Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGACTTCATGTAAATTATGGCGGCAAGTGGGAGAGTCTTTCAAGCCTCCGAAgtaagaaccaacatgctctttcatgtcttgatcttgtttatggctctgaaatcaaagtcttcttatatatgcagttttgtatctatgccttctgtctctt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G36040.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA01G36040.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv04s0044g01840.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
GTGACTTCATGTAAATTATGGCGGCAAGTGGGAGAGTCTTTCAAGCCTCCGAAgtaaga--accaacatgctctttcatgtc---ttgatcttgtttatggctctgaaatcaaagtcttctta-tatatgcagttttgtatctatgccttctgtctctt
||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||| || || || || ||||| ||  |  | | | |   ||||  |    ||| | |   ||||||      | | |  |  ||  |  ||||  |  |||||  |  |    |  |||     
GTGACTTCATGCAAACTGTGGCGGCAAGTGGGAGAGTCCTTTAAACCCCCAAAgtatgataattagcttacatattcaaattccattgctttgtcttatggagtgatagttattgctttgctgctataaaccattttgcctagaaat-tgatgt-----