Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTTTATCAGCTCGCCTTGGACGTAAGCCTGAGGATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAGgtgagttcttattatatttttttatgtctgtatttcccatactattgagtaaacgtgtaaaataattatttggtaatatgatgtttaacaatggcagggt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G27220.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G27220.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g47940.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
GTTTTATCAGCTCGCCTTGGACGTAAGCCTGAGGATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAGgtgagtt-cttattatatttttttatgtct-gtatttcccatactattgagtaaacgtgtaaaataattatttggtaatatgatgtttaacaatggcagggt-----
|| || || ||||| ||||| ||||| || ||||||||  | ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||| | |||       | |  | | || | ||   ||| |   | ||     | ||||  |  ||   ||   |  |||| || ||| ||   |     
GTGTTGTCCGCTCGGCTTGGGCGTAAACCAGAGGATATAATCAAGTTGGATGCAAATGAAAATCCATATGGTCCACCTCCGGAGgtgagtttcttgtaatacccaaacaagagtagcatctacct--ctaatacttgaa-----acaatacattcttaagaaacagtagtttgaccatgtcaacatgaacc

upper sequence: GLYMA16G27220.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT5G10330.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
GTTTTATCAGCTCGCCTTGGACGTAAGCCTGAGGATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAGgtgagttcttattatatttttttatgtctgtatttcccatactattgagtaaacgtgtaaaataattatttggtaatatgatgtttaacaatggcagggt-----------------
|| || || ||||   | ||| | |||||||||||||| || ||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||  |||   |||  |  |||      |   ||  |    |  |     | ||| |  |||  |  ||| || || |  |  |  |    ||   |||| |                 
GTATTGTCTGCTCAATTAGGAAGAAAGCCTGAGGATATTGTCAAGTTAGATGCTAATGAGAACCCATATGGTCCTCCTCCAGAGgcaagtctatatctttctttcactcattcatagatatgttgatgactggaaaaaggataattttgttagttagtta-gttgtcctctctaacttcaggtttcagaagctctgtgtag

upper sequence: GLYMA16G27220.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT1G71920.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
GTTTTATCAGCTCGCCTTGGACGTAAGCCTGAGGATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAGgtgagttcttattatatttttttatgtctgtatttcccatactattgagtaaacgtgtaaaataattatttggtaatatgatgtttaacaatggcagggt---------------------------
|| || || ||||   | ||| | |||||||||||||| || ||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||  |||   |||  |  |||      |   ||  |    |  |     | ||| |  |||  |  ||| || || |  |  |  |    ||   |||| |                           
GTATTGTCTGCTCAATTAGGAAGAAAGCCTGAGGATATTGTCAAGTTAGATGCTAATGAGAACCCATATGGTCCTCCTCCAGAGGCAAgtctatatctttctttcactcattcatagatatgttgatgactggaaaaaggataattttgttagttagtta-gttgtcctctctaacttcaggtttcagaagctctgtgtaggtttttgaag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298171050|gb|HO016082.1|HO016082
EST:     ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAG                         GTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
genomic: ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAGgtgagttctt ... cttttgacagGTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
EST: gi|192330819|gb|FK023048.1|FK023048
EST:     ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAG                         GTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
genomic: ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAGgtgagttctt ... cttttgacagGTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
EST: gi|209706878|gb|BW653144.1|BW653144
EST:     ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAG                         GTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
genomic: ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAGgtgagttctt ... cttttgacagGTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
EST: gi|42723210|gb|CK769109.1|CK769109
EST:     ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAG                         GTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
genomic: ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAGgtgagttctt ... cttttgacagGTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
EST: gi|254330364|gb|GR841629.1|GR841629
EST:     ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAG                         GTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
genomic: ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAGgtgagttctt ... cttttgacagGTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
EST: gi|14126228|gb|BG790666.1|BG790666
EST:     ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAG                         GTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
genomic: ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAGgtgagttctt ... cttttgacagGTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
EST: gi|192322955|gb|FK016686.1|FK016686
EST:     ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAG                         GTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
genomic: ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAGgtgagttctt ... cttttgacagGTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
EST: gi|209716352|gb|BW650751.1|BW650751
EST:     ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAG                         GTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
genomic: ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAGgtgagttctt ... cttttgacagGTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
EST: gi|192325038|gb|FK016164.1|FK016164
EST:     ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAG                         GTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
genomic: ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAGgtgagttctt ... cttttgacagGTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
EST: gi|18040723|gb|BM309017.1|BM309017
EST:     ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAG                         GTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
genomic: ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAGgtgagttctt ... cttttgacagGTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
EST: gi|13480103|gb|BG509446.1|BG509446
EST:     ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAG                         GTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
genomic: ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAGgtgagttctt ... cttttgacagGTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
EST: gi|192325422|gb|FK018378.1|FK018378
EST:     ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAG                         GTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA
genomic: ATATCGTGAAGTTAGATGCTAATGAAAATCCTTATGGTCCCCCTCCAGAGgtgagttctt ... cttttgacagGTCATGGAAGCCCTAGGATCAATGCAATTCCCATATGTCTATCCTGACCCA