Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTTTGGGTTGCACGTAGACCACCTGGTTATGCTTTTATTGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgtttagaagaattatgttgttggaatgtaatagaattaaaatcaaaattaaaatgtgcatatatatgtatatttgctacattcttcttatctgcta...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G29080.2
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G29080.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g39720.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
TGTTTGGGTTGCACGTAGACCACCTGGTTATGCTTTTATTGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgtttagaagaattatgttgttggaatgtaatagaattaaaatcaaaattaaaatgtgcatatatatgtatatttgctaca-ttcttcttatctgcta-
||| ||||||||  | | |||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| || ||||| || |||||||      | |||  | |||  ||| | |  |    |  ||   |||   |    |  |   || ||  || ||| |  | ||  |  |   ||    || 
TGTATGGGTTGCTAGAAAACCACCAGGTTTTGCCTTTATTGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATGgtaataagcgtagatatttgtctttgtagttcatgcaagatagtttcatgttatgcacttctcta-atgagt-tatctatttcaacttctggcattacatag

upper sequence: GLYMA17G29080.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g54770.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
TGTTTGGGTTGCACGTAGACCACCTGGTTATGCTTTTATTGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgtttagaagaattatgttgttggaatgtaatagaattaaaatcaaaattaaaatgtgc-atatatatg----tatatttgctacattcttcttatctgcta
||| |||||||| |||| ||||||||||| ||| ||||| || |||||||||   || |||||  |||||||  ||||||| || ||||||||||  |   |  || | |      | |||  |  | ||      ||||||    ||| | || |  |||    | ||| ||  | |||     ||   |   
TGTCTGGGTTGCCCGTAAACCACCTGGTTTTGCATTTATCGATTTTGATGACAAGAGGGATGCTGAGGATGCACTCCGTGATTTAGATGgtatgt--aacggtgttttttctgcacactgtc-tgaagtttgtcagaaaattcttttgttctattttgatgaccttttatatgtcaaattagcaatacaggt--

upper sequence: GLYMA17G29080.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G027105_T07 (Zea mays), 5'ss of exon 3
TGTTTGGGTTGCACGTAGACCACCTGGTTATGCTTTTATTGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgtttagaagaattat-gttgttggaatgtaatagaattaaaatcaaaattaaaatgtgcatatatatgtat-atttgctacattcttcttat-ctgcta----
||| ||||||||  | | |||||| || | ||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||  |    || || ||| | ||      | | ||    ||  | |  | |    ||  ||| | |   ||||  | || |||||      |||| | |||     
TGTATGGGTTGCTAGGAAACCACCAGGGTTTGCCTTCATTGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtactt----aataactatagatgcctatttattattactttgtagtgtaga---gaacttgccttttcttgtaagactttctacaagtaatttatgcagctttctg

upper sequence: GLYMA17G29080.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G070239_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 3
TGTTTGGGTTGCACGTAGACCACCTGGTTATGCTTTTATTGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgtttagaagaattatgttgttggaat-gtaatagaattaaaatcaaaattaaaatgtgcatatatatgtatatttgctacattcttcttatctgc-ta
||||||||| ||||| | ||||||||||| ||| |||||||| ||||| ||| | || |||||| |||||||||| |||||  | ||||||||||| || ||  |  | | |||| | | ||   |   ||    |  | | |  | | |  ||  | |   ||   ||  |   | |  | |   |  ||
TGTTTGGGTCGCACGCAAACCACCTGGTTTTGCATTTATTGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgtt-agcagtgtcttttggttgaacttgtttgaagctttgcctggacacttcagttt-tatgaagagaaatccctgtgattatttgatcaggcgtgta

upper sequence: GLYMA17G29080.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G070239_T06 (Zea mays), 5'ss of exon 2
-----------TGTTTGGGTTGCACGTAGACCACCTGGTTATGCTTTTATTGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgtttagaagaattatgttgttggaat-gtaatagaattaaaatcaaaattaaaatgtgcatatatatgtatatttgctacattcttcttatctgc-ta
           ||||||||| ||||| | ||||||||||| ||| |||||||| ||||| ||| | || |||||| |||||||||| |||||  | ||||||||||| || ||  |  | | |||| | | ||   |   ||    |  | | |  | | |  ||  | |   ||   ||  |   | |  | |   |  ||
TCTCAATGCAGTGTTTGGGTCGCACGCAAACCACCTGGTTTTGCATTTATTGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgtt-agcagtgtcttttggttgaacttgtttgaagctttgcctggacacttcagttt-tatgaagagaaatccctgtgattatttgatcaggcgtgta

upper sequence: GLYMA17G29080.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G080930_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
TGTTTGGGTTGCACGTAGACCACCTGGTTATGCTTTTATTGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgtttagaagaattatgttgttggaatgtaatagaatt--------aaaatc---aaaattaaaatgtgcatatatatgtatatttgctacattcttcttatctgcta-----------------------------------------------------------------------------------------
||||||| ||||||||| ||||||||| | ||| |||||||| ||||| ||| | || |||||  |||||||||| |||||  | ||||||||||| |||||  |  | | |||| | |    |  |  |        | | ||   |   ||| || | | |    | ||  | ||||     || |||   || | |                                                                                          
TGTTTGGATTGCACGTAAACCACCTGGCTTTGCATTTATTGATTTTGACGACAGGAGGGATGCGGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgtt-agaagtgtcttttggttgaacttgtttgaagctctgcctggacactctttagttttataaagaggaatcctgtgattgtttggggagttgttca-gtcaggtgtatattaagacactgcattgctcttacccctcgctttgctcttactactttttttgctggcattcttttgtgcatggtgtccaaaatag

upper sequence: GLYMA17G29080.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G107896_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
TGTTTGGGTTGCACGTAGACCACCTGGTTATGCTTTTATTGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgtttagaagaattatgttgttggaatgtaatagaattaaaatcaaaattaaaatgtgcatatatatgtatatttgctacattc--ttcttatctgcta---
||| ||||||||  | | |||||| || | ||| || |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || || || ||||||||||  |    || || ||||   |    || || ||   | |   |      |   |      || |  |   |  |||  | ||    |  ||   || ||   
TGTATGGGTTGCTAGGAAACCACCAGGGTTTGCCTTCATTGACTTCGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGCGATTTGGATGgtacat----aataactatgg-atgcctatttattactttgagggtgtttggttccacccaactaaactttagtccttgtcatatcaaatgtttgaatgataaat

upper sequence: GLYMA17G29080.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT4G31580.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
TGTTTGGGTTGCACGTAGACCACCTGGTTATGCTTTTATTGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgtttaga---agaattatgttgttggaatgtaatagaattaaaatcaaaattaaaatgtgcatatatatgtatatttgctacattcttcttatctgcta-----------------------------------------------------------------------
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | || || || || |  || ||||| |  |||||||||||||  || |||||||    |  |   | | |  |  | ||    | |  |    |  || |  |  ||   ||  | ||    |  ||  |||| |  | |||| | |                                                                              
TGTTTGGGTTGCCCGTAGACCACCTGGTTACGCTTTTCTAGATTTCGAAGATCCTAGGGATGCCCGTGATGCTATCCGTGCTTTAGATGgtaatgatgcattcatattctttctattttgctttgttctcttagaagttgatgttttgattgggattggaaaataagtttggtggaatcttttaaaggagagaaatttgaggtttgcaattacttttgacttgaaacttcacaatttgacatggatattgtgataacggatag

upper sequence: GLYMA17G29080.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv04s0069g00800.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
TGTTTGGGTTGCACGTAGACCACCTGGTTATGCTTTTATTGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgtttagaagaattatgttgttggaatgta-atagaattaaaatcaaaattaaaatgtgcatatatatgtatatttgctacattcttcttatctgcta
||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||| |  |||| || | ||||     |||  || |   |  |||      ||   |        ||    | |     | |||     || |||  | 
TGTCTGGGTTGCACGCAGACCACCAGGCTATGCTTTTATCGACTTTGATGACCGTAGAGATGCACAAGATGCAATTCGTGAATTAGATGgtatgtattaaaga-ttttcttgtaatggtgtttattgttcttgaattttctctatgcttgaacctcatgccaacaaccatttcatctcctttctctaatt

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298194616|gb|HO043088.1|HO043088
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgtttag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
EST: gi|298195473|gb|HO043864.1|HO043864
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgtttag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
EST: gi|16996813|gb|BM086185.1|BM086185
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgtttag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
EST: gi|192298779|gb|FG991015.1|FG991015
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgtttag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
EST: gi|151398824|gb|EV268695.1|EV268695
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgtttag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
EST: gi|298193289|gb|HO033723.1|HO033723
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACGGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgtttag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
EST: gi|254339463|gb|GR848221.1|GR848221
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgtttag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
EST: gi|58020796|gb|CX707538.1|CX707538
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTNGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgtttag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
EST: gi|6566908|gb|AW234540.1|AW234540
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgtttag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
EST: gi|20498854|gb|BQ273784.1|BQ273784
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgtttag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
EST: gi|151393372|gb|EV263247.1|EV263247
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgtttag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
EST: gi|192294144|gb|FG986233.1|FG986233
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAAC
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgtttag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAAC
EST: gi|254344199|gb|GR855284.1|GR855284
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgtttag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
EST: gi|15814312|gb|BI786587.1|BI786587
EST:     TGACTTTGATGACCGCTTAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTACAGGTGGAGGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgtttag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
EST: gi|254344200|gb|GR855285.1|GR855285
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgtttag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
EST: gi|151410968|gb|EV280783.1|EV280783
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgtttag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGTTTGGGTTGCACGTAGACCACCTGGTTATGCTTTTATTGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgtttagaagaattatgttgttggaatgtaatagaattaaaatcaaaattaaaatgtgcatatatatgtatatttgctacattcttcttatctgcta

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG