Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TAGCAAAAACGTGATGTTAGACCTGCTCCGTGAGAAGTTTCCTGGTGCAAATGACTTTGGGAGTGAAGTGATTCCTGGTGCTACTTCTATTGGAATGAGGgtatgtgttccttctggttatttaatattacgaaaactttcttgtcattttcttgcatagcaaaatttagcatgcaattttttagaatgttgtatggcatgtttgtgtatattcacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G47460.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G47460.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv12s0057g01480.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
TAGCAAAAACGTGATGTTAGACCTGCTCCGTGAGAAGTTTCCTGGTGCAAATGACTTTGGGAGTGAAGTGATTCCTGGTGCTACTTCTATTGGAATGAGGgtatgtgttccttc-----tggttatttaatattacgaaaactttcttgtcattttcttgcatagcaaaatttagcatgcaattttttagaatgttgtatggcatgtttgtgtatattcacag
 |||||| | ||||||||||| ||||| || ||  |||||||||| || ||||| ||||| |||||||| || || || || |||||  | ||| |||| |||||||||||||      |    ||||  | |||   |  | |  | ||  || | ||   || | | |     |  |  |    |  |    |||||| |                     
CAGCAAAGATGTGATGTTAGATCTGCTTCGGGACCAGTTTCCTGGGGCCAATGATTTTGGAAGTGAAGTTATACCAGGGGCAACTTCCCTCGGATTGAGAgtatgtgttcctttacttttaacaatttcctcttaaatacccatcatcgttcttgttttatgtaactatagccgcccagtcaaccat--gtgcattgtattg---------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15589858|gb|BI674474.1|BI674474
EST:     ATGACTTTGGGAGTGAAGTGATTCCTGGTGCTACTTCTATTGGAATGAGG                         GTGCAAGCTTACTTGTATGATGGCTACTGGGAAGACATTGGTACAATTGAG
genomic: ATGACTTTGGGAGTGAAGTGATTCCTGGTGCTACTTCTATTGGAATGAGGgtatgtgttc ... atattcacagGTGCAAGCTTACTTGTATGATGGCTACTGGGAAGACATTGGTACAATTGAG
EST: gi|298174060|gb|HO017396.1|HO017396
EST:     ATGACTTTGGGAGTGAAGTGATTCCTGGTGCTACTTCTATTGGAATGAGA                         GTGCAAGCTTACTTGTATGATGGCTACTGGGAAGACATTGGTACAATCGAG
genomic: ATGACTTTGGGAGTGAAGTGATTCCTGGTGCTACTTCTATTGGAATGAGGgtatgtgttc ... atattcacagGTGCAAGCTTACTTGTATGATGGCTACTGGGAAGACATTGGTACAATTGAG
EST: gi|20498182|gb|BQ273112.1|BQ273112
EST:     ATGACTTTGGGAGTGAAGTGATTCCTGGTGCTACTTCTATTGGAATGAGG                         GTGCAAGCTTACTTGTATGATGGCTACTGGGAAGACATTGGTACAATTGAG
genomic: ATGACTTTGGGAGTGAAGTGATTCCTGGTGCTACTTCTATTGGAATGAGGgtatgtgttc ... atattcacagGTGCAAGCTTACTTGTATGATGGCTACTGGGAAGACATTGGTACAATTGAG
EST: gi|193576586|gb|FK538387.1|FK538387
EST:     TGATTCCTGGTGTCTACTTCTATTGGAATGAGA                         GTGCAAGCTTACTTGTATGATGGCTACTGGGAAGACATTGGTACAATCGAG
genomic: TGATTCCTGGTG-CTACTTCTATTGGAATGAGGgtatgtgttc ... atattcacagGTGCAAGCTTACTTGTATGATGGCTACTGGGAAGACATTGGTACAATTGAG
EST: gi|207752357|gb|GD726226.1|GD726226
EST:     ATGACTTTGGGAGTGAAGTGATTCCTGGTGCTACTTCTATTGGAATGAGA                         GTGCAAGCTTACTTGTATGATGGCTACTGGGAAGACATTGGTACAATCGAG
genomic: ATGACTTTGGGAGTGAAGTGATTCCTGGTGCTACTTCTATTGGAATGAGGgtatgtgttc ... atattcacagGTGCAAGCTTACTTGTATGATGGCTACTGGGAAGACATTGGTACAATTGAG
EST: gi|16277058|gb|BI942182.1|BI942182
EST:     ATGACTTTGGGAGTGAAGTGATTCCTGGTGCTACTTCTATTGGAATGAGG                         GTGCAAGCTTACTTGTATGATGGCTACTGGGAAGACATTGGTACAATTGAG
genomic: ATGACTTTGGGAGTGAAGTGATTCCTGGTGCTACTTCTATTGGAATGAGGgtatgtgttc ... atattcacagGTGCAAGCTTACTTGTATGATGGCTACTGGGAAGACATTGGTACAATTGAG
EST: gi|20811566|gb|BQ296044.1|BQ296044
EST:     CTTTGGGAGTGAAGTGATTCCTGGTGCTACTTCTATTGGAATGAGA                         GTGCAAGCTTACTTGTATGATGGCTACTGGGAAGACATTGGTACAATCGAG
genomic: CTTTGGGAGTGAAGTGATTCCTGGTGCTACTTCTATTGGAATGAGGgtatgtgttc ... atattcacagGTGCAAGCTTACTTGTATGATGGCTACTGGGAAGACATTGGTACAATTGAG
EST: gi|16278915|gb|BI943160.1|BI943160
EST:     ATGACTTTGGGAGTGAAGTGATTCCTGGTGCTACTTCTATTGGAATGAGA                         GTGCAAGCTTACTTGTATGATGGCTACTGGGAAGACATTGGTACAATCGAG
genomic: ATGACTTTGGGAGTGAAGTGATTCCTGGTGCTACTTCTATTGGAATGAGGgtatgtgttc ... atattcacagGTGCAAGCTTACTTGTATGATGGCTACTGGGAAGACATTGGTACAATTGAG
EST: gi|13266691|gb|BG370154.1|BG370154
EST:     ATGACTTTGGGAGTGAAGTGATTCCTGGTGCTACTTCTATTGGAATGAGG                         GTGCAAGCTTACTTGTATGATGGCTACTGGGAAAACATTGGTACAATTGAG
genomic: ATGACTTTGGGAGTGAAGTGATTCCTGGTGCTACTTCTATTGGAATGAGGgtatgtgttc ... atattcacagGTGCAAGCTTACTTGTATGATGGCTACTGGGAAGACATTGGTACAATTGAG
EST: gi|23728098|gb|BU762095.1|BU762095
EST:     ATGACTTTGGGAGTGAAGTGATTCCTGGTGCTACTTCTATTGGAATGAGA                         GTGCAAGCTTACTTGTATGATGGCTACTGGGAAGACATTGGTACAATCGAG
genomic: ATGACTTTGGGAGTGAAGTGATTCCTGGTGCTACTTCTATTGGAATGAGGgtatgtgttc ... atattcacagGTGCAAGCTTACTTGTATGATGGCTACTGGGAAGACATTGGTACAATTGAG
EST: gi|15589806|gb|BI674422.1|BI674422
EST:     ATGACTTTGGGAGTGAAGTGATTCCTGGTGCTACTTCTATTGGAATGAGA                         GTGCAAGCTTACTTGTATGATGGCTACTGGGAAGACATTGGTACAATCGAG
genomic: ATGACTTTGGGAGTGAAGTGATTCCTGGTGCTACTTCTATTGGAATGAGGgtatgtgttc ... atattcacagGTGCAAGCTTACTTGTATGATGGCTACTGGGAAGACATTGGTACAATTGAG
EST: gi|15814292|gb|BI786567.1|BI786567
EST:     ATGACTTTGGGAGTGAAGTGATTCCTGGTGCTACTTCTATTGGAATGAGA                         GTGCAAGCTTACTTGTATGATGGCTACTGGGAAGACATTGGTACAATCGAG
genomic: ATGACTTTGGGAGTGAAGTGATTCCTGGTGCTACTTCTATTGGAATGAGGgtatgtgttc ... atattcacagGTGCAAGCTTACTTGTATGATGGCTACTGGGAAGACATTGGTACAATTGAG
EST: gi|207836048|gb|GD807403.1|GD807403
EST:     ATGACTTTGGGAGTGAAGTGATTCCTGGTGCTACTTCTATTGGAATGAGA                         GTGCAAGCTTACTTGTATGATGGCTACTGGGAAGACATTGGTACAATCGAG
genomic: ATGACTTTGGGAGTGAAGTGATTCCTGGTGCTACTTCTATTGGAATGAGGgtatgtgttc ... atattcacagGTGCAAGCTTACTTGTATGATGGCTACTGGGAAGACATTGGTACAATTGAG
EST: gi|46492701|gb|CN472257.1|CN472257
EST:     ATGACTTTGGGAGTGAAGTGATTCCTGGTGCTACTTCTATTGGAATGAGA                         GTGCAAGCTTACTTGTATGATGGCTACTGGGAAGACATTGGTACAATCGAG
genomic: ATGACTTTGGGAGTGAAGTGATTCCTGGTGCTACTTCTATTGGAATGAGGgtatgtgttc ... atattcacagGTGCAAGCTTACTTGTATGATGGCTACTGGGAAGACATTGGTACAATTGAG