Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGGGCAAGACATTATCTTATGGAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagattttttttcttcttttctcgaatttatgcttgatcttttcacaaattctgttgctgacccagttcgtaaatgtgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G02240.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA03G02240.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv15s0048g01290.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
GTGGGCAAGACATTATCTTATGGAAATGGAA---GATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagattttttttcttcttttctcgaatttatgcttgatcttttcacaaattctgttgctgacccagttcgtaaatgtgcag
|||||||||||||| |||||||||||||| |   || |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||  | |||||         | ||         | || |||  ||||    ||  |||||| |||| |||||  |  ||  | || |||||
GTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAGGCATTAGCTGAACTTGGCTTCCAGgtaaacataaaaagtcctatgacagcagcatgtattgttgactcctttccaaatt-tgttactgacttatatcccacatatgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208138459|gb|GD940243.1|GD940243
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|193644677|gb|FK589121.1|FK589121
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|193485757|gb|FK449172.1|FK449172
EST:     GAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|208074055|gb|GD867804.1|GD867804
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTAATTCTAGTAAGTTTATTATGGATACT
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTA-TTCT-GTA-GTTTATTATGGATACT
EST: gi|193532858|gb|FK493280.1|FK493280
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|208337807|gb|GE135203.1|GE135203
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|208205857|gb|GE006198.1|GE006198
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|193633477|gb|FK579647.1|FK579647
EST:     GAAGTGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTAGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|193717192|gb|FK649920.1|FK649920
EST:     GGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGT
genomic: GGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|193654473|gb|FK600583.1|FK600583
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|207735375|gb|GD710218.1|GD710218
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGATGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|58020613|gb|CX707355.1|CX707355
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|22929929|gb|BU547068.1|BU547068
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|31467784|gb|CD409812.1|CD409812
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|213604465|gb|DB978253.1|DB978253
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|193512610|gb|FK471810.1|FK471810
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|209707164|gb|BW656781.1|BW656781
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|7234436|gb|AW569773.1|AW569773
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|208272691|gb|GE067093.1|GE067093
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|192317009|gb|FK010912.1|FK010912
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|208113662|gb|GD911189.1|GD911189
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|213603370|gb|DB981971.1|DB981971
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|193686205|gb|FK625556.1|FK625556
EST:     AAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: AAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|192317010|gb|FK010913.1|FK010913
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|31475122|gb|CD417150.1|CD417150
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|208320939|gb|GE123388.1|GE123388
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGAACTAACTTGGATGTGGCTA
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGA-CTA-CTTGGATGTGGCTA
EST: gi|208205417|gb|GE005324.1|GE005324
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGGTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|31310301|gb|CD395504.1|CD395504
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|208226327|gb|GE028132.1|GE028132
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|192314096|gb|FK011132.1|FK011132
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|12772283|gb|BG237210.1|BG237210
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTACTGTAGTTTATTATGGATACTTG
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATT-CTGTAGTTTATTATGGATACTTG
EST: gi|213593874|gb|DB983138.1|DB983138
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|192328075|gb|FK020378.1|FK020378
EST:     GAGATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|209713909|gb|BW681914.1|BW681914
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|208256816|gb|GE051345.1|GE051345
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|151395245|gb|EV265116.1|EV265116
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|193477383|gb|FK441854.1|FK441854
EST:     GAAANGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|193344305|gb|FK312835.1|FK312835
EST:     TTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTTATGGATACTTG
genomic: TTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTA-TTATGGATACTTG
EST: gi|209717514|gb|BW653954.1|BW653954
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|209704041|gb|BW673641.1|BW673641
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|207763999|gb|GD738864.1|GD738864
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|193621226|gb|FK572254.1|FK572254
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|58016323|gb|CX703065.1|CX703065
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGATTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|208138618|gb|GD939750.1|GD939750
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC
EST: gi|193485833|gb|FK451222.1|FK451222
EST:     GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA                         ATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACCTGC
genomic: GAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagatt ... aaatgtgcagATCGGTGACTACTTGGATGTGGCTATTCTGTAGTTTATTATGGATACTTGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTGGGCAAGACATTATCTTATGGAAATGGAAGATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAAgtaaaagattttttttcttcttttctcgaatttatgcttgatcttttcacaaattctgttgctgacccagttcgtaaatgtgcag

- - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - -  GGAAGA