Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGAATGCATTAAAAAACTTAGGTCTCAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTTCTGGATTCATCTGGCAAGCACAACAAGTTCTCCATCACAAAAGCgtaagtgttacatgcattatgcattgtgtatgtgactgttatgcatgtgctgctccctgtattggtcttgtgttattactgatgtatgctaaatggtagc...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G02580.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G02580.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv09s0018g01780.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
ATGAATGCATTAAAAAACTTAGGTCTCAATGTTGTTAAGGCAAATGTCTTTCTGGATTCATCTGGCAAGCACAACAAGTTCTCCATCACAAAAGCgtaagt--gttacatgcatt----atgcattgtgtatgtgactgttatgcatgtgctgctccctgtattggtcttgtgttattactgatgtatgctaaatggtagc
||||||||| | |||||  |||| || ||||||||||| |||||||||||| ||||||| || || ||||||||||  ||  ||||||| |||||||||||  ||    |  | |    ||||||| |   |   | |   ||   | | |   ||  |   ||  |      || |||||||| | | | || |      
ATGAATGCACTTAAAAATCTAGGGCTGAATGTTGTTAAAGCAAATGTCTTTTTGGATTCTTCGGGAAAGCACAACACATTTGCCATCACCAAAGCgtaagtccgtggagtagaatttagatgcatttttgcttcaattcccatatctat-caattcttttctttcattccaccttgttactgatatctcccaattt-----