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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAGgtttgaccttgatgctttttcttggtaattcaattcaatttgcatggttgagtttccaccaataataatagtaacagtgacaagcatcgtgtatttaagc...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G08260.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G08260.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv04s0008g02850.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAGgtttgaccttga--tgctttttcttggtaattcaat--tcaatttgcatggt-tgagtttccaccaataata--atagtaacagtgacaagcatcgtgtatttaagc
|||||| ||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||| || |||||||||  ||||  ||    |   |  ||  | |||  |   |||    | | ||  ||| |    || ||   |||  |  | ||| ||| ||  || ||      
GATACAGCTTGGGCAGCCTGCGACTGTCAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGCTTGTATCATATAATAACAAGgtttgagtttgaattgagaatgtgtcttatcttaatggttggtttaggggatgtgtctttgcttttatgatcttataacacaactgataag-atactgaat------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298196281|gb|HO044672.1|HO044672
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
genomic: CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAGgtttgacctt ... tcattggcagAATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
EST: gi|192293857|gb|FG986066.1|FG986066
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
genomic: CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAGgtttgacctt ... tcattggcagAATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
EST: gi|254326872|gb|GR836481.1|GR836481
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
genomic: CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAGgtttgacctt ... tcattggcagAATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
EST: gi|151403047|gb|EV272860.1|EV272860
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
genomic: CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAGgtttgacctt ... tcattggcagAATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
EST: gi|120529083|gb|EH257217.1|EH257217
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
genomic: CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAGgtttgacctt ... tcattggcagAATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
EST: gi|151400109|gb|EV269923.1|EV269923
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
genomic: CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAGgtttgacctt ... tcattggcagAATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
EST: gi|7587840|gb|AW703648.1|AW703648
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
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EST: gi|151393354|gb|EV263229.1|EV263229
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAATCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
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EST: gi|151405592|gb|EV275406.1|EV275406
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGATCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
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EST: gi|298163452|gb|HO012185.1|HO012185
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
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EST: gi|7030215|gb|AW459998.1|AW459998
EST:     GTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
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EST: gi|298186101|gb|HO036734.1|HO036734
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
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EST: gi|192327794|gb|FK022073.1|FK022073
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
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EST: gi|308098837|gb|HO760678.1|HO760678
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
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EST: gi|27424900|gb|CA936420.1|CA936420
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
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EST: gi|5605707|gb|AI899868.1|AI899868
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
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EST: gi|15337215|gb|BI497871.1|BI497871
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
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EST: gi|13478110|gb|BG507722.1|BG507722
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
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EST: gi|16997060|gb|BM086432.1|BM086432
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
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EST: gi|192333616|gb|FK025433.1|FK025433
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
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EST: gi|254321190|gb|GR827639.1|GR827639
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
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EST: gi|27427298|gb|CA938818.1|CA938818
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
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EST: gi|192333615|gb|FK025432.1|FK025432
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
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EST: gi|10231723|gb|BE800611.1|BE800611
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
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EST: gi|15815710|gb|BI787985.1|BI787985
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
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EST: gi|58017005|gb|CX703747.1|CX703747
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
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EST: gi|24205242|gb|BU964495.1|BU964495
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
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EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
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EST: gi|298198235|gb|HO039774.1|HO039774
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
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EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
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EST: gi|254326873|gb|GR836482.1|GR836482
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
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EST: gi|57575063|gb|CX548038.1|CX548038
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
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EST: gi|298191590|gb|HO039069.1|HO039069
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
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EST: gi|10237932|gb|BE806820.1|BE806820
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATTATGA-GG
genomic: CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAGgtttgacctt ... tcattggcagAATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAAT-ATGAAGG
EST: gi|192310604|gb|FG999249.1|FG999249
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATGACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
genomic: CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAGgtttgacctt ... tcattggcagAATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
EST: gi|6455701|gb|AW186384.1|AW186384
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
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EST: gi|4405614|gb|AI507763.1|AI507763
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATANAATAT-AAGG
genomic: CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAGgtttgacctt ... tcattggcagAATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATA-AATATGAAGG
EST: gi|15814454|gb|BI786729.1|BI786729
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
genomic: CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAGgtttgacctt ... tcattggcagAATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
EST: gi|5688240|gb|AI941255.1|AI941255
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
genomic: CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAGgtttgacctt ... tcattggcagAATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
EST: gi|14516465|gb|BI095137.1|BI095137
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
genomic: CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAGgtttgacctt ... tcattggcagAATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
EST: gi|7639793|gb|AW734108.1|AW734108
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
genomic: CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAGgtttgacctt ... tcattggcagAATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
EST: gi|298195881|gb|HO044272.1|HO044272
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
genomic: CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAGgtttgacctt ... tcattggcagAATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
EST: gi|192310605|gb|FG999250.1|FG999250
EST:     CAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATGACAATAAG                         AATTTCTTACAGACCGGGTTAATTGTTGGTGGTTGGGATAAATATGAAGGT
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Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAGgtttgaccttgatgctttttcttggtaattcaattcaatttgcatggttgagtttccaccaataataatagtaacagtgacaagcatcgtgtatttaagc

- - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
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