Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCAAGCAAAGAATAGACACTCTAATGGCCAAGGAAGGTGGCCTGTCAAGTCAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatatactctttttttccttttccatatggctattttatgatttccaaactaattaactgaaaattgtttcttttcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G27940.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G27940.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G126594_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
TCAAGCAAAGAATAGACACTCTAATGGCCAAGGAAGGTGGCCTGTCAAGTCAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatatactctttttttccttttccatatggctattttatgatttccaaactaattaactgaaaattgtttcttttcag---
||| || |||  | | ||||| ||||| || ||| | |||||||||||||| || |||||||| || ||  | ||||| ||||| |||||||||||||| ||  || | | |||  ||| |  | ||   |  ||||| ||   || |  ||  ||    | | |      ||||| | | |   
TCAGGCTAAGTCTCGCCACTCAAATGGTCAGGGACGCTGGCCTGTCAAGTCTGCTAAATTCATTCTAGACCTTCTCAAGAATGCAGAGAGCAATGCTGAGgt-ctaca-attctactttgcgctgtc---agagctatctttgcatctataatgtatgctaattatgtcaatttctctgctgcag

upper sequence: GLYMA05G27940.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT1G67430.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
TCAAGCAAAGAATAGACACTCTAATGGCCAAGGAAGGTGGCCTGTCAAGTCAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattata--tactctttttttc-------cttttccatatggctattt-tatgatttccaaactaattaactgaaaattgtttcttttcag--------
|||||| ||||| || ||||||||||| |||||| | ||||| | |||||| ||  | ||  | |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||   |     | || |||  |        ||||| | | |  || | | ||   |||    | |||  |  |    | | |   | |||||        
TCAAGCTAAGAACAGGCACTCTAATGGTCAAGGACGTTGGCCAGCCAAGTCTGCTCAGTTTGTTCTTGATTTGCTCAAGAACGCTGAGAGCAATGCTGAGgtgagacgagcattcatttaattaaggaaactttttcttgtttctctctgtacccttttgctaataagcatattttgactttgaatgttcaggtgaaagg

upper sequence: GLYMA05G27940.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT1G67430.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
TCAAGCAAAGAATAGACACTCTAATGGCCAAGGAAGGTGGCCTGTCAAGTCAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattata--tactctttttttc-------cttttccatatggctattt-tatgatttccaaactaattaactgaaaattgtttcttttcag
|||||| ||||| || ||||||||||| |||||| | ||||| | |||||| ||  | ||  | |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||   |     | || |||  |        ||||| | | |  || | | ||   |||    | |||  |  |    | | |   | |||||
TCAAGCTAAGAACAGGCACTCTAATGGTCAAGGACGTTGGCCAGCCAAGTCTGCTCAGTTTGTTCTTGATTTGCTCAAGAACGCTGAGAGCAATGCTGAGgtgagacgagcattcatttaattaaggaaactttttcttgtttctctctgtacccttttgctaataagcatattttgactttgaatgttcag

upper sequence: GLYMA05G27940.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv01s0010g03370.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
TCAAGCAAAGAATAGACACTCTAATGGCCAAGGAAGGTGGCCTGTCAAGTCAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatatactctttttttccttttccatatggctattttatgatttccaaactaattaactgaaaattgtttcttttcag----------------------------
||| |||||||| || || || ||||| |||||| | ||||||||||| || || |||| |||||| |||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||    || | |  ||  ||||  |||| |          | ||||  |  |   ||   |  | |   ||  || |                               
TCAGGCAAAGAACAGGCATTCAAATGGGCAAGGACGCTGGCCTGTCAAATCTGCTAAATACATCCTAGATTTGCTTAAGAATGCCGAGAGTAATGCTGATgtat---gta-tttcgttgcccttcaccatgtattctcggctttatttatagccccttttgatagatagctttatttattgcccttactaataaatgtcaattcttacag

upper sequence: GLYMA05G27940.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv01s0010g03380.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
TCAAGCAAAGAATAGACACTCTAATGGCCAAGGAAGGTGGCCTGTCAAGTCAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatatactctttttttccttttccatatggctattttatgatttccaaa-ctaattaactgaaaattgtttcttttcag--
||| |||||||| || || || ||||| |||||| | ||||||||||| || || ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||    || ||  ||   ||||  |||| |      |   |  | |  ||  | || ||||| | || |||   || | |   
TCAGGCAAAGAACAGGCATTCGAATGGACAAGGACGCTGGCCTGTCAAATCTGCTAAATTCATCCTAGATTTGCTTAAGAATGCTGAGAGTAATGCTGATgtat---gtattcaattgc-ccttcaccatgtattctctgctttgtctataattccaactaactaataaatgtcaattcttacag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298166298|gb|HO009269.1|HO009269
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|18719541|gb|BM523201.1|BM523201
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|7686619|gb|AW757276.1|AW757276
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|6566144|gb|AW233783.1|AW233783
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTGGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|6952016|gb|AW424084.1|AW424084
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAGGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|254324956|gb|GR834381.1|GR834381
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|16996874|gb|BM086246.1|BM086246
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|5058385|gb|AI736917.1|AI736917
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|13788824|gb|BG651415.1|BG651415
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|19271182|gb|BM887438.1|BM887438
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|5510348|gb|AI856673.1|AI856673
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|18848858|gb|BM567969.1|BM567969
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|14259170|gb|BG882078.1|BG882078
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|15813051|gb|BI785326.1|BI785326
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|209696899|gb|BW660464.1|BW660464
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|18730282|gb|BM525790.1|BM525790
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|12772559|gb|BG237550.1|BG237550
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|6666907|gb|AW278366.1|AW278366
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|6913074|gb|AW394604.1|AW394604
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|7029664|gb|AW459447.1|AW459447
EST:     CAGCGAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|207788041|gb|GD759711.1|GD759711
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|12496577|gb|BG047134.1|BG047134
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|21675575|gb|BQ627926.1|BQ627926
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAT                         TTTATTTGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|12496627|gb|BG047159.1|BG047159
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|15200901|gb|BI424589.1|BI424589
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|14990091|gb|BI315764.1|BI315764
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|298176448|gb|HO026683.1|HO026683
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAAAGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|26269293|gb|CA820356.1|CA820356
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGACAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|10848260|gb|BF070791.1|BF070791
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|298178897|gb|HO024632.1|HO024632
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|6455153|gb|AW185836.1|AW185836
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|298172000|gb|HO021592.1|HO021592
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|7145918|gb|AW507840.1|AW507840
EST:     AGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTGCAAAA-TGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: AGCAAAATTCATCCTTGATTTGCT-CAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|14990125|gb|BI315798.1|BI315798
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|298184857|gb|HO030070.1|HO030070
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|7042501|gb|AW472395.1|AW472395
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|24136303|gb|BU926813.1|BU926813
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|22930393|gb|BU547532.1|BU547532
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|16347198|gb|BI972793.1|BI972793
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|213596920|gb|DB964127.1|DB964127
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|13562772|gb|BG550992.1|BG550992
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|27426431|gb|CA937951.1|CA937951
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|10709618|gb|BF009342.1|BF009342
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|5666572|gb|AI930608.1|AI930608
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTCGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTCTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|5126866|gb|AI748602.1|AI748602
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|13312171|gb|BG405831.1|BG405831
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
EST: gi|19269566|gb|BM885822.1|BM885822
EST:     CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAA                         GTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT
genomic: CAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatata ... ttcttttcagGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCGCTTTACATTTCTCATATCCAAGTCAAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCAAGCAAAGAATAGACACTCTAATGGCCAAGGAAGGTGGCCTGTCAAGTCAGCAAAATTCATCCTTGATTTGCTCAAAAATGCTGAGAGCAATGCTGAAgtattatatactctttttttccttttccatatggctattttatgatttccaaactaattaactgaaaattgtttcttttcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG