1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
CTTAGCTTTTCATTCCTCAGCCCCAGTTCTGTTGTTGAGCAAAAGAGTTGTAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAGgtatgcttaaagccttttattttcatcgtctttactatttcttagcttcctggtctgatcttgtttgcaattttatgcag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G32390.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AATTAGAGTGTCTTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAG AAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTGEST: gi|17022972|gb|BM094006.1|BM094006
genomic: AATTAGAGTG-C-TCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAGgtatgcttaa ... ttttatgcagAAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTG
EST: TAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAG AAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGTGTTGEST: gi|8285896|gb|BE023455.1|BE023455
genomic: TAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAGgtatgcttaa ... ttttatgcagAAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTG
EST: TAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAG AAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTGEST: gi|51338320|gb|CO982186.1|CO982186
genomic: TAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAGgtatgcttaa ... ttttatgcagAAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTG
EST: TAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAG AAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGTGTTGEST: gi|207709644|gb|GD691630.1|GD691630
genomic: TAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAGgtatgcttaa ... ttttatgcagAAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTG
EST: TAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAG AAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTGEST: gi|192296487|gb|FG992323.1|FG992323
genomic: TAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAGgtatgcttaa ... ttttatgcagAAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTG
EST: TAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAG AAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTGEST: gi|14011997|gb|BG726919.1|BG726919
genomic: TAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAGgtatgcttaa ... ttttatgcagAAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTG
EST: TAAATTAGAGTGCTCAGCTNACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAG AAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTGEST: gi|298196521|gb|HO041264.1|HO041264
genomic: TAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAGgtatgcttaa ... ttttatgcagAAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTG
EST: TAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAG AAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGTGTTGEST: gi|21888191|gb|BQ741404.1|BQ741404
genomic: TAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAGgtatgcttaa ... ttttatgcagAAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTG
EST: TAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAG AAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTG
genomic: TAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAGgtatgcttaa ... ttttatgcagAAACAAACTTGGGAAAATTGCTTATGCTACAAGATTCTCCTCTTTGCGTTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTTAGCTTTTCATTCCTCAGCCCCAGTTCTGTTGTTGAGCAAAAGAGTTGTAAATTAGAGTGCTCAGCTAACATGGCAGATGTAAATGCAATTGCTGGAGgtatgcttaaagccttttattttcatcgtctttactatttcttagcttcctggtctgatcttgtttgcaattttatgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA