1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
AAAGAATCGTTCTTTGGAGAGTCTGCAGGCCAATGTGCAGAGGCTCAAAACCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaaattcttcaatcattaatttgatgattatgtgcaaattttatttattttatggtcatcattaccttgtaagtagtaaacattgaagtttgagattgtttacatccctaattttgctttgcag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G17370.2 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGTEST: gi|208165075|gb|GD965779.1|GD965779
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: ACACAAGGTCAAG GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGTEST: gi|254339157|gb|GR847874.1|GR847874
genomic: ACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGTEST: gi|209719490|gb|BW650995.1|BW650995
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGTEST: gi|20207618|gb|BQ133707.1|BQ133707
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGTEST: gi|16348456|gb|BI974051.1|BI974051
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGTEST: gi|208110520|gb|GD913124.1|GD913124
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGTEST: gi|7639316|gb|AW733641.1|AW733641
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGTEST: gi|5688362|gb|AI941377.1|AI941377
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGTEST: gi|207789687|gb|GD763429.1|GD763429
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGTEST: gi|120529623|gb|EH257757.1|EH257757
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGTEST: gi|23726992|gb|BU761509.1|BU761509
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG GCTGGTGATTCTEST: gi|6915365|gb|AW396895.1|AW396895
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCT
EST: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGTEST: gi|13240430|gb|BG359739.1|BG359739
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG GCTGGTGATTCTATCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGTEST: gi|208069895|gb|GD867940.1|GD867940
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGTEST: gi|9204549|gb|BE330773.1|BE330773
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCATGGTEST: gi|254338648|gb|GR849959.1|GR849959
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGTEST: gi|193562396|gb|FK518185.1|FK518185
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG GCTGGTGATTCTAAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGEST: gi|193567522|gb|FK524237.1|FK524237
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTA-GCCTTGAAGAGCTGGCAAATG
EST: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG GCTGGTGATTCTAGCCTTGAGGAGCTGGEST: gi|208188475|gb|GD984741.1|GD984741
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGG
EST: GCACACAAGGTCAAG GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGTEST: gi|18040171|gb|BM308465.1|BM308465
genomic: GCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGTEST: gi|12688119|gb|BG154455.1|BG154455
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTACAGGGTEST: gi|208175833|gb|GD977242.1|GD977242
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG GCTGGTGATTCEST: gi|208135724|gb|GD936681.1|GD936681
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTC
EST: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGEST: gi|26047262|gb|CA784114.1|CA784114
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGG
EST: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGTEST: gi|151402405|gb|EV272218.1|EV272218
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGTEST: gi|17400476|gb|BM177258.1|BM177258
genomic: CCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
EST: CTACAAGGCTNAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAG GCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
genomic: CTACAAGGCT-AAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaa ... tgctttgcagGCTGGTGATTCTAGCCTTGAAGAGCTGGCAAATGCCACTCAAGTCCAGGGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AAAGAATCGTTCTTTGGAGAGTCTGCAGGCCAATGTGCAGAGGCTCAAAACCTACAAGGCTAAGTTGGTTGTGTTCCCAAGAAGGGCACACAAGGTCAAGgtaaagctaaattcttcaatcattaatttgatgattatgtgcaaattttatttattttatggtcatcattaccttgtaagtagtaaacattgaagtttgagattgtttacatccctaattttgctttgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG