Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTCTATGACAGAGAGACTGGTCGATCACGTGGTTTTGGCTTTGTCACGATGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacacaagttctttattacttgatcattggtaatggtaacattacaaggactacttgtgtggttaattctttgggatgaaattctgatatggtggttctgatattgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G13470.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G13470.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv17s0000g09680.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
GGTCTATGACAGAGAGACTGGTCGATCACGTGGTTTTGGCTTTGTCACGATGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacacaagttctttattacttgatcattggtaatggtaacatt-acaagg-actacttgtgtggttaattctttgggatgaaattctgatatggtggttctgatattgcag
||| |  ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || || ||||| ||  | |||||  || | ||||| ||||| |||   ||||| ||||||         |  |  | ||    || |   | |||   | |||| |||| | |  |  ||||||   |   |  ||| |  ||    || |||   || |            
GGTTTTCGACAGAGAGACTGGTCGTTCCCGTGGTTTTGGCTTCGTGACAATGTCTAGCCAAACTGAATTGGAAGATGCCATTGCAGCCACCGATGGACAGgtactttt----tcttggactatagaataagctgaaatttgagcatttacaatgcatgatgtgtgtgcaaagaccagtggaaccaa-cattggtatacaggatga----------

upper sequence: GLYMA17G13470.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv14s0066g00140.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
GGTCTATGACAGAGAGACTGGTCGATCACGTGGTTTTGGCTTTGTCACGATGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacacaagttctttattacttgatcattggtaatggtaacattacaaggactacttgtgtggttaattctttgggatgaaattctgatatggtggttctgatattgcag
 ||||||||| |||| |||   || |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||| |||||||| ||||| | |  || |     | || | |    ||  ||  ||  |    ||         |   ||      || ||| | ||   |      |    | |||             
AGTCTATGACCGAGACACTCAACGTTCACGTGGATTTGGCTTTGTGACAATGTCCAGTGAGACAGAACTGAATGATGCCATTGCTGCTCTTGATGGACAGgttatatgcatgcctcctgtttcata--tataagttttgaaatttctattttcctctcaaatgaaacccatacttagagagctaggaaccacgcagaggtca-----------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208299238|gb|GE098009.1|GE098009
EST:     TGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAG                         AGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
genomic: TGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaca ... gatattgcagAGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
EST: gi|4287435|gb|AI441189.1|AI441189
EST:     TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAG                         AGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
genomic: TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaca ... gatattgcagAGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
EST: gi|31465587|gb|CD407615.1|CD407615
EST:     TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAG                         AGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
genomic: TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaca ... gatattgcagAGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
EST: gi|6071786|gb|AW101173.1|AW101173
EST:     TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAA                         AGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCANCCCAAAGGCCTAAA
genomic: TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaca ... gatattgcagAGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
EST: gi|6846786|gb|AW349076.1|AW349076
EST:     TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAG                         AGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
genomic: TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaca ... gatattgcagAGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
EST: gi|15286014|gb|BI469905.1|BI469905
EST:     TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAACTGCTGCCCTTGATGGTCAG                         AGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
genomic: TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaca ... gatattgcagAGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
EST: gi|17400637|gb|BM177419.1|BM177419
EST:     TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAG                         AGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
genomic: TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaca ... gatattgcagAGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
EST: gi|193356912|gb|FK322278.1|FK322278
EST:     TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAG                         AGTTTGGATGGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTT
genomic: TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaca ... gatattgcagAGTTTGGATGGG-AGGGCAATCAGAGTGAATGTT
EST: gi|5510195|gb|AI856579.1|AI856579
EST:     CCTTGATGGTCAG                         ATTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
genomic: CCTTGATGGTCAGgtaacacaca ... gatattgcagAGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
EST: gi|31467356|gb|CD409384.1|CD409384
EST:     TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAG                         AGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA
genomic: TGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaca ... gatattgcagAGTTTGGATGGGAGGGCAATCAGAGTGAATGTTGCAGCCCAAAGGCCTAAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGTCTATGACAGAGAGACTGGTCGATCACGTGGTTTTGGCTTTGTCACGATGTCCAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacacaagttctttattacttgatcattggtaatggtaacattacaaggactacttgtgtggttaattctttgggatgaaattctgatatggtggttctgatattgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC