Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATATCTGCTAGCATTGCTGGCGATATTGTTCTTGCTGCAGCATATGCACATGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgttcatgagaaattcgatccacccacccccaactttcccagttttttatatttgttttttctttttatctttggtcttatgttttaatattcgtgtccag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G06580.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G06580.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G090738_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
ATATCTGCTAGCATTGCTGGCGATATTGTTCTTGCTGCAGCATATGCACATGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtacttt---gttcatgagaaattcgatccacccacccccaactttcccagttttttatatttgttttttctttttatctttggtcttatgttttaatattcgtgtccag
 ||||||| || ||  | || |||||| |||||||||| |||||| | | ||||||||||| ||| ||||| ||||| || || || || |||||||||||||  ||   ||     |  |||   |     | |     |      | |      |||||||  | || ||   |  | |||  |  || || ||              
GTATCTGCAAGTATCACGGGTGATATTATTCTTGCTGCTGCATATTCCCGTGAGCTGCCACGATACGGTCTAGAAGTTGGTCTGACCAACTATGCTGCAGgtatatttatgtctgcaaagaatgtaaattgtctattgtta------ctaagcacatatattttgtattgctaact--ccttgcccacatcttctag-------------

upper sequence: GLYMA07G06580.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G163081_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 4
----ATATCTGCTAGCATTGCTGGCGATATTGTTCTTGCTGCAGCATATGCACATGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgttcatgagaaattcgatccacccacccccaactttcccagttttttatatttgttttttctttttatctttggtcttatgttttaatattcgtgtccag
    ||||||||||| || || || ||||| ||||||||| | || ||  | |||||| |||||| ||||||||||||||| || || || || ||||| || |||| ||| | ||||  ||     ||  |   |   |  | | |   | |||  | ||||| | | |||| |  |||      |  || || ||              
AATCATATCTGCTAGTATAGCGGGTGATATGGTTCTTGCTTCTGCCTACTCGCATGAGTTGCCACGATATGGTCTTGAAGTTGGTCTGACCAACTATGCAgctggtattttttccatggaaa---taatgtataaattgcatattat---attttaatgtatttatatattctctaaatcaaca--cccatcttgtag-------------

upper sequence: GLYMA07G06580.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G163081_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 4
ATATCTGCTAGCATTGCTGGCGATATTGTTCTTGCTGCAGCATATGCACATGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgttcatgagaaattcgatccacccacccccaactttcccagttttttatatttgttttttctttttatctttggtcttatgttttaatattcgtgtccag
||||||||||| || || || ||||| ||||||||| | || ||  | |||||| |||||| ||||||||||||||| || || || || ||||| || |||| ||| | ||||  ||     ||  |   |   |  | | |   | |||  | ||||| | | |||| |  |||      |  || || ||              
ATATCTGCTAGTATAGCGGGTGATATGGTTCTTGCTTCTGCCTACTCGCATGAGTTGCCACGATATGGTCTTGAAGTTGGTCTGACCAACTATGCAGCTGgtattttttccatggaaa---taatgtataaattgcatattat---attttaatgtatttatatattctctaaatcaaca--cccatcttgtag-------------

upper sequence: GLYMA07G06580.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv05s0094g00870.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
ATATCTGCTAGCATTGCTGGCGATATTGTTCTTGCTGCAGCATATGCACATGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgttcatgagaaattcgatccacccacccccaactttcccagttttttatatttgttttttctttttatctttggtcttatgttttaatat-tcgtgtccag-----------------------------------------
| ||| |||||||||||||| ||||| || |||||| | |||||| | |||||||| || || ||||| |||||||| || || || || |||||||||||||   | || || ||||||| | | ||     ||      ||   | ||| | || ||| |      ||||||  | ||    | |||   || ||  | |||  |                                          
ACATCCGCTAGCATTGCTGGTGATATAGTCCTTGCTTCTGCATATTCTCATGAGCTACCTCACTATGGACTTGAAGTTGGTCTGACCAACTATGCTGCAGgta---tatttatcagaaatt-ggttcattgttcctatttatttaaaatttgtcatgtttatgaa---tttttacttgtgcctctttgtaagaacataccatgtgtaacttttttgtggcattaacatggactaattccttttgagtag

upper sequence: GLYMA07G06580.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv00s0174g00190.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
ATATCTGCTAGCATTGCTGGCGATATTGTTCTTGCTGCAGCATATGCACATGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgttcatgagaaattcgatccacccacccccaactttcccagttttttatatttgttttttctttttatctttggtcttatgttttaatattcgtgtccag
||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| || || ||| | ||||| ||||| || ||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||||| | | || |      ||| |       ||||  | |  |    |  | ||   | |  || | || |   | | | |                           
ATATCTGCTAGTATTGCTGGTGATATGGTTCTTGCAGCGGCCTATTCCCATGAACTGCCTCACTATGGGCTTGAAGTGGGTCTTACAAATTACGCGGCAGgta-tatatttactctccattagtctatatcaccttctatatgtggaagtattctcactgcttctatcatg--agcatag---------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298180774|gb|HO022213.1|HO022213
EST:     GGTCTTGAAATAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
genomic: GGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|7233784|gb|AW569127.1|AW569127
EST:     TGAGCTGCCACGATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAAAACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|193438676|gb|FK401001.1|FK401001
EST:     GAGCTGCCACGATTATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAAAACACTTGAAA
genomic: GAGCTGCCAC-AATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|9564071|gb|BE473580.1|BE473580
EST:     TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|33387329|gb|CA850536.1|CA850536
EST:     TGAGCTGCCACGATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGTCCCGAAGAGTCCTCAAAACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|7478382|gb|AW666243.1|AW666243
EST:     TGAGCTGCCACGATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAAAACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|38192446|gb|CF921652.1|CF921652
EST:     TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|10231886|gb|BE800774.1|BE800774
EST:     TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|192328302|gb|FK020013.1|FK020013
EST:     TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTTCAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|10232170|gb|BE801058.1|BE801058
EST:     TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|192333617|gb|FK025434.1|FK025434
EST:     TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|151409715|gb|EV279523.1|EV279523
EST:     TGAGCCGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|10846870|gb|BF069669.1|BF069669
EST:     TGAGCTGCCACGATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGTCCCGAAGAGTCCTCAAAACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|192333816|gb|FK025077.1|FK025077
EST:     TGAGCTGCCACGATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAAAACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|26058287|gb|CA801201.1|CA801201
EST:     TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTT--CCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|18721850|gb|BM523372.1|BM523372
EST:     TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|24205962|gb|BU965215.1|BU965215
EST:     TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|17964387|gb|BM271123.1|BM271123
EST:     TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|22523868|gb|BU082679.1|BU082679
EST:     TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|10848276|gb|BF070811.1|BF070811
EST:     TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|24205862|gb|BU965115.1|BU965115
EST:     TGAGCTGCCACGATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAAAACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|17153690|gb|BM143623.1|BM143623
EST:     TGAGCTGCCACGATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGTCCCGAAGAGTCCTCAAAACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|15285156|gb|BI469047.1|BI469047
EST:     TGAGCTGCCACGATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAAAACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|24205298|gb|BU964551.1|BU964551
EST:     TGAGCTGCCACGATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAAAACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|151397139|gb|EV267012.1|EV267012
EST:     TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|4285594|gb|AI440926.1|AI440926
EST:     TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTG-CCCGAAAGAGTCCTCA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAA-GAGTCCTCA
EST: gi|33388021|gb|CA851228.1|CA851228
EST:     TGAGCTGCCACGATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACGAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAAAACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|26045622|gb|CA783155.1|CA783155
EST:     TGAGCTGCCACGATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAAAACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|16346338|gb|BI971933.1|BI971933
EST:     TGAGCTGCCACGATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAAAACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|6502218|gb|AW203591.1|AW203591
EST:     TGAGCTGCCACGATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAAAACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|4396042|gb|AI495039.1|AI495039
EST:     TGAGCTGCCACGATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAAAACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|151411465|gb|EV281276.1|EV281276
EST:     TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|20207598|gb|BQ133687.1|BQ133687
EST:     TGAGCTGCCACGATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGTCCCGAAGAGTCCTCAAAACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|27426959|gb|CA938479.1|CA938479
EST:     TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|24136031|gb|BU926541.1|BU926541
EST:     TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|38193290|gb|CF922496.1|CF922496
EST:     TGAGCTGCCACGATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAAAACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|38192834|gb|CF922040.1|CF922040
EST:     TGAGCTGCCACGATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAAAACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|6481795|gb|AW201066.1|AW201066
EST:     TGAGCTGCCACGATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAAAACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|6567363|gb|AW234974.1|AW234974
EST:     TGAGCTGCCACGATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAAAACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|5753627|gb|AI960914.1|AI960914
EST:     TGAGCTGCCACGATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAAAACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|18692813|gb|BM521661.1|BM521661
EST:     TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|213590604|gb|DB973335.1|DB973335
EST:     TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|298199535|gb|HO042898.1|HO042898
EST:     TGAGCTGCCACGATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAAAACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|6665970|gb|AW277429.1|AW277429
EST:     TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|15662084|gb|BI699455.1|BI699455
EST:     TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|14259966|gb|BG882874.1|BG882874
EST:     TGAGCTGCCACGATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAAAACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|23729388|gb|BU762778.1|BU762778
EST:     TGAGCTGCCACGATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAAAACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|17998752|gb|BI119562.1|BI119562
EST:     TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
EST: gi|151410521|gb|EV280336.1|EV280336
EST:     TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAG                         CTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA
genomic: TGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgtt ... tcgtgtccagCTTATTGCACTGGTCTCCTGTTGGCCCGAAGAGTCCTCAATACACTTGAAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATATCTGCTAGCATTGCTGGCGATATTGTTCTTGCTGCAGCATATGCACATGAGCTGCCACAATATGGTCTTGAAGTAGGGCTTACAAATTATGCTGCAGgtactttgttcatgagaaattcgatccacccacccccaactttcccagttttttatatttgttttttctttttatctttggtcttatgttttaatattcgtgtccag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG