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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCTTTGTCCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAGgtgtgccttttccctaatcagaacattcacttcaattcttttcctttcttcgcctcttccttctaacttaaatatttctttatcctgacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G00430.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G00430.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT1G78900.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
CCTTTGTCCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAGgtgtgcct----------tttccctaatcagaacattcacttcaattcttttcctttcttcgcctcttccttctaa-cttaaat---atttctttatcc-tgacag
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CCACTTTCTGTGGAGCTCGGGCCAGGAATATTGGGAAATATCTTTGATGGAATTCAGgttcagttggatttataatcttgctagacatgattttttttacttttatgattcgttttatgtggcttcttacgattctttggtttcatttctttaaatgtcacag

upper sequence: GLYMA07G00430.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv09s0054g00890.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
CCTTTGTCCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAGgtgtgccttttccctaatcag--aacattcacttcaattcttttcctttcttcgcctcttccttctaacttaaatatttctttatcctgacag--------------------------------------------------------------------------
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CCTCTATCGGTGGAGCTGGGTCCTGGAATTTTGGGAAATATATTTGATGGCATTCAGgttcgtgtaaattctgatagataaagggtctcttaagctgtttcatattgttcaactttgacttt--gtttgagcactgatcagctgctattgagtttctttcattttcaaccgttctgcagagcactagtatataacgatgttctttttgttcttatttaatgcag

upper sequence: GLYMA07G00430.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: PP1S8_312V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
CCTTTGTCCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAGgtgtgccttttccctaatcagaacattcacttcaattcttttcctttctt-cgcctcttccttctaacttaaatatttctttatcctgacag---------
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CCTCTTTCGGTGGAGCTAGGTCCAGGTATTTTGGAGAATATTTTTGATGGAATTCAGgtgtggtttcaataccaaccgt-tagccgctttattttcttggcacacttacacatctgtttttaaggttctattcttatatgagtttatattgtttaaga

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|120532286|gb|EH260419.1|EH260419
EST:     CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAG                         AGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
genomic: CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAGgtgtgccttt ... atcctgacagAGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
EST: gi|209713481|gb|BW679271.1|BW679271
EST:     CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAG                         AGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
genomic: CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAGgtgtgccttt ... atcctgacagAGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
EST: gi|5676817|gb|AI937947.1|AI937947
EST:     CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAG                         AGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
genomic: CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAGgtgtgccttt ... atcctgacagAGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
EST: gi|213601517|gb|DB970433.1|DB970433
EST:     CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAG                         AGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
genomic: CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAGgtgtgccttt ... atcctgacagAGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
EST: gi|24136428|gb|BU926938.1|BU926938
EST:     CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAG                         AGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
genomic: CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAGgtgtgccttt ... atcctgacagAGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
EST: gi|213603713|gb|DB966827.1|DB966827
EST:     CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAG                         AGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAGAGATCTGGTGATGTCTATCTTCCTCGT
genomic: CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAGgtgtgccttt ... atcctgacagAGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
EST: gi|4303226|gb|AI443446.1|AI443446
EST:     CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAG                         AGGCCTTTGAAAACTATTGCTTAAAGAACTGG
genomic: CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAGgtgtgccttt ... atcctgacagAGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGG
EST: gi|209722553|gb|BW682651.1|BW682651
EST:     CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAG                         AGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
genomic: CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAGgtgtgccttt ... atcctgacagAGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
EST: gi|213616520|gb|DB965718.1|DB965718
EST:     CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAG                         AGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
genomic: CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAGgtgtgccttt ... atcctgacagAGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
EST: gi|120530321|gb|EH258454.1|EH258454
EST:     CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAG                         AGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
genomic: CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAGgtgtgccttt ... atcctgacagAGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
EST: gi|4286413|gb|AI441043.1|AI441043
EST:     CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATAATTT-GATG-AATTCAG                         AGGCCTTTGAAAACTAT
genomic: CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAGgtgtgccttt ... atcctgacagAGGCCTTTGAAAACTAT
EST: gi|192305155|gb|FG993935.1|FG993935
EST:     CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAG                         AGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
genomic: CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAGgtgtgccttt ... atcctgacagAGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
EST: gi|120532224|gb|EH260357.1|EH260357
EST:     CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAG                         AGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
genomic: CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAGgtgtgccttt ... atcctgacagAGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
EST: gi|209728747|gb|BW655427.1|BW655427
EST:     CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAG                         AGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
genomic: CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAGgtgtgccttt ... atcctgacagAGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
EST: gi|213618474|gb|DB967711.1|DB967711
EST:     CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAG                         AGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
genomic: CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAGgtgtgccttt ... atcctgacagAGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
EST: gi|213616575|gb|DB965745.1|DB965745
EST:     CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAG                         AGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
genomic: CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAGgtgtgccttt ... atcctgacagAGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
EST: gi|213607085|gb|DB957061.1|DB957061
EST:     CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAG                         AGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
genomic: CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAGgtgtgccttt ... atcctgacagAGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
EST: gi|209712496|gb|BW684108.1|BW684108
EST:     CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAG                         AGGCCTTTGAACACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
genomic: CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAGgtgtgccttt ... atcctgacagAGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
EST: gi|213594913|gb|DB971786.1|DB971786
EST:     CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAG                         AGGCCTTTGAAAACTATTGCTAANAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
genomic: CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAGgtgtgccttt ... atcctgacagAGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
EST: gi|213604715|gb|DB960480.1|DB960480
EST:     CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAG                         AGGCCTTTGAAAACTATTGCTAANAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
genomic: CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAGgtgtgccttt ... atcctgacagAGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
EST: gi|209700893|gb|BW683110.1|BW683110
EST:     CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAG                         AGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT
genomic: CCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAGgtgtgccttt ... atcctgacagAGGCCTTTGAAAACTATTGCTAAAAGATCTGGTGATGTCTATATTCCTCGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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CCTTTGTCCGTGGAGTTGGGTCCTGGAATATTGGGGAATATTTTTGATGGAATTCAGgtgtgccttttccctaatcagaacattcacttcaattcttttcctttcttcgcctcttccttctaacttaaatatttctttatcctgacag

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