1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
GAATTTAGTGATCCTCGAGATGCTGATGATGCTAGATACAACCTGGATGGTCGTGATGTTGAAGGAAGTCGTATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGGgtaggaattacttcccttcatggtttacctttctattttattttattttttcagaattgcttatctcatttgttactagcgatcaaagggatattttccg...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA03G33270.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGG GGTCCTCGTGGTTCCCGGGACCGGGAATATATGGGTCGGGGTCCACCTCCTEST: gi|254344581|gb|GR855452.1|GR855452
genomic: TATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGGgtaggaatta ... aattaatcagGGTCCTCGTGGTTCCCGGGACCGGGAATATATGGGTCGGGGTCCACCTCCT
EST: ATGGTCGTGATGTTGAAGGAAGTCGTATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGG GGTCCTCGTGGTTCCCGGGACCGGGAATATATGGGTCGGGGTCCACCTCCTEST: gi|192331339|gb|FK023808.1|FK023808
genomic: ATGGTCGTGATGTTGAAGGAAGTCGTATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGGgtaggaatta ... aattaatcagGGTCCTCGTGGTTCCCGGGACCGGGAATATATGGGTCGGGGTCCACCTCCT
EST: ATGGTCGTGATGTTGAAGGAAGTCGTATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGG GGTCCTCGTGGTTCCCGGGACCGGGAATATATGGGTCGGGGTCCACCTCCTEST: gi|151411040|gb|EV280851.1|EV280851
genomic: ATGGTCGTGATGTTGAAGGAAGTCGTATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGGgtaggaatta ... aattaatcagGGTCCTCGTGGTTCCCGGGACCGGGAATATATGGGTCGGGGTCCACCTCCT
EST: ATGGTCGTGATGTTGAAGGAAGTCGTATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGG GGTCCTCGTGGTTCCCGGGACCGGGAATATATGGGTCGGGGTCCACCTCCTEST: gi|26058479|gb|CA801393.1|CA801393
genomic: ATGGTCGTGATGTTGAAGGAAGTCGTATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGGgtaggaatta ... aattaatcagGGTCCTCGTGGTTCCCGGGACCGGGAATATATGGGTCGGGGTCCACCTCCT
EST: ATGGTCGTGATGTTGAAGGAAGTCGTATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGG GGTCCTCGTGGTTCCCGGGACCGGGAATATATGGGTCGGGGTCCACCTCCTEST: gi|193684971|gb|FK626495.1|FK626495
genomic: ATGGTCGTGATGTTGAAGGAAGTCGTATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGGgtaggaatta ... aattaatcagGGTCCTCGTGGTTCCCGGGACCGGGAATATATGGGTCGGGGTCCACCTCCT
EST: TATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGG GGTCCTCGTGGTTCCCGGGACCGGGAATATATGGGTCGGGGTCCACCTCCTEST: gi|254332768|gb|GR846599.1|GR846599
genomic: TATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGGgtaggaatta ... aattaatcagGGTCCTCGTGGTTCCCGGGACCGGGAATATATGGGTCGGGGTCCACCTCCT
EST: ATGGTCGTGATGTTGAAGGAAGTCGTATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGG GGTCCTCGTGGTTCCCGGGACCGGGAATATATGGGTCGGGGTCCACCTCCTEST: gi|120534327|gb|EH262460.1|EH262460
genomic: ATGGTCGTGATGTTGAAGGAAGTCGTATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGGgtaggaatta ... aattaatcagGGTCCTCGTGGTTCCCGGGACCGGGAATATATGGGTCGGGGTCCACCTCCT
EST: ATGGTCGTGATGTTGAAGGAAGTCGTATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGG GGTCCTCGTGGTTCCCGGGACCGGGAATATATGGGTCGGGGTCCACCTCCTEST: gi|192320086|gb|FK014170.1|FK014170
genomic: ATGGTCGTGATGTTGAAGGAAGTCGTATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGGgtaggaatta ... aattaatcagGGTCCTCGTGGTTCCCGGGACCGGGAATATATGGGTCGGGGTCCACCTCCT
EST: ATGGTCGTGATGTTGAAGGAAGTCGTATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGG GGTCCTCGTGGTTCCCGGGACCGGGAATATATGGGTCGGGGTCCACCTCCTEST: gi|192299767|gb|FG993317.1|FG993317
genomic: ATGGTCGTGATGTTGAAGGAAGTCGTATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGGgtaggaatta ... aattaatcagGGTCCTCGTGGTTCCCGGGACCGGGAATATATGGGTCGGGGTCCACCTCCT
EST: ATGGTCGTGATGTTGAAGGAAGTCGTATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGG GGTCCTCGTGGTTCCCGGGACCGGGAATATATGGGTCGGGGTCCACCTCCTEST: gi|192328414|gb|FK020125.1|FK020125
genomic: ATGGTCGTGATGTTGAAGGAAGTCGTATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGGgtaggaatta ... aattaatcagGGTCCTCGTGGTTCCCGGGACCGGGAATATATGGGTCGGGGTCCACCTCCT
EST: ATGGTCGTGATGTTGAAGGAAGTCGTATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGG GGTCCTCGTGGTTCCCGGGACCGGGAATATATGGGTCGGGGTCCACCTCCTEST: gi|7146149|gb|AW508071.1|AW508071
genomic: ATGGTCGTGATGTTGAAGGAAGTCGTATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGGgtaggaatta ... aattaatcagGGTCCTCGTGGTTCCCGGGACCGGGAATATATGGGTCGGGGTCCACCTCCT
EST: ATGGTCGTGATGTTGAAGGAAGTCGTATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGG GGTCCTCGTGGTTCCCGGGACCGGGAATATATGGGTCGGGGTCCACCTCCTEST: gi|7692902|gb|AW761001.1|AW761001
genomic: ATGGTCGTGATGTTGAAGGAAGTCGTATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGGgtaggaatta ... aattaatcagGGTCCTCGTGGTTCCCGGGACCGGGAATATATGGGTCGGGGTCCACCTCCT
EST: ATGGTCGTGATGTTGAAGGAAGTCGTATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGG GGTCCTCGTGGTTCCCGGGACCGGGAATATATGGGTCGGGGTCCACCTCCTEST: gi|151398264|gb|EV268142.1|EV268142
genomic: ATGGTCGTGATGTTGAAGGAAGTCGTATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGGgtaggaatta ... aattaatcagGGTCCTCGTGGTTCCCGGGACCGGGAATATATGGGTCGGGGTCCACCTCCT
EST: ATGGTCGTGATGTTGAAGGAAGTCGTATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGG GGTCCTCGTGGTTCCCGGGACCGGGAATATATGGGTCGGGGTCCACCTCCTEST: gi|16347699|gb|BI973294.1|BI973294
genomic: ATGGTCGTGATGTTGAAGGAAGTCGTATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGGgtaggaatta ... aattaatcagGGTCCTCGTGGTTCCCGGGACCGGGAATATATGGGTCGGGGTCCACCTCCT
EST: ATGGTCGTGATGTTGAAGGAAGTCGTATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGG GGTCCTCGTGGTTCCCGGGACCGGGAATATATGGGTCGGGGTCCACCTCCT
genomic: ATGGTCGTGATGTTGAAGGAAGTCGTATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGGgtaggaatta ... aattaatcagGGTCCTCGTGGTTCCCGGGACCGGGAATATATGGGTCGGGGTCCACCTCCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GAATTTAGTGATCCTCGAGATGCTGATGATGCTAGATACAACCTGGATGGTCGTGATGTTGAAGGAAGTCGTATTATTGTGGAATTTGCCAAGGGGgtaggaattacttcccttcatggtttacctttctattttattttattttttcagaattgcttatctcatttgttactagcgatcaaagggatattttccg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttcccttc