAAGATTGGTTGCACCTAACTGGCCTTATCCATG                         ATCTTGGCAAGGTGCTGAATTTGCCTAGTTTTGGAGGACTTCCTCAATGGG
genomic: GAGGGACTACCCTGATGAAGATTGGTTGCACCTAACTGGCCTTATCCATGgtactttcta ... ttcaatgcagATCTTGGCAAGGTGCTGAATTTGCCTAGTTTTGGAGGACTTCCTCAATGGG
EST: gi|58016178|gb|CX702920.1|CX702920
EST:     GAGGGACTACCCTGATGAAGATTGGTTGCACCTAACTGGCCTTATCCATG                         ATCTTGGCAAGGTGCTGAATTTGCCTAGTTTTGGAGGACTTCCTCAATGGG
genomic: GAGGGACTACCCTGATGAAGATTGGTTGCACCTAACTGGCCTTATCCATGgtactttcta ... ttcaatgcagATCTTGGCAAGGTGCTGAATTTGCCTAGTTTTGGAGGACTTCCTCAATGGG
EST: gi|192295399|gb|FG987013.1|FG987013
EST:     GAGGGACTACCCTGATGAAGATTGGTTGCACCTAACTGGCCTTATCCATG                         ATCTTGGCAAGGTGCTGAATTTGCCTAGTTTTGGAGGACTTCCTCAATGGG
genomic: GAGGGACTACCCTGATGAAGATTGGTTGCACCTAACTGGCCTTATCCATGgtactttcta ... ttcaatgcagATCTTGGCAAGGTGCTGAATTTGCCTAGTTTTGGAGGACTTCCTCAATGGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTGGATGAACCTCAGATTGAACACTTGCTCCAGACAGCCGAAGCTATAAGGAGGGACTACCCTGATGAAGATTGGTTGCACCTAACTGGCCTTATCCATGgtactttctacattctaatgacccttttacatgcattgctccttatacttgaaaaagtttgaagatccttttgctatgaaatagtttttgtgtttttggttttaatatggactattggaaatgaaagataggaaattgcaagaaaacttccacttataccacaagcatttaccaatttgcttcaatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA