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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCGGCGGCCGACCTGGACGGCGAGATAAGCCACTCGTGCCCTAAGCTGGAGAACTTCTACGAGTTTTTCTCTCTCTCACACCTCACTGCACCAATCCAATgtatactactactcagtacttactcgctctctttcacacttttctccgtttaattaattgcatttgtgtgtgtggagtgttaatgacggagtgtgtgaatcgatgcatgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G06160.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G06160.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv15s0046g00740.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
GCGGCGGCCGACCTGGACGGCGAGATAAGCCACTCGTGCCCTAAGCTGGAGAACTTCTACGAGTTTTTCTCTCTCTCACACCTCACTGCACCAATCCAATgtatactactactcagtacttactcgctctctttcacacttttctccgtttaatt-aattgcatttgtgtgtgtggagtgttaatgacggagtgtgtgaatcgatgcatgcag
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TCGGCCAATGAAGGAGAGGGAGAGATGAGCAATTCCTGCCCTAAGCTTGGGAGCTTCTATGAGTTCTTCTCTCTCTCGCACCTCACGCCTCCTCTGCAATgtaaatatctctttcgc-cttattcctaatttgcgagactcgaatcggtgtgttttagtggcgttcagacgc-taaaacgg-aacgttttaatgcgagaacgg----------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151404010|gb|EV273820.1|EV273820
EST:     CTCACACCTCACTGCACCAATCCAAT                         ATGTGAAGAGAGGTTCGAGGCGGCACGTGGAGGAGATATCGGAGGAGGA-T
genomic: CTCACACCTCACTGCACCAATCCAATgtatactact ... atgcatgcagATGTGAAGAGAGGTTCGAGGCGGCACGTGGAGGAGATATCGGAGGAGGATT