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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCACGCAACAAGGAATATATTCCGATCGTTGGGCTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataatagaaacaaaatcagtggtttcttgtttgtaaagatttttcctaatcagtacctaattgtttatgttttacattttttgtcatag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G08670.2
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G08670.2 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g55540.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
GTCACGCAACAAGGAATATATTCCGATCGTTGGGCTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgt-------taataatagaaacaaaatcagtggtttcttgtttgtaaagatttttcctaatca---gtacctaattgtttatgttttacatt-------ttttgtcatag----------------------------------------------------------------------
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GTCACGTGTTAAGGAGTATTTGCCGATCACTGGACTGGCCGATTTCAATAAGCTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGTGCTGACAGgtgcgttcctgctctcaagaatatatatggtcatatggtttcctcatctgttacctttgaccaattgtaacaaacagtaaaattatctcactaagataacttcttcagatcctttgctacttttggcttattcttgtattaggtaattcacaaaactgattatactatttattggaacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213618075|gb|DB963708.1|DB963708
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|5606173|gb|AI900271.1|AI900271
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|27808994|gb|CB063416.1|CB063416
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|17022063|gb|BM093097.1|BM093097
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|37997401|gb|CF808990.1|CF808990
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|151408997|gb|EV278805.1|EV278805
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|213587077|gb|DB961772.1|DB961772
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|151394218|gb|EV264089.1|EV264089
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|6454608|gb|AW185291.1|AW185291
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|9986765|gb|BE660873.1|BE660873
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|151395018|gb|EV264889.1|EV264889
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|298184704|gb|HO029917.1|HO029917
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTATTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|213588877|gb|DB967957.1|DB967957
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|16996361|gb|BM085733.1|BM085733
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|192307206|gb|FK001220.1|FK001220
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|24135997|gb|BU926507.1|BU926507
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|193718709|gb|FK649515.1|FK649515
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|298196933|gb|HO041676.1|HO041676
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|209723439|gb|BW682393.1|BW682393
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|24205360|gb|BU964613.1|BU964613
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|298196196|gb|HO044587.1|HO044587
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTCTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|7925748|gb|AW831774.1|AW831774
EST:     CTTGCTGATTNTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         NCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGGTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|209696907|gb|BW660472.1|BW660472
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|298174108|gb|HO017444.1|HO017444
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGTTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|209719273|gb|BW679815.1|BW679815
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|151411675|gb|EV281486.1|EV281486
EST:     CTTGCTGATTTTAAGAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|209714938|gb|BW650784.1|BW650784
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
EST: gi|18690845|gb|BM519693.1|BM519693
EST:     CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAG                         CCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC
genomic: CTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataata ... tttgtcatagCCCTGCTATTCAAGACAACAGGGTTACCACTGTTCAATGCTTGTCTGGAAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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GTCACGCAACAAGGAATATATTCCGATCGTTGGGCTTGCTGATTTTAATAAATTGAGTGCTAAGCTTATTTTTGGGGCTGACAGgttaataatagaaacaaaatcagtggtttcttgtttgtaaagatttttcctaatcagtacctaattgtttatgttttacattttttgtcatag

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