Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGAACTTTATGCTGAAAAGGTCAACAATAGGGGTCTTTGCGCTATAGCACAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcattcttgtttttattgttgtttttactaaaatgatatacctattcatttcttagttgtttacattgtagacaaatcttgatagctgttggaa...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G21190.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G21190.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
TTGAACTTTATGCTGAAAAGGTCAACAATAGGGGTCTTTGCGCTATAGCACAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcattcttgtttttattgttgtttttactaaaatgatatacc----tattcatttcttagttgtttacattgtagacaaatcttgatagctgttggaa
| || || || || || ||||| |||||  | || || ||||| || || ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||  | |||| | ||| | | |  |   | |   |||  |   | | || |||| |    | |    |||  ||       |    |   |    |   || | |||| || 
TCGAGCTCTACGCCGAGAAGGTGAACAACCGCGGCCTCTGCGCCATCGCCCAGGCCGAGTCGCTCCGCTACAAGCTCCTCGGTGGCCTCGCCGTCAGAAGgt-tgtgc-tccatcctgaaactcgcgttccttagatattggtatagcagcatgtcatcttcacagcaaccggctgcttgttcgtgccagaattg-tgttcga-

upper sequence: GLYMA20G21190.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT2G31610.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
TTGAACTTTATGCTGAAAAGGTCAACAATAGGGGTCTTTGCGCTATAGCACAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcattcttgt----ttttattgt-tgtttttactaaaatgatatacctattcattt-cttagttgtttacattgtagacaaatcttgatagctgttggaa
|||| || |||||||| ||||| ||||| || ||||| || || || || |||||||||||||| || |||||||| || ||||| || ||||| ||||||||    ||||  | |    | || |||| | || |  || || || | |   ||||  ||  |||| ||| |   | |   || |  | | |    |        
TTGAGCTCTATGCTGAGAAGGTTAACAACAGAGGTCTCTGTGCCATTGCTCAGGCTGAGTCTCTACGTTACAAGCTTCTCGGTGGTCTTGCTGTTCGCAGgtacg-acatttctctagtatgtttttgtgtattctctctcaattgctgttgttattgtttagcttacttggtcctaatagtgaaatgtataggatacaac-----

upper sequence: GLYMA20G21190.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT5G35530.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
TTGAACTTTATGCTGAAAAGGTCAACAATAGGGGTCTTTGCGCTATAGCACAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtat-atgcattcttgtttttattgttgttttta-ctaaaatgata-tacctattcatttcttagttgtttac-attgtagacaaatcttgatagctgttggaa
|||| ||||||||||| |||||    || || |||||||| ||||| || |||||||||||||| || |||||||| |||||||| || ||||| || |||||| | |  ||  | ||  |       ||| || |||  ||     |    |||  ||   | | || |||  | |||     ||| | |  |  | |     
TTGAGCTTTATGCTGAGAAGGTTGCTAACAGAGGTCTTTGTGCTATTGCTCAGGCTGAGTCTCTTCGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTTGCTGTTCGTAGgtatgacgtgtttctattgctgcatccttttgtagctatcattccggtgttgatttgttagattgatgcttaagactgtgtgttaatgtagtgaagtatc----

upper sequence: GLYMA20G21190.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT3G53870.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
TTGAACTTTATGCTGAAAAGGTCAACAATAGGGGTCTTTGCGCTATAGCACAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtat-atgcattcttgtttttattgttgt----ttttactaaaatgatatacctattcatttcttagttgtttacattgtagacaaatcttgatagctgttggaa
|||| |||||||| || ||||| ||||| || ||||| || || || || |||||||||||| | || |||||||| |||||||| || ||||| || |||||  |    |   |  ||   ||| | |     |||  |  |    | ||  |  |||||    | |  |||  || |   || | | |  |||    |     
TTGAGCTTTATGCCGAGAAGGTTAACAACAGAGGTCTCTGTGCCATCGCTCAGGCTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAGgtacgacatttctctagttcgtttgctatgttactttgtttgatcagtttagtttatcattagagactgatttggataggttactagtgtatataagcat-----

upper sequence: GLYMA20G21190.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: PP1S454_3V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 3
TTGAACTTTATGCTGAAAAGGTCAACAATAGGGGTCTTTGCGCTATAGCACAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtat-atgcattcttgtttttattgttgtttttactaaa--atgatatacctattcattt---cttagttgtttacattgtagacaaatcttgatagctgttggaa------------------------------
||||  | ||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||| || || ||||||||||| || || |||||||| ||||| || || |||||||||||||   |||  ||    ||  | |  || |        |   || |  | |   || ||||     ||| |    |  ||    ||  |||   || | || || |                               
TTGAGTTGTATGCCGAGAAGGTGAACAACAGGGGTCTGTGCGCCATTGCTCAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatgggttgccattcgtgtaattatgcccgtgtattcatcagttgcactttgatttgaatctagcttcccatgttaagtacttatcagaatcgatggtgtatgacgttttcttttttgtatgacgggtacag

upper sequence: GLYMA20G21190.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: PP1S136_175V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 3
TTGAACTTTATGCTGAAAAGGTCAACAATAGGGGTCTTTGCGCTATAGCACAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgt----atatgcattcttgtttttattgttgttt-------ttactaaaatgatatacctattcatttcttagttgtttacattgtagacaaatcttgatagctgttggaa----------------------
| ||  | || ||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||| || |||||||||||||| || |||||||| |||||||| || || || |||||||    |  |||  |    | | ||| || |  |       ||       |    ||  |   ||| | |||   | |||  |    | ||| |  |   | |||  | |                       
TGGAGTTGTACGCTGAGAAGGTTAACAACAGAGGTCTATGCGCTATTGCGCAGGCTGAGTCTCTTCGATACAAGCTTCTTGGTGGTCTTGCCGTTCGCAGgtccgtacttgcggttgaatgtgtatcgtggaatgacagaattgtgggtgtatgttatttccccatctattataagcttaggtgtaggtcaatttgtctcaactgacgtactttctatcctgtgtatttttag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298182456|gb|HO031191.1|HO031191
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|20498169|gb|BQ273099.1|BQ273099
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|58018699|gb|CX705441.1|CX705441
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|151394186|gb|EV264057.1|EV264057
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCCATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|21678027|gb|BQ630378.1|BQ630378
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|24205643|gb|BU964896.1|BU964896
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|192316858|gb|FK006085.1|FK006085
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|10845025|gb|BF068214.1|BF068214
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGCTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|17023989|gb|BM095023.1|BM095023
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|254316297|gb|GR827834.1|GR827834
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|22541845|gb|BU091688.1|BU091688
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|298189761|gb|HO038164.1|HO038164
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|192325123|gb|FK019069.1|FK019069
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|48575088|gb|CO036228.1|CO036228
EST:     CAGGCTGAGTCTCTTCGCTACAAGCTCCTTGGTGGACTCGCTGTGCGCAG                         GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|37996532|gb|CF808121.1|CF808121
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|7041963|gb|AW471857.1|AW471857
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTACCTGTGCGCAC                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|192324902|gb|FK015383.1|FK015383
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|209701755|gb|BW655896.1|BW655896
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|209718519|gb|BW674683.1|BW674683
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|213603394|gb|DB966569.1|DB966569
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|58024786|gb|CX711527.1|CX711527
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|31307494|gb|CD392697.1|CD392697
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|13481301|gb|BG510644.1|BG510644
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|7925503|gb|AW831529.1|AW831529
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|26268284|gb|CA819347.1|CA819347
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|57576092|gb|CX549063.1|CX549063
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|9901298|gb|BE610266.1|BE610266
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTCGTTATGGAGAGTGGCGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|298174155|gb|HO017491.1|HO017491
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|18040358|gb|BM308652.1|BM308652
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|13240447|gb|BG359756.1|BG359756
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|192326793|gb|FK017360.1|FK017360
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|8404055|gb|BE059689.1|BE059689
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|13790896|gb|BG653487.1|BG653487
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|9986821|gb|BE660929.1|BE660929
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|209701714|gb|BW655895.1|BW655895
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|209721034|gb|BW666291.1|BW666291
EST:     TGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: TGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|192316859|gb|FK006086.1|FK006086
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|19934412|gb|BQ079442.1|BQ079442
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|18040338|gb|BM308632.1|BM308632
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|22524443|gb|BU083254.1|BU083254
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGTTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|18040077|gb|BM308371.1|BM308371
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|192303477|gb|FG994483.1|FG994483
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|4292317|gb|AI437745.1|AI437745
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAANGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|6915481|gb|AW397011.1|AW397011
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|15663235|gb|BI700606.1|BI700606
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|15664562|gb|BI701933.1|BI701933
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|21600670|gb|BQ611001.1|BQ611001
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|23727936|gb|BU762008.1|BU762008
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|254316296|gb|GR827833.1|GR827833
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|192315548|gb|FK009700.1|FK009700
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|9820315|gb|BE555825.1|BE555825
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|192303478|gb|FG994484.1|FG994484
EST:     GTCTTTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGTTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: GTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|192315549|gb|FK009701.1|FK009701
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|209721033|gb|BW666290.1|BW666290
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG
EST: gi|13562761|gb|BG550981.1|BG550981
EST:     CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGNGCTTAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcat ... tctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTGAACTTTATGCTGAAAAGGTCAACAATAGGGGTCTTTGCGCTATAGCACAGGCTGAGTCTCTCCGCTACAAGCTCCTTGGTGGCCTAGCTGTGCGCAGgtatatgcattcttgtttttattgttgtttttactaaaatgatatacctattcatttcttagttgtttacattgtagacaaatcttgatagctgttggaa

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG