Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TAGCTTAATATTTGAGTATGTCAACAGTACAGATTTTAAAGTTTTGTATCCAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAGgtaacattacccttcaatctctcatggtataccttgactgatgctctgtgtcctatccataatgtatatatttctcctttacagtaattggagcatcttt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G17790.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G17790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os03g10940.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
TAGCTTAATATTTGAGTATGTCAACAGTACAGATTTTAAAGTTTTGTATCCAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAGgtaacattacc-cttcaatctc-tcat-ggtataccttgactgatgctctgtgtcctatccataatgtatatatttctcctttacagtaattggagcatcttt---
 || || |||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||| ||||| || ||||| || || |  ||||| ||||| |||||||||||| |  | |   || ||| |  ||||  ||| |  |    |||   | |  |  ||     | ||| ||||| || ||  | ||     |  ||   |   |   
AAGTTTGATATTTGAATATGTAAACAGCACAGATTTCAAAGTTCTGTATCCAACATTGACAGACTATGATATTCGATTCTACATTTATGAACTTCTTAAGgtagcgcttctgttttaatttagtcattagtagaagt--gttgaaaatttcagctct---tgtgatgaatatagttgtcaat-acttgggtctgattgttcctatc

upper sequence: GLYMA17G17790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv07s0129g00410.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
TAGCTTAATATTTGAGTATGTCAACAGTACAGATTTTAAAGTTTTGTATCCAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAGgtaacattacccttcaatctctcatgg-tataccttgactgatgctctgtgtcctatccataatgtatatatt-tctcctttacagtaattggagcatcttt
|||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||  |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  |   | ||  || | | |  |  ||| |||   ||    ||| | | |    ||   || | | ||| |  || ||   |   ||     |  |  
TAGCTTGATATTTGAGTATGTGAACAGTACAGATTTCAAAGTTTTGTACCCCACTCTGACCGATTATGACATACGCTACTACATATATGAGCTTCTCAAGgtaatttatactttagatttattagagacataacttttttgcctttctctcttcatctcaacttgcagaaattatgcccattcttgatgttttgctagtt--

upper sequence: GLYMA17G17790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv18s0001g09320.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
TAGCTTAATATTTGAGTATGTCAACAGTACAGATTTTAAAGTTTTGTATCCAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAGgtaacattacccttcaatctctcatggt--ataccttgactgatgctctgtgtcctatccataatgtatat-atttctcctttacagtaattggagcatcttt
|||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||        | | ||||||    | ||  |||| ||      ||||   | ||   |   |||        | ||  || | | |  ||||    |||    
TAGCTTGATTTTTGAATATGTGAACAGTACAGATTTTAAAGTTTTGTACCCTACATTGACAGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTCCTCAAGgtttttccctcttccaatctgatgtagtcaatacttttgaaactgcttattttctgttttttaacaagggccaattgaccctcagaa-aatttcttcattc--

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15285633|gb|BI469524.1|BI469524
EST:     CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAG                         GCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
genomic: CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAGgtaacattac ... ttgaatgtagGCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
EST: gi|10238106|gb|BE806994.1|BE806994
EST:     CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAG                         GCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
genomic: CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAGgtaacattac ... ttgaatgtagGCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
EST: gi|22522007|gb|BU080818.1|BU080818
EST:     CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAG                         GCCTTAGATTACTGTCATTCTCCAGGCATAATGGATAGAGATGTCAAGCCT
genomic: CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAGgtaacattac ... ttgaatgtagGCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
EST: gi|209714911|gb|BW682076.1|BW682076
EST:     CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAG                         GCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
genomic: CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAGgtaacattac ... ttgaatgtagGCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
EST: gi|151399006|gb|EV268877.1|EV268877
EST:     CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTATATATATGAGCTTCTTAAG                         GCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAAGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
genomic: CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAGgtaacattac ... ttgaatgtagGCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
EST: gi|7692114|gb|AW760229.1|AW760229
EST:     CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAG                         GCCTTAAATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
genomic: CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAGgtaacattac ... ttgaatgtagGCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
EST: gi|10238225|gb|BE807113.1|BE807113
EST:     CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAG                         GCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
genomic: CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAGgtaacattac ... ttgaatgtagGCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
EST: gi|8284576|gb|BE022144.1|BE022144
EST:     CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAG                         GCCTTAGATGACTGTCATTCTGCA-GGCATAATG
genomic: CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAGgtaacattac ... ttgaatgtagGCCTTAGATTACTGTCATTCT-CAAGGCATAATG
EST: gi|151412099|gb|EV281911.1|EV281911
EST:     CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAG                         GCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
genomic: CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAGgtaacattac ... ttgaatgtagGCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
EST: gi|58018593|gb|CX705335.1|CX705335
EST:     TGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAG                         GCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
genomic: TGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAGgtaacattac ... ttgaatgtagGCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
EST: gi|16105199|gb|BI892939.1|BI892939
EST:     CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAG                         GCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
genomic: CAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAGgtaacattac ... ttgaatgtagGCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
EST: gi|193339637|gb|FK304886.1|FK304886
EST:     CCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAG                         GCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT
genomic: CCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAGgtaacattac ... ttgaatgtagGCCTTAGATTACTGTCATTCTCAAGGCATAATGCATAGAGATGTCAAGCCT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TAGCTTAATATTTGAGTATGTCAACAGTACAGATTTTAAAGTTTTGTATCCAACCTTGACTGATTATGACATACGCTATTACATATATGAGCTTCTTAAGgtaacattacccttcaatctctcatggtataccttgactgatgctctgtgtcctatccataatgtatatatttctcctttacagtaattggagcatcttt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT