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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTATGCTGATGGAAGTATTTGTTTGGATATATTACAAAATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatctagtatttcatttgtatattttacaaatgaaccaagcaagcagatatttttacatcattaaatctatccctagaatttccatttgctttcaa...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G20310.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G20310.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os05g08960.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
TTTATGCTGATGGAAGTATTTGTTTGGATATATTACAAAATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatctagtatttcatttgtatattttacaaatgaaccaagcaagcagatattt-ttacatcattaaat-ctatccctagaatt--tccatttgctttcaa
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TTTATGCTGATGGGAGCATATGCTTAGATATACTACAAAACCAGTGGAGCCCCATATATGATGTAGCTGCTATACTCACATCCATCCAGgtaga---tgatgccttttttgggggtattagcatgtcatgatgtcctgtcatgtttgttgcaatattttgtatcatgtttataattcgtgcttctgattttg-

upper sequence: GLYMA06G20310.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G110983_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
TTTATGCTGATGGAAGTATTTGTTTGGATATATTACAAAATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatctagtatttcat-ttgtatattttacaaatgaaccaagcaag-cagatatttttacatcattaaatctatccc-tagaatttccatttgctttcaa
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TTTATGCTGATGGAAGCATATGCTTAGATATCCTGCAGAATCAGTGGAGTCCGATATATGATGTAGCTGCGATACTCACGTCAATCCAGgtacaaccatacaagaaatcttttatttcttacaagagattattgtttttccaacatttgtaacttttgcttgttatacagtaacattcaactttgcagt---

upper sequence: GLYMA06G20310.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G110983_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
TTTATGCTGATGGAAGTATTTGTTTGGATATATTACAAAATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatctagtatttcat-ttgtatattttacaaatgaaccaagcaag-cagatatttttacatcattaaatctatccc-tagaatttccatttgctttcaa
                           ||||  | || |||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||| || |||||||||  | |    |    || || ||| | ||||||  ||     |     |  | |||| ||  |  |      ||| |  ||  |||    |||||  |   
---------------------------ATATCCTGCAGAATCAGTGGAGTCCGATATATGATGTAGCTGCGATACTCACGTCAATCCAGgtacaaccatacaagaaatcttttatttcttacaagagattattgtttttccaacatttgtaacttttgcttgttatacagtaacattcaactttgcagt---

upper sequence: GLYMA06G20310.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv17s0000g05820.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
TTTATGCTGATGGAAGTATTTGTTTGGATATATTACAAAATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatctagtatttcatttgtatattttacaaatgaaccaagcaagcagatattt-ttacatcattaaatctatccctagaatttccatttgctttcaa
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TCTATGCAGATGGAAGTATTTGTCTCGATATTCTACAAAATCAGTGGAGTCCTATATATGATGTAGCAGCTATACTTACGTCTATTCAGgtattgtc-aatatacaattattatgtggataatgttgccattgtttttagttaacaattgtatgagggacttaactacaagaaaatgtgaccattcatat

upper sequence: GLYMA06G20310.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: EFJ23951 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 4
TTTATGCTGATGGAAGTATTTGTTTGGATATATTACAAAATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatctagtatttcatttgtatattttacaaatgaaccaagcaagcagatatttttacatcattaaatctatccctagaatttccatttgctttcaa
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TTTATGCCGATGGAAGCATTTGTCTCGACATCCTCCAAAATCAGTGGAGCCCGATTTATGATGTTGCCGCAATACTGACATCGATCCAGgt-ttgcttggaagtgt-----tgagctgtgaacactgact--ccaagtttttctttttgttcttgttcttccag-------------------------

upper sequence: GLYMA06G20310.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: EFJ21576 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 4
TTTATGCTGATGGAAGTATTTGTTTGGATATATTACAAAATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatctagtatttcatttgtatattttacaaatgaaccaagcaagcagatatttttacatcattaaatctatccctagaatttccatttgctttcaa
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TTTATGCCGATGGAAGCATTTGTCTCGACATCCTCCAAAATCAGTGGAGCCCGATCTATGATGTTGCCGCAATACTGACATCGATCCAGgt-------------ttgcttgcaagtgttgagctgcgaacactgactccaagtttttcttttcgttcttcttgttcttccag-----------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|105633793|gb|DW247156.1|DW247156
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTAAGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|254315587|gb|GR825396.1|GR825396
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|192296721|gb|FG991289.1|FG991289
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGGTGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|192306256|gb|FG996856.1|FG996856
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATCCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|15661604|gb|BI698975.1|BI698975
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|6455648|gb|AW186331.1|AW186331
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|254314541|gb|GR829534.1|GR829534
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|192323046|gb|FK015232.1|FK015232
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|254336123|gb|GR841448.1|GR841448
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|193697197|gb|FK634881.1|FK634881
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|15662518|gb|BI699889.1|BI699889
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|209703449|gb|BW676237.1|BW676237
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|4284790|gb|AI440825.1|AI440825
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGAT-CCAACCCCANATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGC
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAA-CCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGC
EST: gi|254317876|gb|GR832044.1|GR832044
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|27426316|gb|CA937836.1|CA937836
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|254319558|gb|GR829070.1|GR829070
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|7589486|gb|AW705259.1|AW705259
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|254341096|gb|GR854824.1|GR854824
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|192330853|gb|FK023068.1|FK023068
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAGATTTTCCTGCAAACTTTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|17963109|gb|BM269862.1|BM269862
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|254320600|gb|GR827049.1|GR827049
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|12689109|gb|BG155445.1|BG155445
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|192325273|gb|FK019144.1|FK019144
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|254319557|gb|GR829069.1|GR829069
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|15337404|gb|BI498060.1|BI498060
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|208212844|gb|GE014941.1|GE014941
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|254349254|gb|GR860052.1|GR860052
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|7924281|gb|AW830307.1|AW830307
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCATCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|254327616|gb|GR840180.1|GR840180
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|254346548|gb|GR856270.1|GR856270
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|209703448|gb|BW676236.1|BW676236
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|193412700|gb|FK376923.1|FK376923
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|193345203|gb|FK312081.1|FK312081
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|16997113|gb|BM086485.1|BM086485
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|192298537|gb|FG988508.1|FG988508
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
genomic: ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatcta ... tcctttgcagTCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
EST: gi|254336122|gb|GR841447.1|GR841447
EST:     ATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAG                         TCATTGCTTTGTGATCCCAACCCAAATTCTCCTGCAAACTCTGAAGCAGCT
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Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTTATGCTGATGGAAGTATTTGTTTGGATATATTACAAAATCAGTGGAGTCCTATTTATGATGTGGCTGCTATACTCACATCTATCCAGgtatcatctagtatttcatttgtatattttacaaatgaaccaagcaagcagatatttttacatcattaaatctatccctagaatttccatttgctttcaa

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tctatccc