Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGAAGTTGTTAAATCCTTTAATGACTCAGAGGGACCACAATGGAAACATTCACTTTTTGGGAATCCAAATGATCCAGAAACTTTTAGgttcgtctagttttaagctttacttagtaactttgaccatccatttctctttgttggagttagtttgatatcccctgaaagttcacagtaaaaaatttgg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G07850.1
intron # 33
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G07850.2 (Glycine max), 5'ss of exon 33
lower sequence: Vv04s0008g04520.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 34
GTTGAAGTTGTTAAATCCTTTAATGACTCAGAGGGACCACAATGGAAACATTCACTTTTTGGGAATCCAAATGATCCAGAAACTTTTAGgttcgtctagttttaagctttacttagtaactttgaccatccattt-ctctttgttggagttagttt--gatatcccctgaaagttcacagtaaaaaatttgg
||||| ||||| || || |||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||  ||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||  | || |    || | |||  |||  |||| |  ||  || ||   || | |  ||||     |       |||      || | | || |   
GTTGATGTTGTAAAGTCTTTTAATGATTCAGATGGACCACAGTGGAAGCATTCTTTTTTTGGAAATCCAAATGATCCTGAAACTTTCAGgtttgtctc-tcttgattgatagtgagtt-cttgaaccagcacttagctattaaatgcactatgtttccacaaggtaactaaaacaattagcagagaaatca-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193361719|gb|FK328267.1|FK328267
EST:     CAATGGAGACATTCACTTTTTGGGAATCCAAATGATCCAGAAACTTT-AG                         ACGAAGGTGTAAAATTGCAGAGGTTCTTGTTGAGAAGAATTTTGATTTGGC
genomic: CAATGGAAACATTCACTTTTTGGGAATCCAAATGATCCAGAAACTTTTAGgttcgtctag ... taaatttcagACGAAGGTGTAAAATTGCAGAGGTTCTTGTTGAGAAGAATTTTGATTTGGC
EST: gi|193431611|gb|FK397441.1|FK397441
EST:     AATGGAAACAATTCAC-TTTT-GGAATCCAAATGATCCAGAAACTTTTAG                         ACGAAGGTGTAAAATTGCAGAGGTTCTTGTTGAGAAGAATTTTGATTTGGC
genomic: AATGGAAAC-ATTCACTTTTTGGGAATCCAAATGATCCAGAAACTTTTAGgttcgtctag ... taaatttcagACGAAGGTGTAAAATTGCAGAGGTTCTTGTTGAGAAGAATTTTGATTTGGC