1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
GCTGATGCCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATAggtacatgaaacacatttttcaattctcttattattaaaaaatttattaattttgtacttttttacttcgcaaaatgtcataagcacaagcagttaaccttaaccttaatccacaattttccattattgca
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G44820.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATA GATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAAEST: gi|193705157|gb|FK644059.1|FK644059
genomic: CCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATAggtacatgaa ... cattattgcaGATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAA
EST: CCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATA GATGATTGTTGGGCTGAATEST: gi|192312271|gb|FK005275.1|FK005275
genomic: CCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATAggtacatgaa ... cattattgcaGATGATTGTTGGGCTGAAT
EST: CCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATA GATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAAEST: gi|208153437|gb|GD945698.1|GD945698
genomic: CCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATAggtacatgaa ... cattattgcaGATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAA
EST: CCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATA GATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAAEST: gi|193384258|gb|FK349746.1|FK349746
genomic: CCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATAggtacatgaa ... cattattgcaGATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAA
EST: AGCTTGGATACACTTATGTCAATATA GATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAAEST: gi|151412992|gb|EV282800.1|EV282800
genomic: AGCTTGGATACACTTATGTCAATATAggtacatgaa ... cattattgcaGATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAA
EST: CCCTTGTTTCGACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATA GATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAAEST: gi|298193345|gb|HO033779.1|HO033779
genomic: CCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATAggtacatgaa ... cattattgcaGATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAA
EST: CCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATA GATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAAEST: gi|213596908|gb|DB964115.1|DB964115
genomic: CCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATAggtacatgaa ... cattattgcaGATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAA
EST: CCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATA GATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAAEST: gi|193530996|gb|FK487097.1|FK487097
genomic: CCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATAggtacatgaa ... cattattgcaGATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAA
EST: TGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATA GATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAAEST: gi|6481859|gb|AW201130.1|AW201130
genomic: TGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATAggtacatgaa ... cattattgcaGATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAA
EST: CCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATA GATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAA
genomic: CCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATAggtacatgaa ... cattattgcaGATGATTGTTGGGCTGAATTAAATCGGGATGCTAA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCTGATGCCCTTGTTTCTACTGGTCTGTCCAAGCTTGGATACACTTATGTCAATATAggtacatgaaacacatttttcaattctcttattattaaaaaatttattaattttgtacttttttacttcgcaaaatgtcataagcacaagcagttaaccttaaccttaatccacaattttccattattgca
- - - - - - - - - - - - - - CAAGCT