Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TACTTGTTCGACTTGGAGAACACCAATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatattgtgaatgatcaatgatgaattgatggatgtttggttttaaaaaatttctcattgtcaggacaatttatttcatgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G06730.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G06730.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT5G16130.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
TACTTGTTCGACTTGGAGAACACCAATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatattgtgaatgatcaatgatgaattgatggatgtttggttttaaaaaatttctcattgtcaggacaattt-atttcat----gcag
   ||||| || ||||||||||| || |||||  ||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| |||| |  |  || |  |  |   |      ||  |   |   |||||  |  |  ||||||   |  |    ||||| ||||  |    ||||
GCTTTGTTTGATTTGGAGAACACTAACCAGGAGTTGAAAAGCGAGTTGAAAGATCTCTACATCAACCAAGCTGTgtatgt-tgctgcgttttgttttttccccgtt--tcactccatggttgcattacctttctcgaagggaaactaatttgattttgtcattgcag

upper sequence: GLYMA19G06730.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT3G02560.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
TACTTGTTCGACTTGGAGAACACCAATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatattgtgaatgatcaatgatgaattgatgg-atgtttggttttaaaaaatttctcattgtcaggacaatttatttcatgcag
   ||||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| |||| | |  ||||       |   || | |||      ||| ||   ||    || | |||| || |        | ||||   || ||
GCTTTGTTTGACTTGGAGAACACCAACCAGGAGTTGAAAAGCGAGTTGAAAGATCTCTACATTAACCAAGCTGTgtatgtactttgttttctcgcttggaaggattttcattatggttcccttactgaactatctcctttt--------tctattctgtgtag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192308855|gb|FK002079.1|FK002079
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|298165602|gb|HO011651.1|HO011651
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|213608685|gb|DB968972.1|DB968972
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|23726793|gb|BU761399.1|BU761399
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|213600262|gb|DB964342.1|DB964342
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|151393160|gb|EV263035.1|EV263035
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|192302418|gb|FG995902.1|FG995902
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|151406018|gb|EV275833.1|EV275833
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|18040430|gb|BM308724.1|BM308724
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|298183491|gb|HO028704.1|HO028704
EST:     AATCATGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAATGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|209721155|gb|BW659181.1|BW659181
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|209702953|gb|BW667461.1|BW667461
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|192296560|gb|FG989132.1|FG989132
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|298179561|gb|HO028032.1|HO028032
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|213597808|gb|DB960365.1|DB960365
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|151408391|gb|EV278199.1|EV278199
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|213597844|gb|DB962197.1|DB962197
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|6719023|gb|AW306670.1|AW306670
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|209704583|gb|BW656616.1|BW656616
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|213592415|gb|DB971599.1|DB971599
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|298173686|gb|HO017022.1|HO017022
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAGGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|58014414|gb|CX701156.1|CX701156
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|7147149|gb|AW509071.1|AW509071
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|16346842|gb|BI972437.1|BI972437
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|213601218|gb|DB956512.1|DB956512
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|209702507|gb|BW667140.1|BW667140
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|9986818|gb|BE660926.1|BE660926
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|42723067|gb|CK768966.1|CK768966
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|298169246|gb|HO020606.1|HO020606
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|254325477|gb|GR838358.1|GR838358
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|7145885|gb|AW507807.1|AW507807
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|192302419|gb|FG995903.1|FG995903
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
EST: gi|4285038|gb|AI440856.1|AI440856
EST:     ACAT-AACCAAGTCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCG-AAGNGCTGTAGTCATCTATGTGCCT
genomic: ACATAAACCAAG-CTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAG-GCTGTAGTCATCTATGTGCCT
EST: gi|298181684|gb|HO025859.1|HO025859
EST:     AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTAT                         TCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT
genomic: AATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatat ... tttcatgcagTCAAATGGATGTGGCTGGTAATCGCAAGGCTGTAGTCATCTATGTGCCTTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TACTTGTTCGACTTGGAGAACACCAATCAGGATCTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATAAACCAAGCTATgtaaggatattgtgaatgatcaatgatgaattgatggatgtttggttttaaaaaatttctcattgtcaggacaatttatttcatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT