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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTCTTCATATGGCTGCAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTGgtaagtagttttttttacctatattcttcatttgatcttggaactttatgatctgaataagtcattgtttttttttttatcagcaaaaataatattatat...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G15940.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G15940.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv06s0009g03440.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
CTCTTCATATGGCTGCAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTGgtaagtagttttttttacctatattcttcatttgatcttggaactttatg-atctgaataagtcattgtttttttttttatcagcaaaaataatattatat--
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CACTTCACATGGCTGCAGCTAATGGACATCTTGATGTTGTGGAGTTTCTTATCAGTAGTGGAGTGgtaagcaagccatcttaaaaaaattacttgtc--atgttacatgtttatatgtttcaacttgctaatactagttcaatggtaaaccttttttct-tgatgccc
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298178168|gb|HO023903.1|HO023903
EST:     CAGCTGATGGACATATTGATATCGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTG                         GATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
genomic: CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTGgtaagtagtt ... gtgtgaacagGATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
EST: gi|192332017|gb|FK024533.1|FK024533
EST:     CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTG                         GATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
genomic: CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTGgtaagtagtt ... gtgtgaacagGATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
EST: gi|298174022|gb|HO017358.1|HO017358
EST:     CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTG                         GATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
genomic: CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTGgtaagtagtt ... gtgtgaacagGATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
EST: gi|7686734|gb|AW757382.1|AW757382
EST:     CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTG                         GATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
genomic: CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTGgtaagtagtt ... gtgtgaacagGATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
EST: gi|151408338|gb|EV278146.1|EV278146
EST:     CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTG                         GATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
genomic: CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTGgtaagtagtt ... gtgtgaacagGATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
EST: gi|298178139|gb|HO027522.1|HO027522
EST:     CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTG                         GATCTTAATTCACCGAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
genomic: CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTGgtaagtagtt ... gtgtgaacagGATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
EST: gi|298164218|gb|HO013863.1|HO013863
EST:     CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTG                         GATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCACGC
genomic: CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTGgtaagtagtt ... gtgtgaacagGATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
EST: gi|298175209|gb|HO018090.1|HO018090
EST:     CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTG                         GATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
genomic: CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTGgtaagtagtt ... gtgtgaacagGATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
EST: gi|192295616|gb|FG990470.1|FG990470
EST:     CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTG                         GATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
genomic: CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTGgtaagtagtt ... gtgtgaacagGATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
EST: gi|213596094|gb|DB975857.1|DB975857
EST:     CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTG                         GATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
genomic: CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTGgtaagtagtt ... gtgtgaacagGATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
EST: gi|254325930|gb|GR838811.1|GR838811
EST:     CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTG                         GATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
genomic: CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTGgtaagtagtt ... gtgtgaacagGATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
EST: gi|298178303|gb|HO024038.1|HO024038
EST:     CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTG                         GATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
genomic: CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTGgtaagtagtt ... gtgtgaacagGATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
EST: gi|7147481|gb|AW509403.1|AW509403
EST:     CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTG                         GATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
genomic: CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTGgtaagtagtt ... gtgtgaacagGATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
EST: gi|298198320|gb|HO039859.1|HO039859
EST:     CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTG                         GATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
genomic: CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTGgtaagtagtt ... gtgtgaacagGATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
EST: gi|192332018|gb|FK024534.1|FK024534
EST:     CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTG                         GATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
genomic: CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTGgtaagtagtt ... gtgtgaacagGATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
EST: gi|298172285|gb|HO021877.1|HO021877
EST:     CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTG                         GATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
genomic: CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTGgtaagtagtt ... gtgtgaacagGATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
EST: gi|298190580|gb|HO032701.1|HO032701
EST:     CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTG                         GATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
genomic: CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTGgtaagtagtt ... gtgtgaacagGATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
EST: gi|192326544|gb|FK018476.1|FK018476
EST:     CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTG                         GATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
genomic: CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTGgtaagtagtt ... gtgtgaacagGATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
EST: gi|213588686|gb|DB957571.1|DB957571
EST:     CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTG                         GATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
genomic: CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTGgtaagtagtt ... gtgtgaacagGATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
EST: gi|213602801|gb|DB980100.1|DB980100
EST:     CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTG                         GATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
genomic: CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTGgtaagtagtt ... gtgtgaacagGATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
EST: gi|298195485|gb|HO043876.1|HO043876
EST:     CAGCTAATGGACATATTGATATCGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTG                         GATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCCTCATTGGGCATGT
genomic: CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTGgtaagtagtt ... gtgtgaacagGATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
EST: gi|213599311|gb|DB962320.1|DB962320
EST:     CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTG                         GATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
genomic: CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTGgtaagtagtt ... gtgtgaacagGATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
EST: gi|7041749|gb|AW471643.1|AW471643
EST:     CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTG                         GATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
genomic: CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTGgtaagtagtt ... gtgtgaacagGATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
EST: gi|254325929|gb|GR838810.1|GR838810
EST:     CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTG                         GATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
genomic: CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTGgtaagtagtt ... gtgtgaacagGATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
EST: gi|151399253|gb|EV269124.1|EV269124
EST:     CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTG                         GATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT
genomic: CAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTGgtaagtagtt ... gtgtgaacagGATCTTAATTCACCAAATGAGGAAAAGAATACACCTCTTCATTGGGCATGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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CTCTTCATATGGCTGCAGCTAATGGACATATTGATATTGTGGAGTATTTAATCAGTAGAGGGGTGgtaagtagttttttttacctatattcttcatttgatcttggaactttatgatctgaataagtcattgtttttttttttatcagcaaaaataatattatat

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
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