Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATGGGTGTTGGTGTTTGCACTGTTACTGATGTGAGCGTTAACGGAAGAGGATTCATTGCTGCCTTTATAGCTGTATGGAGCACTTCTATGCAACAATATgtacgtatgactttccgctgcactggccttcaattttaagtggcacagtaatctcacaaatggatttaaaaacacacatgaacacatgcatgcacaacta...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G08700.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G08700.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT1G34020.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
TATGGGTGTTGGTGTTTGCACTGTTACTGATGTGAGCGTTAACGGAAGAGGATTCATTGCTGCCTTTATAGCTGTATGGAGCACTTCTATGCAACAATATgtacgtatgactttccgctgc--actggccttcaattttaagtggcacagtaatctcacaaatggatttaaaaacacacatgaacacatgcatgcacaacta
| ||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||   | ||||||  | || || ||  | ||||| ||||| ||| || |||||||||| ||| || |    | |   | |  | |  | |    |||        |   ||||   |  | |||  |         ||||||   ||              
TGTGGGTGTTGGTGTTTGCACTGTTACTGATGTTAGTGTAAACACTAAAGGATTTGTAGCCGCTTTCGTTGCTGTGTGGAGTACTGCTCTGCAACAATACgtaagtgttctgtgctcttacggagtaacatatcgtttctttgtttaagataatactaatattgg--tgtggtttttacatga-tgcag-------------

upper sequence: GLYMA02G08700.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT4G09810.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
TATGGGTGTTGGTGTTTGCACTGTTACTGATGTGAGCGTTAACGGAAGAGGATTCATTGCTGCCTTTATAGCTGTATGGAGCACTTCTATGCAACAATATgtacgtatgactttccgctgcactggccttcaattttaagtggcacagtaatctcacaaatggatttaaaaacacacatgaacacatgcatgcacaacta
| | |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||   | ||| ||  ||||||| ||| | ||||| ||||| ||| || |||||||||| ||| ||    ||||  ||| |  |   |   ||  |||||    | | | |    |    |   | |       ||                        
TGTTGGTGTTGGTGTTTGTACTGTTACTGATGTTAGTGTTAACACCAAAGGTTTTGTTGCTGCTTTTGTTGCTGTGTGGAGTACTGCTTTGCAACAATACgtaagt---tctttgagctacggtttacacaaagattaagattaagatttacacaaagtttctctcttttgttgcag-----------------------

upper sequence: GLYMA02G08700.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv18s0072g00080.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
TATGGGTGTTGGTGTTTGCACTGTTACTGATGTGAGCGTTAACGGAAGAGGATTCATTGCTGCCTTTATAGCTGTATGGAGCACTTCTATGCAACAATATgtacgtatgactttccgctgcactggcc----ttcaattttaagtggcacagtaatctcacaaatggatttaaaaacacacatgaacacatgcatgcacaacta
  | ||||||| |||||||||||| ||||||||||| || ||    ||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||||| ||||||| |||||| || |  | || | ||  |   |      |||| |  ||  |     |   || | || | |  || ||| || | |  |       |   |         
CCTTGGTGTTGCTGTTTGCACTGTCACTGATGTGAGTGTAAATACCAGAGGTTTCATTGCTGCCTTTATTGCAGTTTGGAGCACTTCTCTGCAACAGTATgtaagttttccatttctctctaaaagatatggttcattgctacatacataaagtattttactagttcatctaataagaaatcttgctgtctctgtctctc----

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58018262|gb|CX705004.1|CX705004
EST:     GATTCATTGCTGCCTTTATAGCTGTATGGAGCACTTCTATGCAACAATAT                         TATGTTCATTTCCTTCAACGGAAGTATTCTCTAAGTTCTTTCAACCTGTTG
genomic: GATTCATTGCTGCCTTTATAGCTGTATGGAGCACTTCTATGCAACAATATgtacgtatga ... ttatgtgcagTATGTTCATTTCCTTCAACGGAAGTATTCTCTAAGTTCTTTCAACCTGTTG
EST: gi|58017841|gb|CX704583.1|CX704583
EST:     CCTTTATAGCTGTATGGAGCACTTCTATGCAACAATAT                         TATGTTCATTTCCTTCAACGGAAGTATTCTTTAAGTTCTTTCAACCTGTTG
genomic: CCTTTATAGCTGTATGGAGCACTTCTATGCAACAATATgtacgtatga ... ttatgtgcagTATGTTCATTTCCTTCAACGGAAGTATTCTCTAAGTTCTTTCAACCTGTTG
EST: gi|58021099|gb|CX707841.1|CX707841
EST:     GATTCATTGCTGCCTTTATAGCTGTATGGAGCACTTCTATGCAACAATAT                         TATGTTCATTTCCTTCAACGGAAGTA-TCTCTAAGTTCTTTCAACCTGTTG
genomic: GATTCATTGCTGCCTTTATAGCTGTATGGAGCACTTCTATGCAACAATATgtacgtatga ... ttatgtgcagTATGTTCATTTCCTTCAACGGAAGTATTCTCTAAGTTCTTTCAACCTGTTG
EST: gi|151408897|gb|EV278705.1|EV278705
EST:     GATTCATTGCTGCCTTTATAGCTGTATGGAGCACTTCTATGCAACAATAT                         TATGTTCATTTCCTTCAACGGAAGTATTCTCTAAGTTCTTTCAACCTGTTG
genomic: GATTCATTGCTGCCTTTATAGCTGTATGGAGCACTTCTATGCAACAATATgtacgtatga ... ttatgtgcagTATGTTCATTTCCTTCAACGGAAGTATTCTCTAAGTTCTTTCAACCTGTTG
EST: gi|57575998|gb|CX548969.1|CX548969
EST:     GATTCATTGCTGCCTTTATAGCTGTATGGAGCACTTCTATGCAACAATAT                         TATGTTCATTTCCTTCAACGGAAGTATTCTCTAAGTTCTTTCAACCTGTTG
genomic: GATTCATTGCTGCCTTTATAGCTGTATGGAGCACTTCTATGCAACAATATgtacgtatga ... ttatgtgcagTATGTTCATTTCCTTCAACGGAAGTATTCTCTAAGTTCTTTCAACCTGTTG
EST: gi|58021414|gb|CX708155.1|CX708155
EST:     GATTCATTGCTGCCTTTATAGCTGTATGGAGCACTTCTATGCAACAATAT                         TATGTTCATTTCNTTCAACGGAAGTATTCTCTAAGTTCTTTCAACCTGTTG
genomic: GATTCATTGCTGCCTTTATAGCTGTATGGAGCACTTCTATGCAACAATATgtacgtatga ... ttatgtgcagTATGTTCATTTCCTTCAACGGAAGTATTCTCTAAGTTCTTTCAACCTGTTG
EST: gi|14205435|gb|BG839113.1|BG839113
EST:     GCAC-TCTATGCAA-KATAT                         TATGTTCATTTCCTTCAACGGAAGTATTCTCTAAGTTCTTTCAKCCTGTTG
genomic: GCACTTCTATGCAACAATATgtacgtatga ... ttatgtgcagTATGTTCATTTCCTTCAACGGAAGTATTCTCTAAGTTCTTTCAACCTGTTG
EST: gi|192329849|gb|FK023353.1|FK023353
EST:     GATTCATTGCTGCCTTTATAGCTGTATGGAGCACTTCTATGCAACAATAT                         TATGTTCATTTCCTTCAACGGAAGTATTCTCTAAGT-CTTTCAACCTGTTG
genomic: GATTCATTGCTGCCTTTATAGCTGTATGGAGCACTTCTATGCAACAATATgtacgtatga ... ttatgtgcagTATGTTCATTTCCTTCAACGGAAGTATTCTCTAAGTTCTTTCAACCTGTTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TATGGGTGTTGGTGTTTGCACTGTTACTGATGTGAGCGTTAACGGAAGAGGATTCATTGCTGCCTTTATAGCTGTATGGAGCACTTCTATGCAACAATATgtacgtatgactttccgctgcactggccttcaattttaagtggcacagtaatctcacaaatggatttaaaaacacacatgaacacatgcatgcacaacta

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCA