Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGGAAGTGGAACTTGTGGGTTGTCCACAAGCTGTTGCTCACTGCTGTTTATGGCTTCATAATGTTTATGTACCATTCCGGATGGAAAGAAACGTTGCCTGgtgagccaattgacgggactattacatgatgttttaacttattttctaattgcttaatttccttttctttcatgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G42870.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G42870.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv14s0030g00750.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
GGGAAGTGGAACTTGTGGGTTGTCCACAAGCTGTTGCTCACTGCTGTTTATGGCTTCATAATGTTTATGTACCATTCCGGATGGAAAGAAACGTTGCCTGgtgagccaattga---cgggactattacatgatgtt----ttaacttatttt------ctaattgcttaattt------------ccttttctttcatgcag
| ||| |||  |||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||   ||||| ||| | ||| |||||||||    |  |      | ||  |   ||| |||    ||  || || ||      |||||  || |||||             |||| |||| ||||||
GTGAAATGGGGCTTGTGGGTTGTCCACAAACTAGTGCTTACTGCTGTTTATGGCTTCATATTGTTCATGTACCACTCAAAATGGAGAGAGAGGTTACCTGgtgagattgtctaatatatgccttgtctttgaagttgaatttgcctcatattgaagacctaatcactaaatttaagtctgtttcttctttcctttgatgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151396763|gb|EV266636.1|EV266636
EST:     TGGCTTCATAATGTTTATGTACCATTCCGGATGGAAAGAAACGTTGCCTG                         CAAAAATTGCCTTTTACAAGTATGTTGCTATCATGTTCATTTTTAATGCGA
genomic: TGGCTTCATAATGTTTATGTACCATTCCGGATGGAAAGAAACGTTGCCTGgtgagccaat ... tttcatgcagCAAAAATTGCCTTTTACAAGTATGTTGCTATCATGTTCATTTTTAATGCGA
EST: gi|151401734|gb|EV271547.1|EV271547
EST:     TGGCTTCATAATGTTTATGTACCATTCCGGATGGAAAGAAACGTTGCCTG                         CAAAAATTGCCTTTTACAAGTATGTTGCTATCATGTTCATTTTTAATGCGA
genomic: TGGCTTCATAATGTTTATGTACCATTCCGGATGGAAAGAAACGTTGCCTGgtgagccaat ... tttcatgcagCAAAAATTGCCTTTTACAAGTATGTTGCTATCATGTTCATTTTTAATGCGA
EST: gi|51341748|gb|CO983065.1|CO983065
EST:     TGGCTTCATAATGTTTATGTACCATTCCGGATGGAAAGAAACGTTGCCTG                         CAAAAATTGCCTTTTACAAGTATGTTGCTATCATGTTCATTTTTAATGCGA
genomic: TGGCTTCATAATGTTTATGTACCATTCCGGATGGAAAGAAACGTTGCCTGgtgagccaat ... tttcatgcagCAAAAATTGCCTTTTACAAGTATGTTGCTATCATGTTCATTTTTAATGCGA
EST: gi|151396422|gb|EV266299.1|EV266299
EST:     TGGCTTCATAATGTTTATGTACCATTCCGGATGGAAAGAAACGTTGCCTG                         CAAAAATTGCCTTTTACAAGTATGTTGCTATCATGTTCATTTTTAATGCGA
genomic: TGGCTTCATAATGTTTATGTACCATTCCGGATGGAAAGAAACGTTGCCTGgtgagccaat ... tttcatgcagCAAAAATTGCCTTTTACAAGTATGTTGCTATCATGTTCATTTTTAATGCGA
EST: gi|214006485|gb|DB987224.1|DB987224
EST:     GAAAGAAACGTTGCCTG                         CAAAAATTGCCTTTTACAAGTATGTTGCTATCATGTTCATTTTTAATGCGA
genomic: GAAAGAAACGTTGCCTGgtgagccaat ... tttcatgcagCAAAAATTGCCTTTTACAAGTATGTTGCTATCATGTTCATTTTTAATGCGA
EST: gi|192298478|gb|FG988479.1|FG988479
EST:     TGGCTTCATAATGTTTATGTACCATTCCGGATGGAAAGAAACGTTGCCTG                         CAAAAATTGCCTTTTACAAGTATGTTGCTATCATGTTCATTTTTAATGCGA
genomic: TGGCTTCATAATGTTTATGTACCATTCCGGATGGAAAGAAACGTTGCCTGgtgagccaat ... tttcatgcagCAAAAATTGCCTTTTACAAGTATGTTGCTATCATGTTCATTTTTAATGCGA
EST: gi|120492292|gb|EH220459.1|EH220459
EST:     TGGCTTCATAATGTTTATGTACCATTCCGGATGGAAAGAAACGTTGCCTG                         CAAAAATTGCCTTGTACAAGTATGTTGCTATCATG
genomic: TGGCTTCATAATGTTTATGTACCATTCCGGATGGAAAGAAACGTTGCCTGgtgagccaat ... tttcatgcagCAAAAATTGCCTTTTACAAGTATGTTGCTATCATG
EST: gi|151412683|gb|EV282495.1|EV282495
EST:     TGGCTTCATAATGTTTATGTACCATTCCGGATGGAAAGAAACGTTGCCTG                         CAAAAATTGCCTTTTACAAGTATGTTGCTATCATGTTCATTTTTAATGCGA
genomic: TGGCTTCATAATGTTTATGTACCATTCCGGATGGAAAGAAACGTTGCCTGgtgagccaat ... tttcatgcagCAAAAATTGCCTTTTACAAGTATGTTGCTATCATGTTCATTTTTAATGCGA
EST: gi|192331168|gb|FK023721.1|FK023721
EST:     TGGCTTCATAATGTT-ATGTACCATTCCG-ATGGAAAGAAACGTTGCCTG                         CAAAA-TTGCCTTTTACAAGTATGTTGCTATCATGTTCATTT
genomic: TGGCTTCATAATGTTTATGTACCATTCCGGATGGAAAGAAACGTTGCCTGgtgagccaat ... tttcatgcagCAAAAATTGCCTTTTACAAGTATGTTGCTATCATGTTCATTT
EST: gi|151409790|gb|EV279598.1|EV279598
EST:     GGCTTCATAATGTTTATGTACCATTCCCGGATGGAAAGAAACGTTGCCTG                         CAAAAATTGCCTTTTACAAGTATGTTGCTATCATGTTCATTTTTAATGCGA
genomic: GGCTTCATAATGTTTATGTACCATTCC-GGATGGAAAGAAACGTTGCCTGgtgagccaat ... tttcatgcagCAAAAATTGCCTTTTACAAGTATGTTGCTATCATGTTCATTTTTAATGCGA
EST: gi|120492144|gb|EH220311.1|EH220311
EST:     TGGCTTCATAATGTTTATGTACCATTCCGGATGGAAAGAAACGTTGCCTG                         CAAAAATTGCCTTTTACAAGTATGTTGCTATCATGTTCATTTTTAATGCGA
genomic: TGGCTTCATAATGTTTATGTACCATTCCGGATGGAAAGAAACGTTGCCTGgtgagccaat ... tttcatgcagCAAAAATTGCCTTTTACAAGTATGTTGCTATCATGTTCATTTTTAATGCGA
EST: gi|22932336|gb|BU549475.1|BU549475
EST:     TTCATAATGTTTATGTACCATTCCGGATGGAAAGAAACGTTGCCTG                         CAAAAATTGCCTTTTACAAGTATGTTGCTATCATGTTCATTTTTAATGCGA
genomic: TTCATAATGTTTATGTACCATTCCGGATGGAAAGAAACGTTGCCTGgtgagccaat ... tttcatgcagCAAAAATTGCCTTTTACAAGTATGTTGCTATCATGTTCATTTTTAATGCGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGGAAGTGGAACTTGTGGGTTGTCCACAAGCTGTTGCTCACTGCTGTTTATGGCTTCATAATGTTTATGTACCATTCCGGATGGAAAGAAACGTTGCCTGgtgagccaattgacgggactattacatgatgttttaacttattttctaattgcttaatttccttttctttcatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAA