Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTTACAAAGTATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttgtgttagtgttgctcgtttatcttaatgggaggtttcttttggtttagatgttttaatttttttttttttgcttgtgggttggtacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G30140.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G30140.3 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv05s0094g01550.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
GGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTTACAAAGTATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttgtgttagtgttgctcgtttatcttaatgggaggtttcttttggt----ttagatgttttaatttttttttttttgcttgtgggttggtacag------------
||| ||||| |   | || || || ||||| ||||| |||||||| || ||||| || ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||   |||| | || |  ||| | |   |    ||  |    |||  |||| |     ||  | | |     || || ||    ||  |||   |  | |             
GGCAAATGGTACCCTTGTACGTGTCCTCATTCATACAGATGTTACTAAATATCTTTACTTCAAAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATAAAGGAAAGgtgaagtttct-ttggctttggttggaaa----aaaagttaattttgtttgatacctctatgtatatatgcgttcttcttaaaactaatggtaagagatacccactatgatag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192322711|gb|FK014402.1|FK014402
EST:     ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
genomic: ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttg ... gttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
EST: gi|192313375|gb|FK005147.1|FK005147
EST:     ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
genomic: ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttg ... gttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
EST: gi|213598704|gb|DB964270.1|DB964270
EST:     ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
genomic: ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttg ... gttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
EST: gi|17021940|gb|BM092974.1|BM092974
EST:     ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
genomic: ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttg ... gttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
EST: gi|213590255|gb|DB963832.1|DB963832
EST:     ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
genomic: ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttg ... gttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
EST: gi|192313374|gb|FK005146.1|FK005146
EST:     ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
genomic: ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttg ... gttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
EST: gi|151400876|gb|EV270690.1|EV270690
EST:     ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
genomic: ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttg ... gttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
EST: gi|209722563|gb|BW682662.1|BW682662
EST:     ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
genomic: ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttg ... gttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
EST: gi|19347279|gb|BM892159.1|BM892159
EST:     ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
genomic: ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttg ... gttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
EST: gi|7924853|gb|AW830879.1|AW830879
EST:     ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
genomic: ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttg ... gttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
EST: gi|213603679|gb|DB966807.1|DB966807
EST:     ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
genomic: ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttg ... gttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
EST: gi|207770456|gb|GD744170.1|GD744170
EST:     ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
genomic: ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttg ... gttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
EST: gi|254342789|gb|GR858951.1|GR858951
EST:     ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
genomic: ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttg ... gttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
EST: gi|151400851|gb|EV270665.1|EV270665
EST:     ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAG                         ATTCATAAAGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
genomic: ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttg ... gttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
EST: gi|213595671|gb|DB972141.1|DB972141
EST:     ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAG                         GTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG
genomic: ATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttg ... gttggtacagGTTCATAAGGTGCCTGCAAACGACATGGAGGCCTTGAAGTCCCCACTTATG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTTACAAAGTATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATAAAGGAAAGgtattgtttgtgttagtgttgctcgtttatcttaatgggaggtttcttttggtttagatgttttaatttttttttttttgcttgtgggttggtacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA