Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTGCCCTTCCACAGAGAGGTGGTGAAGTAAACCTGACATTGGGGGGTATTGACTTAAACAATTCAGGGAGgtatgttggataaattgattttttgtagctgtaaattttgatgtcaatctgtctaaaagttgtgaattttatttgccag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G44780.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G44780.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv06s0009g03240.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
AGTGCCCTTCCACAGAGAGGTGGTGAAGTAAACCTGACATTGGGGGGTATTGACTTAAACAATTCAGGGAGgtatgttggataaattgattttttgtagctgtaaattttgatgtcaatctgtctaaaagttgtgaattttatttgccag
| ||| || || ||||||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||    || | |   | || | | |   ||  |||| |  ||||| ||  | | |||||| | ||| ||||||   
AATGCTCTGCCGCAGAGAGGTGGTGAAGTAAATTTGACTTTAGGGGGTATTGACTTGAACAATTCAGGGAGgtatgcacaatcattgtgtgttgtcttggattagcttttta-atcaatttggatgatagttgttactttaatttgcag-