Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCTCTAACATACCGTGAAGTCATTGCTATTCTGATGCAGCGACATGTCCTTGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgtagtttgtgaaaattaagaattgctgcttccttcatgttatcaattcaatatgctatttcttttttgcgtgtggtaattcattattattgt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G23730.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G23730.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv08s0058g00390.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
GCTCTAACATACCGTGAAGTCATTGCTATTCTGATGCAGCGACATGTCCTTGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatg--tagtttgtgaaaattaagaattgctgcttccttcatgttatcaattcaatatgctatttcttttttgcgtgtggtaattcattattat-tgt
|| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||||| |  ||  |  | |    |  |  |  |||      |  ||  | | |||||   | | |   | |        | |  |   | |   |  |||  || 
GCACTCACATACCGTGAAGTCATTGCTATCCTGATGCAACGACATGTTCTTGTTGATGGGAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTTCTGGTTTCATGGgtaagagtggttcatcttcctagctgtatgattttaatctattt--tttcatcaacaaactgttgaaatctgagaaggtgaattaaagtctctagttaaatg-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209725149|gb|BW663076.1|BW663076
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|16348394|gb|BI973989.1|BI973989
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|17154047|gb|BM143980.1|BM143980
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGNTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|18039002|gb|BM307296.1|BM307296
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298180253|gb|HO025468.1|HO025468
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|10845998|gb|BF071235.1|BF071235
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298176453|gb|HO026688.1|HO026688
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTG-TTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|6666961|gb|AW278420.1|AW278420
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|14991140|gb|BI316813.1|BI316813
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|4313657|gb|AI460776.1|AI460776
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|6455278|gb|AW185961.1|AW185961
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298190839|gb|HO032960.1|HO032960
EST:     TGCTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|10847497|gb|BF070175.1|BF070175
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|192331864|gb|FK026648.1|FK026648
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGCTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCACCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|209706132|gb|BW653424.1|BW653424
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298194785|gb|HO043257.1|HO043257
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGATA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|213606544|gb|DB972493.1|DB972493
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|21677168|gb|BQ629519.1|BQ629519
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|7684838|gb|AW755486.1|AW755486
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298178682|gb|HO024417.1|HO024417
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|192297728|gb|FG989963.1|FG989963
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|16346110|gb|BI971705.1|BI971705
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|7145675|gb|AW507597.1|AW507597
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298163757|gb|HO012490.1|HO012490
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         GTGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGGACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|193540030|gb|FK499014.1|FK499014
EST:     GATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: GATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|5687916|gb|AI940931.1|AI940931
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|46492670|gb|CN472226.1|CN472226
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|12772845|gb|BG237772.1|BG237772
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|207807138|gb|GD780371.1|GD780371
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|16347050|gb|BI972645.1|BI972645
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|6134564|gb|AW132957.1|AW132957
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCATGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298176076|gb|HO015481.1|HO015481
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGCATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298194198|gb|HO040846.1|HO040846
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|11275151|gb|BF325474.1|BF325474
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|193416567|gb|FK384499.1|FK384499
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298180780|gb|HO022219.1|HO022219
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|18040225|gb|BM308519.1|BM308519
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGGTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAA
EST: gi|209706237|gb|BW656742.1|BW656742
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298197686|gb|HO045165.1|HO045165
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|21678409|gb|BQ630760.1|BQ630760
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|193669609|gb|FK613637.1|FK613637
EST:     CGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298192769|gb|HO033203.1|HO033203
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298186856|gb|HO033955.1|HO033955
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|8670337|gb|BE191444.1|BE191444
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|151397451|gb|EV267324.1|EV267324
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298188698|gb|HO035391.1|HO035391
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|15814022|gb|BI786297.1|BI786297
EST:     GTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: GTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|19453490|gb|BM954900.1|BM954900
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|23727040|gb|BU761534.1|BU761534
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|193494021|gb|FK461877.1|FK461877
EST:     CAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ACGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: CAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|6914313|gb|AW395843.1|AW395843
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|24206283|gb|BU965536.1|BU965536
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|7145645|gb|AW507567.1|AW507567
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|8827949|gb|BE211679.1|BE211679
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298178660|gb|HO024395.1|HO024395
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|13787383|gb|BG649975.1|BG649975
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|13481889|gb|BG511232.1|BG511232
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|16347648|gb|BI973243.1|BI973243
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|10846181|gb|BF069142.1|BF069142
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGATAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298169099|gb|HO020459.1|HO020459
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298180270|gb|HO025485.1|HO025485
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298176172|gb|HO015577.1|HO015577
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGATA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|26059000|gb|CA801914.1|CA801914
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|209729579|gb|BW655155.1|BW655155
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|21888969|gb|BQ742182.1|BQ742182
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|23733640|gb|BU765027.1|BU765027
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298195263|gb|HO043791.1|HO043791
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298197240|gb|HO041983.1|HO041983
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTCTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|19453552|gb|BM954962.1|BM954962
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|7234791|gb|AW570124.1|AW570124
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgt ... ttttttatagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCTCTAACATACCGTGAAGTCATTGCTATTCTGATGCAGCGACATGTCCTTGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGTTTTATGGgtatgtatgtagtttgtgaaaattaagaattgctgcttccttcatgttatcaattcaatatgctatttcttttttgcgtgtggtaattcattattattgt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG