Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTATGGACAATACAAAAGATTGCGTTATGAAATTGACAAGCATGAAGGCGGTCTGGATACATTTTCACGTGGTTATGAAAAATTTGGCTTCCAACGCAGgtattatttctagagtttaatatcttacatgtgcacatctttgtttcataaattatttatgtcaaattcctaagatgataaatagctaaatcaatccaac...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G35020.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA03G35020.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT2G36390.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
TTATGGACAATACAAAAGATTGCGTTATGAAATTGACAAGCATGAAGGCGGTCTGGATACATTTTCACGTGGTTATGAAAAATTTGGCTTCCAACGCAGgtattatttctagagtttaatatcttacatgtgcacatctttgtttcataaattatttatgtcaaattcctaagatgata--------aatagctaaatcaatccaac-------------------------------------------------
 ||||| || |||| || | ||||| | |||||||||||| ||||||| ||| ||||  ||||||| ||||||||||||| ||||||||||   || |||||   ||  |        |||| | |  ||       | | | || |  |||| ||  | |   |||   |  |   ||        || || | | |  || |                                                    
ATATGGGCAGTACAGAAAACTGCGTGAAGAAATTGACAAGAATGAAGGTGGTTTGGAGGCATTTTCTCGTGGTTATGAAATATTTGGCTTCACTCGAAGgtaaacttcattcgaacatatat-tcaagtgccgtttccatagctttaataattcttattattgcattttcagcactctagtctcagtaaaagtttagtagatactctacagatagttggtattgcagttgctaattataattcactgctttattag