Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTTACTAAGTATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgtgtgttggtgttactcgtttattttaacggaaggtttcttttggtttagatgttagatgtcttaattaattgttttgcttgtgggttggtgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G13300.3
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G13300.3 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv05s0094g01550.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
GGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTTACTAAGTATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgt-atgtttgtgtg---ttggt--gttactcgtttattttaacggaaggtttcttttggtttagatgttagatgtcttaattaattgttttgcttgtgggttggtgcag
||| ||||| |   | || || || ||||| ||||| ||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| | |||| | ||   |||||  |  |     ||| |||      |    ||| |   | ||   |||   | |   || |||| ||      |      |     ||
GGCAAATGGTACCCTTGTACGTGTCCTCATTCATACAGATGTTACTAAATATCTTTACTTCAAAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATAAAGGAAAGgtgaagtttctttggctttggttggaaaaaaagttaattttgtttgatacctctatgtatatatgcgttct-tcttaaaactaatggtaagagatacccactatgatag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|17023050|gb|BM094084.1|BM094084
EST:     ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|193591591|gb|FK548652.1|FK548652
EST:     TGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: TGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|7590904|gb|AW706647.1|AW706647
EST:     TCTCTCTNTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTNTAATAAAGGANAAG                         -TTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTAT
genomic: TCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGA-AAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTAT
EST: gi|208192944|gb|GD987951.1|GD987951
EST:     TTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: TTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|18848745|gb|BM567857.1|BM567857
EST:     ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|213598655|gb|DB958183.1|DB958183
EST:     TCTCTCTTTCAAAGCTGTGG--GGCGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: TCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGG-GAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|163927330|gb|EH040145.1|EH040145
EST:     ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|151394091|gb|EV263962.1|EV263962
EST:     ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|192326977|gb|FK019239.1|FK019239
EST:     GTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: GTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|192328654|gb|FK023154.1|FK023154
EST:     ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|151408340|gb|EV278148.1|EV278148
EST:     ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCCTTGAAGTCTCCACTTAT
genomic: ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCC-TTGAAGTCTCCACTTAT
EST: gi|24136625|gb|BU927135.1|BU927135
EST:     ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|151407978|gb|EV277793.1|EV277793
EST:     ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|151411945|gb|EV281756.1|EV281756
EST:     ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|192327650|gb|FK020669.1|FK020669
EST:     ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATTAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|17021888|gb|BM092922.1|BM092922
EST:     ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|120532856|gb|EH260989.1|EH260989
EST:     ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|8826330|gb|BE210060.1|BE210060
EST:     ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCACATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
EST: gi|213589680|gb|DB965840.1|DB965840
EST:     ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGACGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG
genomic: ATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgt ... gttggtgcagGTTCATAAGGTGCCCGCAAATGACATGGAGGCCTTGAAGTCTCCACTTATG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACTGATGTTACTAAGTATCTCTCTTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTTTGTGTTTAATAAAGGAAAGgtatgtttgtgtgttggtgttactcgtttattttaacggaaggtttcttttggtttagatgttagatgtcttaattaattgttttgcttgtgggttggtgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA