Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGGCGGTGACCGTGATGGATACCGTGGAGGTCCACGCGGACCTGGCGGTGATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttttgcaatatatcaatcaacattattattgtctttctatttgtttgttttattgtttgcttttattttgtatgttaactatcttttcttgta...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G43110.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA01G43110.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT4G25740.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
------------CGGCGGTGACCGTGATGGATACCGTGGAGGTCCACGCGGACCTGGCGGTGATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttttgcaatatatcaatcaacatta--ttattgtctttctatttgtttgttttattgtttgcttttattttg-tatgttaactatcttttcttgta------------------------------------------------------
                |||||||||||||||||||||||||| |||||      ||| ||||||      || |||||||||||||| ||||| | |  ||| |||||    |||| | ||   | |  ||  |||||    ||  ||| ||    | |||   ||    ||| |  |  ||  || ||   | ||  ||    |||   ||  |                                                      
AGACCGTCCCAGATTTGGTGACCGTGATGGATACCGTGGAGGCCCACG------TGGTGGTGAT------GAGAAGGGTGGAGCTCCAGCTGATTTCCAGCCGTCTTTCCAAgtaaatctt---cgacttactaatcactcctagtttactgagcctatatgccttccacttactaatcactcctagttaactgtgccaatatgcttcgtttaaagtcttttagctagttgatgaagagattgtctaacagcgtgttgtatgttggcag

upper sequence: GLYMA01G43110.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv02s0025g00310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
CGGCGGTGACCGTGATGGATACCGTGGAGGTCCACGCGGACCTGGCGGTGATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt---tgcaatatatcaatcaacattattattgtctttctatttgtttgttttattgtttgcttttattttgtatgttaactatcttttcttgta
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||   ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||    ||||||||  ||||||| | |    | |  | |  || ||||   |||  || | | | |||      |  | ||| ||| |||| || ||| |  ||   |   |||  |  | 
GTTTGGTGACCGGGATGGGTACCGTGGAGGTCCACGAGGACCTCCAGGTGAGTTTGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGATTATCAACCTTCTTTCAGGgtaagctatcatcttcgctctggcattcaattatat-gttctatatgtataatagaggctaattattt-ctttcatcttgca-attggtttgttttcttaatg
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31311828|gb|CD397031.1|CD397031
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|254319374|gb|GR828994.1|GR828994
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTT
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTT
EST: gi|9564108|gb|BE473617.1|BE473617
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCT
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCT
EST: gi|15664252|gb|BI701623.1|BI701623
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGT
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGT
EST: gi|15337796|gb|BI498452.1|BI498452
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|298180140|gb|HO025355.1|HO025355
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCG
EST: gi|31455891|gb|CD397919.1|CD397919
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|17963378|gb|BM270128.1|BM270128
EST:     GCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: GCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|193666130|gb|FK611755.1|FK611755
EST:     CAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGG
genomic: CAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGG-TGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGG
EST: gi|298185894|gb|HO031055.1|HO031055
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCG
EST: gi|31458014|gb|CD400042.1|CD400042
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|31462930|gb|CD404958.1|CD404958
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|31476502|gb|CD418530.1|CD418530
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|207788676|gb|GD763370.1|GD763370
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGG
EST: gi|120533539|gb|EH261672.1|EH261672
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|208047324|gb|GD844421.1|GD844421
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATG
EST: gi|193644128|gb|FK590279.1|FK590279
EST:     CAGGCCTTCTTTT-GG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: CAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|57574072|gb|CX547047.1|CX547047
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|31472267|gb|CD414295.1|CD414295
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|20448690|gb|BQ252814.1|BQ252814
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|254319375|gb|GR828995.1|GR828995
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|120491553|gb|EH219720.1|EH219720
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|31461400|gb|CD403428.1|CD403428
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|9258355|gb|BE346502.1|BE346502
EST:     ATTTCNGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGGCCTGGCGGGNGGCCTGGCTTCNGTCGTGGTTC
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTC
EST: gi|7588738|gb|AW704527.1|AW704527
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGC
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGC
EST: gi|7686154|gb|AW756802.1|AW756802
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCT
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCT
EST: gi|254331988|gb|GR843731.1|GR843731
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|38191986|gb|CF921192.1|CF921192
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|120491512|gb|EH219679.1|EH219679
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|21637836|gb|BM107991.1|BM107991
EST:     TTTCGGTGACAAGGGTGGAAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGG
genomic: TTTCGGTGACAAGGGTGGA-GCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAA-GGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGG
EST: gi|209726056|gb|BW672782.1|BW672782
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|8826147|gb|BE209807.1|BE209807
EST:     TTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGC-TNTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGG
genomic: TTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCT-TCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGG
EST: gi|209726057|gb|BW672783.1|BW672783
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|15287622|gb|BI471513.1|BI471513
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|14259545|gb|BG882453.1|BG882453
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|254331105|gb|GR843224.1|GR843224
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|20076025|gb|BQ094817.1|BQ094817
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|298166243|gb|HO009214.1|HO009214
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGG
EST: gi|151406216|gb|EV276031.1|EV276031
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|13790907|gb|BG653498.1|BG653498
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|10844174|gb|BF067501.1|BF067501
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAATGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCCGTGGGTTATGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGG-TTATGG
EST: gi|254331104|gb|GR843223.1|GR843223
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|193473495|gb|FK437112.1|FK437112
EST:     CAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTTGGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATG
genomic: CAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGG-T-GGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATG
EST: gi|26268794|gb|CA819857.1|CA819857
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|31312437|gb|CD397640.1|CD397640
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|15663292|gb|BI700663.1|BI700663
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|17962965|gb|BM269720.1|BM269720
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|58024826|gb|CX711567.1|CX711567
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|209717819|gb|BW668956.1|BW668956
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|31465393|gb|CD407421.1|CD407421
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|31459148|gb|CD401176.1|CD401176
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|120491731|gb|EH219898.1|EH219898
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|8827771|gb|BE211501.1|BE211501
EST:     ATTTCNGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|31462473|gb|CD404501.1|CD404501
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGTCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|31469124|gb|CD411152.1|CD411152
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|19934572|gb|BQ079602.1|BQ079602
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|16996278|gb|BM085650.1|BM085650
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTT
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTT
EST: gi|20207763|gb|BQ133852.1|BQ133852
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|15664288|gb|BI701659.1|BI701659
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|57575700|gb|CX548675.1|CX548675
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|298168274|gb|HO014449.1|HO014449
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGG
EST: gi|207717040|gb|GD699564.1|GD699564
EST:     TGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: TGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|209707031|gb|BW653194.1|BW653194
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|193614965|gb|FK560553.1|FK560553
EST:     CAGGCCTTC-TTT-GG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: CAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|120491785|gb|EH219952.1|EH219952
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|9901802|gb|BE610770.1|BE610770
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTG
EST: gi|13181336|gb|BG352737.1|BG352737
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGNCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|120491531|gb|EH219698.1|EH219698
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|298172140|gb|HO021732.1|HO021732
EST:     ATTCCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|120491350|gb|EH219517.1|EH219517
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTT
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTT
EST: gi|8286547|gb|BE024106.1|BE024106
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|26269501|gb|CA820564.1|CA820564
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|19934573|gb|BQ079603.1|BQ079603
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|15814698|gb|BI786973.1|BI786973
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTC
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTC
EST: gi|15285146|gb|BI469037.1|BI469037
EST:     ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: ATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
EST: gi|193643935|gb|FK591206.1|FK591206
EST:     CAGGCCTTCTTTT-GG                         GGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG
genomic: CAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttt ... ctgtttgcagGGTGGTCCTGGCGGAAGGCCTGGCTTCGGTCGTGGTTCCGGTGGTTATGGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CGGCGGTGACCGTGATGGATACCGTGGAGGTCCACGCGGACCTGGCGGTGATTTCGGTGACAAGGGTGGAGCTCCTGCTGACTACAGGCCTTCTTTTGGGgtaagttttttgcaatatatcaatcaacattattattgtctttctatttgtttgttttattgtttgcttttattttgtatgttaactatcttttcttgta

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT